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Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

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Red Bioinformática para la predicción de la función molecular. Integrantes. IFC IBT Dr. Jorge Ramírez Salcedo Dr. Alejandro Garciarubio Granados Biol. Gerardo Coello Coutiño Dr. Enrique Merino Pérez Dra. Lina Riego Ruiz Dr. Lorenzo Segovia Forcella

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Presentation Transcript
red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular
  • Integrantes

IFC IBT

Dr. Jorge Ramírez Salcedo Dr. Alejandro Garciarubio Granados

Biol. Gerardo Coello Coutiño Dr. Enrique Merino Pérez

Dra. Lina Riego Ruiz Dr. Lorenzo Segovia Forcella

Dr. Gabriel del Rió Guerra Dr. Fco. Xavier Soberón Mainero

Dra. Alicia González Manjarrez Dr. Ernesto Pérez Rueda

Dra. Rosa Gutiérrez Ríos

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular1
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

Titulo:

Análisis global de la expresión genética en la levadura Saccharomyces cerevisiae:

Identificación de la red de genes cuya expresión se determina por la acción de

Los dos reguladores globales codificados por GLN3 y GCN4

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular2
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular
  • INTRODUCCION
  • Los activadores globales codificados por GLN3 y GCN4 determinan
  • de manera independiente, la expresión de un número importante de genes.
  • B recientemente se ha encontrado que los productos de GLN3 y GCN4 pudieran
  • Actuar de manera conjunta, para determinar la expresión de un grupo particular
  • De genes
red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular3
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

YPD + RAPAMICINA

Gcn4p y Gln3p: reguladores positivos

Valenzuela, L. et al., (2001)

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular4
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

Gln3p trunca

Gln3p

AD

  • 102 126-140 150 306- 336- 351- 388- 600 667 730
  • 330 345 361 394

URE BD GATA NES K/R NLS TOR BD

Gln3p trunca

AD

  • 102 126-140 148
red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular5

WT ATure2 AT gln3a AT gln3b  AT

1 4 1.5 6 1 2 1.3 4

HIS3

ASN

ACT1

gln3a  : null

gln3b  : trunca

Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

Gln3p en la respuesta a 3-AT

Valenzuela, L. et al., (2001)

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular6
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

WT

gcn4

gln3t

gln3

Condiciones: asparagina, amonio y gaba

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular7
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

Objetivos

a) Instalar un sistema centralizado y seguro para almacenar datos obtenidos

de microarreglos.

b) Desarrollar una plataforma universal que permita acceder a los datos

obtenidos con experimentos de microarreglos para su análisis.

c) Desarrollar e implementar algoritmos optimizados, originales y útilies para el

Análisis de datos de microarreglos de DNA que respondan a las necesidades

de los usuarios de la Unidada de Microarreglos de la UNAM.

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular8
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

Material y Métodos.

Obtención de RNA total de la cepa silvestre y las mutantes pertinentes de la levadura Saccharomyces cerevisiae.

Obtención de cDNA marcado y realizar hibridación contra una biblioteca que contiene el repertorio completo de genes de Saccharomyces cerevisiae.

Lectura de laminillas

Interpretación de datos. Desarrollo de software y aplicación del que ya se ha desarrollado.

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular9
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

Resultados Obtenidos

Se llevó a cabo un curso sobre interpretación de datos obtenidos con microarreglos.

Se organizó el Symposium Bioinformática y Medicina que se llevó a cabo en

la Ciudad de Guadalajara del 22 al 24 de Febrero y del 12 al 13 de Mayo en la Ciudad de Monterrey.

Organización del curso Internacional: Evolutionary Genomics in Modern Integrative Biology, que se llevará a cabo del 8 al 14 de Octubre en Pátzcuaro Michoacan.

Desarrollo del Software GeneArise para análisis de datos de Microarreglos (en proceso).

Desarrollo del Software NEXXUS para estudiar redes de genes (en proceso).

f) Preparación de RNA de las cepa silvestre y de la mutante ure2, hibridación y obtencion de datos crudos.

red bioinform tica para la predicci n de la funci n molecular10
Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

Resultados Esperados (primer año)

1.- Construcción de la red de genes cuya expresión simultaneamente dependa de los activadores codificados por GLN3 y GCN4 (2 publicaciones). En este proyecto participan los estudiantes de Doctorado Guillermo Romero y Hugo Hernández.

2.- Desarrollo y adecuación de GeneArise