slide1 n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
BEST PowerPoint Presentation
Download Presentation
BEST

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 13

BEST - PowerPoint PPT Presentation


  • 150 Views
  • Uploaded on

BEST. Bayesian Estimation of Species Trees (Liang Liu). (Species tree z BESTu horsi rozliseni (pokud je signal slaby nebo odlisny u jednotlivých genů)). Species tree : all divergences of species pairs must occur after the respective gene divergences occur. Multilokusový dataset v BESTU.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'BEST' - ham


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
slide1

BEST

Bayesian Estimation of Species Trees

(Liang Liu)

slide2

(Species tree z BESTu horsi rozliseni (pokud je signal slaby nebo odlisny u jednotlivých genů))

  • Species tree: all divergences of species pairs must occur after the respective gene divergences occur
multilokusov dataset v bestu
Multilokusový dataset v BESTU
  • Každý gen jede svoje vlastní Bayesovské hledání
  • Pro každé zaznamenávané generace jsou i zapisovány species trees – jakýsi konsensus z dosažených…
zdroj voln freeware
Zdroj – volný freeware
  • http://www.stat.osu.edu/~dkp/BEST/
  • exe prográmek, který je vlastně mírně upravený MrBayes (přidané funkce)
vstupn soubor
Vstupní soubor:

Nutné:

Definovat outgroup

Definovat jednotlivé geny

Definovat model pro každý gen

Definovat skupiny taxonů (tj. je-li více sekvencí z jednoho druhu…)

Klasický nexus file, příkazy jako pro MrBayes.

Pro mitochondrii napsat „ploidy = haploid“!!!

slide6

Vstupní soubor II:

Nastavení priors pro Bayesovskou analýzu:

Thetapr = parametr theta (velikost populace) pro výpočy

z populační genetiky

GeneMuPr = interval rozdílné mutační rychlosti použitých genů

= je nutné, máme-li nejvíce mutující gen 10x rychlejší než

nejméně mutující, aby interval byl takový, že větší číslo bude alespoň

10x násobek menšího (absolutní hodnoty jsou doporučené cca takto:

Mitochondrie třikrát menší

Nezávislé počítání pro každý gen:

topologie, délek větví, mutační rychlosti

a ostatních parametrů

Klasické parametry pro Bayesovskou analýzu:

120 milionů generací, 2 runy po 3 řetězcích,

frekvence ukládání stromů

v stupn soubor
Výstupní soubor:

Species trees navržené během

Bayesovské analýzy, mohou být

dále hodnoceny jako klasické

.t files z MrBayes (příkazem sumt)

Soubory ovzorkovaných stromů

pro jednotlivé geny

(4 geny, 2 runy pro každý)

Program mbbest.exe – musí být ve stejné složce…

v stup etnost species tree
Výstup – četnost species tree
  • Ukázka dřívějších postupů při hledání species trees (zde výběr nejčetnějšího stromu ze všech nalezených pro 106 kvasinkových genů; Edwards, et al., 2006, PNAS)
hodnocen stability v tv v pr b hu runu
Hodnocení stability větví v průběhu runu
  • Mělo by být více generací než u konkatenátu v MrBayesovi (Edwards – 80 miliónů)

Toto je stabilita

jednotlivých kládů

během runu BESTu,

jde o dataset

antarktických ryb,

které ovšem

nejsou příliš

variabilní a geny

nenesou příliš

silný fylogenetický

signál; zde run

do 110 miliónů

generací.

Burnin byl

10 miliónů.

slide13
(Species tree z BESTu horsi rozliseni (pokud je signal slaby nebo odlisny u jednotlivých genů))

Konkatenát

MrBayes

BEST