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本課程所使用的工具軟體基本介紹

本課程所使用的工具軟體基本介紹. 檔案總管 ( 我的電腦 ). 移動 / 複製文件 顯示附檔名 用特定程式開啟 變更檔案類型. 常見副檔名解說. Windows 可執行檔 * .exe , *.com Office softwares *.doc , *.ppt , *.pps , *.xls 純文字檔 ( 用記事本或 Pspad 開啟 ) *.txt , *.ini … . Portable Document Format ( 用 acrobat 開啟 ) *.pdf. 圖像檔 ( 用 ACDSee 開啟、用 PhotoShop 等編輯 )

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本課程所使用的工具軟體基本介紹

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Presentation Transcript

  1. 本課程所使用的工具軟體基本介紹

  2. 檔案總管 (我的電腦) • 移動/複製文件 • 顯示附檔名 • 用特定程式開啟 • 變更檔案類型

  3. 常見副檔名解說 • Windows 可執行檔 • *.exe , *.com • Office softwares • *.doc , *.ppt , *.pps , *.xls • 純文字檔 (用記事本或Pspad開啟) • *.txt , *.ini …. • Portable Document Format (用acrobat開啟) • *.pdf

  4. 圖像檔 (用ACDSee開啟、用PhotoShop等編輯) • *. jpg , *.gif , *.tiff , *.bmp , *.png • 影像格式檔 (用Media player、Kmplayer開啟) • *.avi , *.wmv , *.rm , *.mov , *.mpg • 聲音格式檔 (用Mediaplayer開啟) • *.mid , *.mp3 , *.wav • Internet 格式檔 (用IE開啟, 用Pspad等編輯) • *.htm , *.html , *.asp , *.php .. • 壓縮檔 (用Winrar開啟) • *.zip , *.rar , *.exe , *.arj , *.gz

  5. 壓縮 & 解壓縮 ■為什麼要壓縮？　 • 壓縮可以讓檔案變小，節省空間。 • 將數個檔案，壓縮成一個檔案，可方便傳輸。 ■壓縮的原理： • 有個文字檔，有20個0 → 00000000000000000000 • 將此檔案壓縮，壓縮運算後，以0 x 20表示，檔案立刻變小很多。 • 因為由20個字元，變成4個字元。 ■壓縮格式： 有很多種不同的壓縮格式。較為常見的是ZIP、CAB、RAR三種。 ■常用壓縮/解壓縮軟體: Winzip, Winrar

  6. WinRAR • 優點: • 除 .RAR，連 .zip 的壓縮檔都支援 • 較高的壓縮效率，並且支援設定密碼、多片壓縮、自動解壓縮、修復壓縮檔等功能。 • 壓縮 • 只要如圖一所示，按住滑鼠選擇鍵選取欲壓縮的檔案，按下工作列下方「 Add 」圖示後出現另一個視窗，在視窗最上方的框中填入欲存放的目錄及檔名，按下「 OK 」即可。 • 解壓縮 • 只要在 WinRAR 的視窗中選取欲解壓縮的檔案，按下工作列下方的「 Extract to 」圖示後，會出現另一個視窗，在視窗最上方的框中填入欲存放的目錄及檔名，按下「 OK 」即可。 • 詳細資料 http://www.rarlab.com/ • 試用版下載 http://www.rarlab.com/rar/wrar361tc.exe

  7. 網際網路概念

  8. Unix 系統檔案屬性說明

  9. UNIX 指令 • UNIX是網路上最常用的作業系統，它比DOS 強的地方是多工的系統，和各種電腦的相容性也很好。因此，大多數網路作業系統使用UNIX。 UNIX中大小寫是不同的，因此Mail和mail是不同的目錄。

  10. 檔案指令

  11. 檔案傳輸 • 「下載」、「上傳」這兩個名詞你一定相當熟悉吧！只要你要在兩部電腦之間傳送檔案，就必須透過 FTP 軟體來做這兩個動作！ • 相關軟體: FFFTP, Filezilla, CuteFtp, Leapftp… • 測試站台: 台灣大學FTP站 ftp.ntu.edu.tw

  12. FFFTP • FFFTP 介面簡單速度快的 FTP 程式。 • FFFTP 基本的檔案傳輸功能一樣不缺，完整支援日文以及漢字顯示。 • FFFTP 只需要主程式即可順利運作，安裝簡單速度快，在防火牆之後運作！ • 上下傳檔案 • 執行FFFTP後輸入網址chtai.ctc.edu.tw及帳號和密碼 (another choice : ftp.nchu.edu.tw ) • 切換至本地電腦存放檔案的資料夾。 • 切換至遠端電腦欲存放檔案的資料夾。 • 選取本地電腦的檔案後按右鍵選Upload上傳 • 原創公司 : http://www2.biglobe.ne.jp/~sota/index-e.html • 下載: http://www2.biglobe.ne.jp/~sota/product/ffftp-1.92-eng.exe

  13. 遠端登入 • Telnet • 雖然使用圖形化使用者介面的 WWW 全球資訊網是目前 Internet 上的主流應用，但 Telnet 這種歷史悠久的遠端登入方式依然在許多地方被使用著, 如bbs, 遠端unix登入等。 • 相關軟體: Kkman, Netterm, BBSterm, Simpterm… • 測試網站 中台BBS telnet bbs.ctc.edu.tw 台大圖書館 telnet tulips.ntu.edu.twLogin : tulips 國家圖書館 telnet 192.83.186.100 Login : chinese

  14. Netterm • 當使用者想利用遠端主機工作或做存取時，可以透過遠端模擬程式，telnet (遠端登入）進入主機操作。而一般 BBS、Gopher、IRC、Archie，也都要透過 TELNET 軟體來達成連線。 • NetTerm 並提供了 FTP 的功能，甚至可用來架設一個簡單的 FTP Server 使用． • 使用方法相當簡單，只要如圖一所示的方式（在工作列上）： • 按下「 Quick Login 」之後，就會出現如圖二的視窗。在圖二的長條框裡面輸入你想去的遠端主機（如中台： chtai.ctc.edu.tw ），按下「 OK 」就可以用了。 • 詳細資料 http://www.netterm.com • 軟體下體 http://www.netterm.com/html/downloads.html

  15. Web 介面操作 • 以IE進行軟體操作, 檔案下載上傳 • 測試站台: 中台醫護 www.ctust.edu.tw

  16. 編輯軟體 • 普通文字檔在 PC 中可是無所不在的，像是各種各樣的 readme「讀我檔案」、批次檔案等等，都是使用普通文字檔的格式。 • Windows 95/98雖然提供了一個簡單的「記事本」來處理普通文字檔，但「記事本」太陽春了，功能陽春不說，碰到大一點的文字檔，就當場拒絕工作 • 相關軟體: Pspad, Ultra edit ….

  17. Pspad 的系統整合 • 安裝 Pspad • 設定 • 本程式的各項設定 • 系統整合 • 整合到系統快顯功能表

  18. Adobe reader • 所謂的「PDF」就是可攜式文件格式（Portable Document Format），是電腦界非常通用的文件標準之一，其原因在於他有良好的可攜性，在各種不同的電腦平台與作業系統間，均可以相互交換及閱覽，造就了「PDF」現在的地位。許多的專業文件均用「PDF」做為製作及交換的標準。 • 閱讀「PDF」文件當然也需要專用的軟體，那就是 Adobe Acrobat Reader • 詳細資料: http://www.chinese-t.adobe.com/main.html?c=tw • 軟體下載: http://ardownload.adobe.com/pub/adobe/reader/win/8.x/8.1/cht/AdbeRdr810_zh_TW.exe

  19. Gendoc • 生物資訊分析 • 軟體之詳細資訊 http://www.psc.edu/biomed/genedoc/ • 軟體下載 http://www.sinica.edu.tw/lib/lsl/bioinformation/software/gsv27550.exe

  20. Rasmol • Pdb 觀測工具 • 詳細資料 http://www.openrasmol.org/ • 軟體下載 http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/ RasMol_2.7.2.1.MSWIN/raswin.exe

  21. Swiss-PdbViewer • Pdb 觀測與簡單操作工具 • 詳細資料: http://tw.expasy.org/spdbv/ • 軟體下載http://tw.expasy.org/spdbv/program/spdbv37sp5.zip

  22. Endnote • 文獻彙整與編輯的好用工具 • 軟體之詳細資訊 http://www.endnote.com/en9info.asp • 試用版 http://www.endnote.com/endemo.asp

  23. References 格式 A number of other enteroviruses, including hemagglutinating echoviruses (7, 67, 86), enterovirus 70 (36), coxsackie B viruses (8,50, 60), and coxsackievirus A21 (CAV21) (74), use decay-accelerating factor (DAF; CD55) as a receptor for infection of host cells. DAF is a 70-kDa glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchored protein involved in the protection of cells from complement-mediated lysis (44). The different viruses bind to DAF atone of three sites within the four short consensus repeat (SCR) regions. CAV21 (74) and enterovirus 70 (37) bind to a region in SCR1, the coxsackie B viruses (50) interact with a region between SCR2 and SCR3, and the hemagglutinating echoviruses bind to a region within SCR3 (15, 42, 68). References: 1. Anderson, H. A., Y. Chen, and L. C. Norkin. 1996. Bound simian virus 40 translocates to caveolin-enriched membrane domains, and its entry is inhibited by drugs that selectively disrupt caveolae. Mol. Biol. Cell 7:1825–1834. 2. Bayer, N., D. Schober, E. Prchla, R. F. Murphy, D. Blaas, and R. Fuchs. 1998. Effect of bafilomycin A1 and nocodazole on endocytic transport in HeLa cells: implications for viral uncoating and infection. J. Virol. 72:9645–9655.

  24. 引用文獻 • 中文寫作者全名，西文寫姓氏。作者與年代間空一格。 • 正文中提及作者姓名： 例如： 胡克威 (2002) / Lovering (1984)。 • 正文中沒有提及作者姓名： 例如： 其主要目的在於增進研究的嚴謹度與可信度(王金永 1990) As treated in the previous study (Hogan et al. 1993) • 引用文獻作者有二人，中文用頓號 (、) ，西文用and連接。 例如： (于若蓉、朱敬一 1998) / (Finn and Lannom 1972) • 引用文獻作者有三人或以上，中文用第一作者加等字，西文用第一作者姓氏加et al.表示。 例如： (廖培珊等 2002) / (St. John et al. 1986) • 引用兩個以上的文獻，中、英文皆以分號 (；) 相隔。 例如： (于若蓉 2002；杜素豪 2001) / (Liao 2001 ; St. John et al. 1986；Theodori 2001)。

  25. Book • Okuda M, Okuda D. Star Trek Chronology: The History of the Future.New York: Pocket Books; 1993. • 作者姓名. 書名. 出版地：書局; 年. 頁X~X • Journal or Magazine Article • Wilcox RV. Shifting roles and synthetic women in Star trek: the next generation. Stud Pop Culture. 1991;13:53-65. • 作者姓名. 篇名. 期刊名. 年；第X期: 頁 X-X. • Book Article or Chapter • James NE. Two sides of paradise: the Eden myth according to Kirk and Spock. In: Palumbo D, ed. Spectrum of the Fantastic. Westport, Conn: Greenwood; 1988:219-223. • 作者姓名. 篇名. 收於編者姓名編. 書名. 出版地：書局; 年: 頁X~X。 • Website • Lynch T. DSN trials and tribble-ations review. Psi Phi: Bradley's Science Fiction Club Web site. 1996. Available at: http://www.bradley.edu/campusorg/psiphi/DS9/ep/503r.htm. Accessed October 8, 1997. • 作者姓名. 篇名. 網站名，網址. 月日, 年.

  26. Notes • Items are listed numerically in the order they are cited in the text. • If you are using a typewriter and cannot use italics, then use underlining. • Authors: use initials of first and second names with no spaces. Include up to six authors. If there are more than six, include the first three, followed by etal. If no author is given, start with the title. • Books: include the edition statement (ex: 3rd ed. or Rev ed.) between the title and place if it is not the first edition. • Place: use abbreviations of states, not postal codes. • Journals: abbreviate titles as shown in Index Medicus. If the journal does not paginate continuously through the volume, include the month (and day). • Websites: include the name of the webpage, the name of the entire website, the full date of the page (if available), and the date you looked at it. • The rules concerning a title within a title are not displayed here for purposes of clarity. See the printed version of the manual for details. • For documents and situations not listed here, see the printed version of the manual. A similar styleguide is the Uniform Requirements for Manuscripts Submitted to Biomedical Journals

  27. Transposition systems, including members from the Tc1/Mariner family, have been used in mouse and the zebrafish Danio rerio. By using a comparative phylogenetic approach, a synthetic Tc1-like transposon Sleeping Beauty (SB) has been proven active in mouse and human cells (Ivics et al., 1997; Luo et al., 1998). Although transposons such as SB and Minos have been tested for insertional mutagenesis in mouse (Dupuy et al., 2001; Fischer et al., 2001; Horie et al., 2001; Zagoraiou et al., 2001), general application of these transposons in mouse genetics was limited due to the fact that new transposon insertions were heavily concentrated near the original site, occurred with low efficiencies, and had a limited capacity to carry DNA fragments (Drabek et al., 2003; Dupuy et al., 2001; Fischer et al., 2001; Horie et al., 2001, 2003;Zagoraiou et al., 2001). References: Campbell, R.E., Tour, O., Palmer, A.E., Steinbach, P.A., Baird, G.S., Zacharias, D.A., and Tsien, R.Y. (2002). A monomeric red fluorescent protein. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 7877–7882. Cary, L.C., Goebel, M., Corsaro, B.G., Wang, H.G., Rosen, E., and Fraser, M.J. (1989). Transposon mutagenesis of baculoviruses: analysis of Trichoplusia ni transposon IFP2 insertions within the FP-locus of nuclear polyhedrosis viruses. Virology 172, 156–169. Cooley, L., Kelley, R., and Spradling, A. (1988). Insertional mutagenesis of the Drosophila genome with single P elements. Science 239, 1121–1128. Drabek, D., Zagoraiou, L., deWit, T., Langeveld, A., Roumpaki, C., Mamalaki, C., Savakis, C., and Grosveld, F. (2003). Transposition of the Drosophila hydei Minos transposon in the mouse germ line. Genomics 81, 108–111.

  28. Gs-tools • 預覽及列印Postcript圖檔 • post script，一種page description language，如果你使用的列表機有支援PS 格式的話，直接列印就好了。不然PC 上可以抓ghostview, ghostscript 等東西來用。 印表機若支援 PS, 一定會在說明書裡標明。如果該印表機除支援 PS外還支援 PCL, 你要將印表機切到印 PS 的模式下(事實上很多新機種已有自動判斷 Personality的功能, 所以這一步是多餘的), 將檔案Copy到prn即可。此時印表機根據電腦送來的PS file(文字檔), 解譯成不同解析度(xx dpi)的圖形列印出來。 ghostview就是以軟體的形式代替印表機將PS file轉成圖形資料,送到印表機列印。這種路不轉人轉的變通方法會讓列印工作變成一種夢靨。而且有些較複雜的PS file也印不出來。 • 軟體之詳細資訊 http://www.cs.wisc.edu/~ghost/ • 軟體下載 http://www.sinica.edu.tw/lib/lsl/bioinformation/software/gsv27550.exe

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