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生物物理所科学研究平台 浪潮计算机集群和成像中心数据系统 简介 及 相关 管理办法

生物物理所科学研究平台 浪潮计算机集群和成像中心数据系统 简介 及 相关 管理办法. 凌伦奖. 浪潮计算机集群 TS10K 简介. 中国科学院生物物理所筹建高性能计算中心（此后简称“中心”）的首要目的是满足本研究所科研活动中日益增长的高性能计算需求，包括：透射电镜的数据收集、数据初步处理、三维重构，质谱原始数据的处理，晶体结构解析，分子动力学，分子建模，结构预测，以及其他生物信息学相关的大规模计算等等。此外，本计算中心加入了中科院超级计算网格环境，是其中的一个所级中心，所以，在首先满足本所需求的前提下，也为所外的用户提供服务。. 浪潮计算机集群 TS10K 简介.

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生物物理所科学研究平台 浪潮计算机集群和成像中心数据系统 简介 及 相关 管理办法

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Presentation Transcript

  1. 生物物理所科学研究平台浪潮计算机集群和成像中心数据系统简介 及 相关管理办法 凌伦奖

  2. 浪潮计算机集群TS10K简介 • 中国科学院生物物理所筹建高性能计算中心（此后简称“中心”）的首要目的是满足本研究所科研活动中日益增长的高性能计算需求，包括：透射电镜的数据收集、数据初步处理、三维重构，质谱原始数据的处理，晶体结构解析，分子动力学，分子建模，结构预测，以及其他生物信息学相关的大规模计算等等。此外，本计算中心加入了中科院超级计算网格环境，是其中的一个所级中心，所以，在首先满足本所需求的前提下，也为所外的用户提供服务。

  3. 浪潮计算机集群TS10K简介 "中心"目前的主力设备是浪潮TS10K计算机集群。该集群于2011年5月调试完毕并正式运转，其主要构成包括：管理节点，用户登录节点，80个瘦节点（960个计算核），20个高速互联瘦节点（240个计算核），1个厚节点（48个计算核）， 4个GPU节点，总计算能力约为14万亿次每秒；内存总和3856 GB，总存储空间60TB；主干计算网络为10Gb Ethernet，管理网络为1Gb Ethernet，高速互联网为40Gb Infiniband；操作系统为Linux，作业调度系统为TSJM V1.0。集群的总体架构和外观如下面的图片所示。

  4. 浪潮计算机集群TS10K简介

  5. 浪潮计算机集群TS10K简介

  6. 生物成像中心数据系统简介 • “生物物理所生物成像中心”隶属于 “北京生命科学大型仪器区域中心”（简称“区域中心”），有多台电镜，日产生的数据量超过500G。“生物物理所生物成像中心数据采集与存储系统”（此后简称“数据系统”）的任务就是将这些数据完整地采集下来，并有序存储，进行分析。 • “数据系统”首先满足“区域中心”用户的需求，也为“区域中心”以外的用户服务。

  7. 生物成像中心数据系统简介

  8. “中心”的管理办法 详见http://192.168.120.101/的“管理办法”，这里强调几点： • “中心”按非盈利、服务科研的原则管理运行，在首先满足本单位各课题组的需求的情况下，也为其他符合条件的用户提供服务； • 仅提供高性能计算相关的服务，原则上不提供纯数据存储、网页发布、网络传输等方面的服务； • 用户通过网络使用集群，非授权用户，不得进入机房； • 用户在相关项目完成或阶段总结后，有义务向“中心” 提交相关总结报告（包括获奖证明）进行存档，发表文章和成果时须注明相关计算是在本“中心”完成的。

  9. “中心”的收费办法 详见 http://192.168.120.101/中的“收费原则”，这里说明几点： • 收费不是为了盈利，只是覆盖部分能源费和运行维护费； • 鼓励大规模计算（并行，长时间）； • 目前，按“财政年度”每年结算一次，今后可能每半年结算一次； • 如果通过院高性能计算环境接入的，按其规定的标准收费。

  10. “数据系统”的管理办法 详细的管理办法见：http://cbi.ibp.ac.cn/中的相关“管理规定”，这里强调几点： • “数据系统”首先满足“区域中心”用户的需求，此外，也积极为其他单位符合条件的用户提供服务。 • 将用户分为3类，即“区域中心内用户”，“区域中心外用户”，和“商业用户”，在收费的标准方面有所区别 • 在相关项目完成或阶段总结后，用户有义务向“中心”提交研究成果报告或项目总结报告（包括获奖证明）进行存档，发表文章和成果时须注明相关的工作在计本中心完成。

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