1 / 32

Е.Б. Прохорчук , А.В. Недолужко , Н.Н. Чеканов, К.Г. Скрябин

Полномасштабный анализ генома человека как средство для уточнения некоторых антропологических и исторических гипотез. Научная сессия Отделения нанотехнологий и информационных технологий Российской академии наук Нанотехнологии для биологии и медицины 28–29 марта • 2013 •.

fauna
Download Presentation

Е.Б. Прохорчук , А.В. Недолужко , Н.Н. Чеканов, К.Г. Скрябин

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Полномасштабный анализ генома человека как средство для уточнения некоторых антропологических и исторических гипотез Научная сессия Отделения нанотехнологийи информационных технологий Российской академии наукНанотехнологии для биологии и медицины28–29 марта • 2013 • Е.Б. Прохорчук, А.В. Недолужко, Н.Н. Чеканов, К.Г. Скрябин НИЦ «Курчатовский институт»; Центр «Биоинженерия» РАН; ИЦиГ СО РАН; НИИ Медицинской генетики СО РАМН; Институт биохимии и генетики УНЦ РАН; Институт истории материальной культуры РАН; Казанский федеральный университет

  2. http://goo.gl/maps/tL9YX

  3. http://goo.gl/maps/tL9YX

  4. Call rate > 95%; • Het X chr: • Male <1%; • Female> 20%; • No family cases (parents/kids) • Genetic distance between each pair of samples- not closer than cousins. Totally: 5565 samples: 3536 males, 2029 females; 2737 clinical (controls). ~200 000 SNP have call rates> 99.5%. QC

  5. PC 1-2: Africavs. the rest

  6. hg19 Khoisan Venter Watson

  7. Far East PCA on all samples Oceania Siberia/America Central Asia Africa Europe Middle East

  8. - "Извините, Липпанченко: вы не монгол? - "Почему такой странный вопрос?.." - "Так, мне показалось..." - "Во всех русских ведь течет монгольская кровь...« Андрей Белый, «Петербург», 1913 г.

  9. К=5

  10. Genetic territory of East Europe юг югю восток

  11. Данные по северным русским из группы Лимборской Khrunin et al, 2013, PlosOne, e58552

  12. Пример 1. Казахи. Корреляции генетических и лингвистических расстояний до остальных народов r > 0.7 статистически значима. Точки укладываются на прямую. Казахи проживают близко к региону предположительной прародины тюрков. Пример 1. Казахи. Корреляции генетических и лингвистических расстояний до остальных народов r > 0.7 статистически значима. Точки укладываются на прямую. Казахи проживают близко к региону предположительной прародины тюрков.

  13. Пример 2. Венгры. Корреляция отрицательная. Точки, в основном, укладываются на два прямые (горизонтальная прямая – европейцы, вертикальная – урало-алтайцы). Венгры (уральская семья) с прародины на Урале мигрировали в центр Европы с индоевропейским населением. лингвистические – по базе данных Института языкознания РАН “Языки мира”. Она содержит описание грамматики 315 языков Европы, Северной и Центральной Азии, Северной Африки и Аляски по 3821 бинарным признакам из всех разделов грамматики

  14. Пример 3. Чеченцы. Корреляция отрицательна. Точки укладываются на два прямые (горизонтальная – европейцы, вертикальная – монгольская семья). Кавказ – исконная (не менее 4-5 тыс. лет) родина чеченцев, нет никаких миграций чеченцев.

  15. Неожиданная близость чеченского языка с монгольскими: пассивная форма глагола, частичный сингармонизм гласных и др. признаки, отсутствующие в кавказских языках и присутствующие в монгольских. В работе Nasidze et al, 2004 характерная для монгольских народов гаплогруппа С обнаружена у чеченцев (и практически отсутствует на Кавказе). Возможное объяснение – влияние монголо-татарских нашествий. Nasidze et al, 2004

  16. Распространение индоевропейских языков. Гипотезы о родине индоевропейцев HV, U5, V 1 2 3 1 2 3 H, J H, J, T

  17. Распространение- южная Швеция, северная Германия • Характерные мтгаплогруппы- U5, V Новосвободненская культура- классифицируется по керамике как позднее проявление культуры воронковидных кубков. Хотя она сосуществует с майкопской культурой, которая имеет свои корни в Мессопотамии Культура воронковидных кубков

  18. В этом проекте было получено 10 миллиардов нуклеотидов. • 99,9%- бактериальный геном. Контаминация. • Применили технологию вылавливания митохондриальной ДНК.

  19. Проблемы с древней ДНК: • Сильно фрагментирована (80 пар оснований) • На концах фрагментов заметное количество транзиций Ц-Т

  20. Современная ДНК

  21. «Плохой» образец из захоронения

  22. Образец зуба из захоронения новосвободненской культуры

  23. Образец из захоронения новосвободненской культуры имеет гаплогруппуV7. Что указывает на ассоциацию с культурой воронковидных кубков.

  24. Распространение индоевропейских языков. Гипотезы о родине индоевропейцев HV, U5, V 1 2 3 1 2 3 H, J H, J, T

  25. «…Считают, что широкая экспансия индоевропейцев была обусловлена их воинственностью и одомашниванием коня — эффективного средства для передвижений и сражений.» Большая советская энциклопедия. — М.: Советская энциклопедия. 1969—1978. Одомашнивание лошади

  26. Курган 28

  27. Курган 28

  28. 24 узла, на каждом 16 ядер/8-16Гб RAM • 3-4 сервера с 256Гб RAM • 200-500 Tb хранилище • Интернет-канал 1Gbдля главного сервера и 20-30 Мбит для расчётных. Немецкий раковый проект по секвенированию рака простаты – 7 Тб в день Твиттер- 12 Тб в день Вычислительные ресурсы наших лабораторий

  29. Курчатовский институт

More Related