1 / 13

Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка).

Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка). Признаки гомологичности белков сходная 3 D -структура в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность разные другие соображения…. Гомологи

gail-mccoy
Download Presentation

Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка).

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка). Признаки гомологичности белков • сходная 3D-структура • в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность • разные другие соображения…

  2. Гомологи Ортологи Паралоги Ксенологи ? (W.M.Fitch, Syst.Zool.19,99(1970)

  3. Ортологи - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию Паралоги - последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.

  4. Задача выравнивания = задача поиска сходства. Сходство  гомология «Идеальное» выравнивание – запись последовательностей одна под другойтак, чтобы гомологичные фрагментыоказались друг под другом. Дом Скупидом Водомерка ? Домов---ой Домов-----ой Домо-стройДомо-строй Гэп – пропуск в последовательности ?

  5. Как получить «оптимальное» выравнивание? Один из способов: Гэп – пропуск в последовательности

  6. ? Мутации, рекомбинация, ….

  7. ATA TGT ATA AAG GCA AAC TCC TGT TAA AC Ile Cys Ile Lys Ala Asn Ser Cys Stop Example: point mutations Silent mutation Amino acid change Termination x Frame shift

  8. Domain insertion: “Mosaic proteins” Structural modules: Domain origins: epidermal growth factor (EGF) plasminogen kringle domain EGF domain fibronectin finger domain fibronectin vit. K-dependent calcium-binding domain (osteocalcin) trypsin-like serine protease Mosaic proteins tissue plasminogen activator prothrombin urokinase plasminogen

  9. Домен – единица эволюции, структуры и функции белков. Домен – компактная, относительно независимо сворачивающаяся структура, относительно консервативная в процессе эволюции. Белки могут состоять из одного или многих доменов.

  10. Бывает и такое….(пример структурного выравнивания)

  11. AAAAAAAAAA AACDEAAAA Что лучше? AAAAAAAAAA AA---AAAAAAAA AACDE-AAAA AACDE----AAAA

More Related