1 / 34

Evoluce 8 2013

Evoluce 8 2013. Komunikace. Signál (zpráva). Rozpoznatelný na pozadí světlušky svítí či blikají v noci uschlý list v pamětníku Není to potrava

ian-hayden
Download Presentation

Evoluce 8 2013

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Evoluce 8 2013 Komunikace

  2. Signál (zpráva) • Rozpoznatelný na pozadí světlušky svítí či blikají v noci uschlý list v pamětníku • Není to potrava hormony, feromony atd. jsou deriváty metabolitů (acetylcholin, adrenalin, trijodtyronin) anebo krátké peptidy. Představují ale „slepou“ větev metabolických drah – nelze je použít k syntézám dalších látek ani nejsou potravou

  3. Vlastnosti zprávy • Rámcové sdělení – jsem zpráva láhev na pláži se svitkem papíru uvnitř • Vnější sdělení – dekóduj tak a tak příjemce pozná, že sdělení je napsáno japonsky a sežene Japonce, který umí česky • Vnitřní sdělení - sama zpráva co se vlastně sděluje

  4. Předpoklady rozpoznání signálu • Příjem (tj. rozpoznání na pozadí) receptor s vysokou afinitou k signálu (fotonu, hormonu, zvuku apod.) • Zesílení signálu, „přepis“ do jiného média „druhý posel“, sprška akčních potenciálů putujících axonem, „signální částice“ apod. • Včasná likvidace signálu, aby se prostředí nezahltilo synapse – likvidace mediátoru umožní příjem dalšího signálu z presynaptického vlákna cAMP fosfodiesteráza

  5. (Způsoby signalizace) • Množství (koncentrace) – „analogový“ signál pH, teplota, zasolení • Průběh – analogový signál stejná délka dne v dubnu a září – jiné vyhodnocení gradient morfogenu • Poměr metabolity • Sled impulzů – „digitální“ signál

  6. poměr

  7. Receptor – 3 fáze fungování • Neobsazený a připravený vázat ligand • Obsazený ligandem • Neobsazený, necitlivý k ligandu (refrakterní), tj. neschopný vázat ligand časové konstanty jednotlivých fází, jejich nastavitelnost senzitizace / desenzitizace receptoru digitalizace analogových signálů

  8. Signální částice

  9. Gratuita (J. Monod) Gratuita, tj. chemická nezávislost mezi samotnou funkcí a povahou řídicích chemických signálů, se vztahuje k alosterickým enzymům. … Mezi substrátem alosterického enzymu a ligandy, které aktivitu enzymu podněcují nebo potlačují, neexistuje žádný chemicky nutný vztah struktury anebo reaktivity. … Z toho plyne, a tím se dostáváme k hlavnímu bodu, že u regulace alosterickou interakcí je možné všechno.

  10. Malé světy - Barabási Sítě malého světa

  11. ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSA AρTκQTARασTGGKAPRKQLATKAARμSA ARTλQTARKSTGGKAπRKQLATKAARKSA ARTμQTARλSTGGKAPRKQLAτKAARλSA ARTKQTARKσTGGKAPρKQLATKAARKSA ARTαQTARηSTGGKAωRKQLATKAARμSA

  12. ENCODE = ENCyclopediaOf Dna Elements Nature 489, 6 Sept. 2012

  13. ENCODE, Nature + Genome Biol. + Genome Res.: 30 papers, Sept. 6, 2012; „Search machines“

  14. ENCODE 147 cell types, 80% of the genome DNA methylation Open chromatin RNA bindingofreg. proteins RNA sequences ChIP-sequencing Histone modification Transcription factors

  15. 70 000 „promoters“ 400 000 „enhancers“ About 10% ofthestuff Bindingsitesfor 120 transcriptionfactors Dnase I sites: 2.9 millions; only 3700 in all cell types 1/3 only in one cell type

More Related