Лекция 12
Download
1 / 27

?????? 12 - PowerPoint PPT Presentation


  • 242 Views
  • Uploaded on

Лекция 12. Митохондриальный геном - что дальше?. Митохондриальный геном и филогеография человека Митохондриальный геном и проблемы систематики. Genome compartments and pattern of inheritance. Human Y Chromosome. Мт ДНК анализ позволяет проследить «путь Евы»

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about '?????? 12' - elinor


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
12

Лекция 12

Митохондриальный геном - что дальше?

Митохондриальный геном и филогеография человека

Митохондриальный геном и проблемы систематики


12

Genome compartments and pattern of inheritance

Human Y Chromosome

Мт ДНК анализ позволяет проследить «путь Евы»

Y-хромосомный анализ – «путь Адама»


12

НАЧАЛО исследованиям изменчивости мтДНК человека было положено в 1982 году

Первая публикация:

HUMAN MITOCHONDRIAL DNA VARIATION AND EVOLUTION:

ANALYSIS OF NUCLEOTIDE SEQUENCES FROM SEVEN

INDIVIDUALS

CHARLES F. AQUADRO AND BARRY D. GREENBERG*’

Laboratory of Genetics, National Institute of Environmental Health Sciences, Research Triangle

Park, North Carolina 27709, and *Curriculum in Genetics, University of North Carolina,


12

Основные гаплогруппы митохондриальной ДНК

Global network of mtDNA lineages

India

Europe

Вост. Азия

АФРИКА

ИНДИЯ

ЕВРОПА

Зап. АЗИЯ

АФРИКА


12

Исследование гаплогрупп мтДНК: митохондриальной ДНК

  • - гаплогруппы как инструменты для изучения происхождения и эволюции человека;

  • - гаплогруппы для определения роли мтДНК в мультифакторных заболеваниях


12

География основных гаплогрупп митохондриальных ДНК


12

Complete mtDNA sequence tree митохондриальных ДНК


12

В настоящее время охарактеризованы следующие типы митохондриальной ДНК:

Африканский

Азиатский и производный от него американский

Европейский

Характеризуется как относительно гомогенный, и на 90% представлен гаплогруппами:

H, J, K, N1, T, U4, U5, V, X, W


12

H5a охарактеризованы следующие типы митохондриальной ДНК:

16293

H5

H1a1

H11a

H2a1

16209

+4332Eco47I

-13757AciI

16354

H1a2

16051

H11

H2a

H1a

H7

16311

-950MboI

16304

H1b1

+16478DdeI

16162

pH11

16362

H2

-8448

-9380Hin6I

SspI

H1b

+73Alw44I

456

+4770

H8a

AluI

16362

H8

16362

16356

16288

+

1

3

1

0

0

M

s

p

I

-3008

H*

+4448

+9068

16189

H1

16093

H1c

Bsh1236I

+4794

MboI

Eco32I

H6

BsuRI

-5003DdeI

6776

H4

H3

-7025AluI

Структура гаплогруппы Н

Возраст гаплогруппы :

~ 20000 лет >4000 вариантов


12

mtDNA охарактеризованы следующие типы митохондриальной ДНК:

Распределение гаплогруппы М

Indian (M2-M6,+)

E-Asian (M7-M10)

African (M1)

Papuan (Q)

Hindu Kush

Pamirs

Himalayas


12

Изменчивость мтДНК у народов Кавказа – карачаевцев и кумыков


12

Изменчивость мтДНК у украинцев Кавказа – карачаевцев и кумыков


12

Профили мтДНК гаплотипов двух славянских популяций

RUSSIANS

UKRAINIANS


12

Kivisild et al. 2005 славянских популяций

mtDNA tree of 277

globally selected

samples

129 African

- 34 West African

-16 South African

-15 East African

- 15 Mbuti Pygmy

- 10 Biaka Pygmy

- 37 Dominican

43 Asian

- 25 S&W Asia

- 18 SE&NE Asia

76 European

- 39 N-Eur

- 37 S&C-Eur

13 Australia/PNG

16 Nat. American


12

Создан ДНК-банк коренных белорусов Общее количество образцов составляет около 900

Охвачены регионы:

Центральный (г.п. Мир,

г. Слуцк, г. Червень)

Восточный или Поднепровье (г. Климовичи, г. Кричев, г. Славгород, г. Чечерск)

Западное Полесье (г. Кобрин, г. Лунинец, г. Береза)

Восточное Полесье (г.Лельчицы, г. Житковичи, г. Мозырь)

Северный или Подвинье г.п. Лужесно, г.п. Ула, Городок

Западный или Понеманье г. Новогрудок, г.п. Ивье

г. Волковыск


12

Секвенирование ГВС белорусов I и последующий ПДРФ-анализ кодирующего региона позволили определить следующие основные гаплогруппы/субгаплогруппы мтДНК современных белорусов:

H (H1, H2, H5, H6, H10, H11, H13), HV, HV0, HV0a, V, U, U5, U4, U3, U2, U8, K1, K2, T1, T2, J1,J2, N1, I, W, X, C, M, G, D


12

Распределение частот гаплогрупп мтДНК на внутрипопуляционном уровне


12

N мтДНК на внутрипопуляционном уровне

T

I

X

БЕЛОРУСЫ

M

J

C

D

G

HV

U

H

V


12

Полный сиквенс митохондриального генома

Было установлено, что мотивы гипервариабельного сегмента I мтДНК (совокупность полиморфных сайтов) двух образцов являются уникальными и не имеют аналогов в существующих базах по последовательностям ГВС IмтДНК (образцы принадлежат к гаплогруппам N и N1)

Выполнен полный сиквенс мтДНК этих образцов

последовательности действительно являются оригинальными, ранее неизвестными (“novel sequences”).

Выявление новых последовательностей имеет огромное значение для уточнения филогении гаплогруппы N мтДНК


12

Распределение частот митохондриального генома

гаплогрупп мтДНК на

внутрипопуляционном уровне

Регионы:

центральный, восточный,

Западное и восточное Полесье,

Западный, Северный

Анализ компонент (Principle Component Analysis)

основанный на частоте гаплогрупп мтДНК в

некоторых славянских и европейских популяциях

Гаплогруппы:

V, H, J, T, U, K, I, W, X


12

Маркеры, локализованные в митохондриальной ДНК, используются для диагностических, экологических и филогенетических исследований зоологами

Филогения птиц

Trichobilharzia regenti

Видовая идентификация этого нейропатогена птиц и возбудителя церкариального дерматита у млекопитающих

Иксодовые клещи – переносчики вируса энцефалита и возбудителя Lyme боррелиоза

Гипервариабельный район D-петли – универсальный таксономический маркер

Haemoproteusи Plasmodium – для обнаружения этих возбудителей малярии у птиц применяют

ПЦР-диагностику митохондриального гена цитохром b(cob)


12

Генетическая дифференциация большого и малого подорликов на основе анализа D-петли мтДНК

Aquila pomarina

Подорлик малый

Aquila clanga

Подорлик большой


12

Estrid большого и малого подорликов на основе анализа

H5a

SVEN

H

Митохондриальный геном и история последнего короля викингов

Sven Estridsen умер в 1074 г.

Похоронен в Roskilde Cathedral с другимидатскимикоролями

и королевами.

Где похоронена мать короля?

Одно из захоронений в том же соборе – под подозрением (Estrid).

Выделена и проанализирована мт ДНК из пульпы зубов двух тел

Фрагмент 400 п.н. D- петли был клонирован и секвенирован, также был амплифицирован фрагмент с точкой 7028 (H / неН)

Получены отличия по двум точкам:

HVR-1, 16093T-->C and 16304T-->C,

Так доказали, что захороненная Эстрид не мать короля Свена


12

Surprise, Surprise (U5) большого и малого подорликов на основе анализа


12

До встречи на экзамене !!! большого и малого подорликов на основе анализа


ad