1 / 15

ssp . lobulina ES: Ruokolahti 30. 7. 1971 coll . Hannu Saarenmaa

Kuutäpläkehrääjän ( Cosmotriche lobulina )- aineiston BAR-koodauksen digitointiosuuden suunnittelu Hanna Araja-Matilainen. Projektityö koostuu kuutäpläkehrääjän kokoelmayksilöiden DNA-näytteenotosta, digitoinnista sekä uusien työvaiheiden käytännön suunnittelusta ja käytännön toteutuksesta

genero
Download Presentation

ssp . lobulina ES: Ruokolahti 30. 7. 1971 coll . Hannu Saarenmaa

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Kuutäpläkehrääjän (Cosmotrichelobulina)- aineiston BAR-koodauksen digitointiosuuden suunnitteluHanna Araja-Matilainen

  2. Projektityö koostuu kuutäpläkehrääjän kokoelmayksilöiden DNA-näytteenotosta, digitoinnista sekä uusien työvaiheiden käytännön suunnittelusta ja käytännön toteutuksesta • Yhteistyössä Oulun yliopiston Marko Mutasen koordinoiman FinBOL- hankkeen kanssa (osa International Barcode of Life, iBOL-projektia).FinBOL- hanke tähtää Suomen eliöstön kattavan DNA-lajitunniste- eli DNA-viivakoodikirjaston luomiseen. DNA-näytteiden sekvensointi tapahtuu hankkeen kautta • Näytteiden kuva-aineisto ja tallennetut keräystiedot Digitariumin kautta • Aineisto koostuu Hannu Saarenmaan (51 kpl), Veijo Mannelinin (20 kpl) ja Robert von Bonsdorffin (6 kpl) kokoelmayksilöistä. Lisäksi aineistoon liitetään Marko Mutasen Oulussa jo sekvensoitujen kokoelmayksilöiden tiedot

  3. Projektityössä tähdätään lajin nimimuodon (C. l. ssp. lobulina(Denis & Schiffermüller, 1775)) ja alalajin (C. l. ssp. junia Saarenmaa 1982) lajiselvitykseen • ssp. junia muistuttaa ulkomuodoltaan ja kaksivuotiselta kehitykseltään Alpeilla elävää ssp. burmannia. Nimilaji ssp. lobulinaaikuistuu vuodessa. • ilmasto-olosuhteet vaikuttavat alalajien elinkiertoon, lentoaikaan ja kokoon ssp. junia (pohjoinen) PK: Ilomantsi; Kivivaara 2. -15. 8. 2008 coll. Hannu Saarenmaa ssp. lobulina ES: Ruokolahti 30. 7. 1971 coll. Hannu Saarenmaa ssp. junia EH: Ruovesi 14. 6. 1979 coll. Hannu Saarenmaa

  4. ssp. junia (pohjoinen muoto) ssp. junia ssp. lobulina Cosmotrichelobulinalevinneisyyskartta http://hyonteiset.luomus.fi/insects/main/EntDatabase.html#search-LEP

  5. ssp. junia ssp. junia (pohjoinen) ssp. lobulina http://hyonteiset.luomus.fi/insects/main/EntDatabase.html#search-LEP

  6. Aluksi DNA-näytteenotto Sitten Digitariumin digitointiprosessi: Näytteiden kuvaus Etikettitietojen tallennus 3) Tietojen varmennus

  7. Näytteenotto ja perhosten kuvaus tehtiin pienissä sarjoissa

  8. Jalan irrottaminen Eppendorf- tuubiin

  9. Näytteenoton jälkeen perhonen kuvattiin Kamera: Nikon D3 s Objektiivi: Nikon AF-S Micro Nikkor 105 mm F-luku: aukko 22 Valotus: 1/20

  10. Etikettitietojen tallennus JJ Client- ohjelmistoon Tiedot syötetään BOLD-tietokantaan

  11. Barcode of life data systems (BOLD) • Monipuolinen tietokanta ja DNA- sekvenssien analyysityökalu • DigitariuminJJClient- sovelluksen xml- etikettitiedot avataan BOLD:in omalle Excel-pohjaiselle lomakepohjalle ja tiedot syötetään BOLD- tietokantaan. Lomake sisältää: • yksilöiden keräystiedot • taksonomisen tiedon • Lisäksi voidaan liittää • valokuvat • DNA-viivakoodit • LimS raportit (Laboratorion tietojärjestelmä) • Näytteen omistaja voi BOLD iin rekisteröidyttyään päästä katsomaan ja analysoimaan tuloksia; esim. yksilöiden tunnistaminen vapaasti käytettävän IdentificationEngine -toiminnon kautta

  12. Suunnitteilla on, että jatkossa JJ Client tuottaa Excel- taulukoita automaattisesti

  13. Näytteet on kuvattu ja etikettitiedot on tallennettu • BOLDiin on luotu taxonomy of C. lobulina-projekti • Tiedot siirretään BOLD- tietokantaan • Näytteet lähetetään Ouluun (mukaan liitetään Oulussa sekvensoitujen kokoelmayksilöiden tiedot) • FinBOL- projektin näytteet lähetetään analysoitavaksi Kanadaan (Biodiversity Institute of Ontario, University of Guelph) ja lajitunnistetiedot valmistuvat talvella 2012 • Loppuraportissa ohjeistukset Digitariumille (näytteenotto yhdistettynä digitointiprosessiin, tiedonsiirto BOLD:iin) Tähän mennessä

  14. Lähteetjalinkit: • Saarenmaa, H. 1982: Taxonomy and ecology of Cosmotrichelunigera(Lepidoptera, Lasiocampidae) in Finland, with a description of a northern subspecies/NotulaeEntomologicae : 1982: 62: 97-109 • DNA-viivakoodit, iBOL, BOLD ja DNA-viivakoodaus • Suomessa/Marko Mutanen • http://www.luomus.fi/opetus/digitointiseminaari2010/Digiseminaari2010_Mutanen.pdf • iBOL • http://ibol.org/ • BOLD • http://www.boldsystems.org/views/login.php • the Fourth International Barcode of Life Conference • 28 November - 3 December 2011 • ttp://www.dnabarcodes2011.org/ • Tietotekniikkakoulutus BOLD • DNA- barcoding- menetelmäkoulutus

More Related