ГЕНОТИПИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ЖИЗНЕУГРОЖАЮЩИХ ИНФЕКЦИЙ В СТАЦИОНАРАХ

1. ГЕНОТИПИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ЖИЗНЕУГРОЖАЮЩИХ ИНФЕКЦИЙ В СТАЦИОНАРАХ А.П. Соломенный ФГБУН Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН Н.А. Зубарева ГБОУ ВПО Пермская государственная медицинская академия им. акад. Е.А. Вагнера, Пермь

2. Необходимость генотипических исследований • Широкий видовой спектр возбудителей–анализ гена 16SрРНК и его окружения • Формирование и распространение глобальных эпидемических клонов(например, у Acinetobacter baumannii) – RAPD-ПЦР, ARDRA, MLVA, MLST… • Множественность генетических источников (генов резистентности, мобильных генетических элементов), формирующих пул лекарственно-устойчивых микроорганизмов (аллодемия) – анализ состава мобильных элементов

3. Позиция ISID: While pathogens emerge and mutateour methodology for detection, surveillance, prevention, control, and treatment also continue to evolve. New approaches to the uses of data mining, novel laboratory methods, rapid point-of-care diagnostics, risk communication, responses to outbreaks have all seen innovation… В то время как возникают мутации в направлении патогенности методология выявления, профилактики, контроля и лечения также продолжает развиваться. Новые подходы к использованию интеллектуального анализа данных, новые быстрые лабораторные методы диагностики, оценки рисков, ответа на вспышки инфекций все должны представлять себе в виде инноваций... Интегрон – мельчайшая (после гена) единица антибиотикорезистентности «Встреча» с эволюционно- «поздним» компетентным убиквитом – гамма-протеобактерией Acinetobacterbaumannii (межштаммовые различия в размере генома более 15%) «Встреча» с бактериями микробиома макроорганизма

4. Интегрон 1-го класса: естественное клонирование генов антибиотикорезистентности Соломенный А.П. // Интегроны: значимые структуры лекарственной устойчивости микроорганизмов (обзор) // Вестник Уральской медицинской академической науки. — 2011. — № 4. — С. 136-140. Stokes H.W., Hall R.M. A novel family of potentially mobile elements encoding site-specific gene-integration functions: Integrons // Mol. Microbiol. – 1989 – Vol. 3: 1669–1683.

5. Использование для генотипического анализа Цель: разделение от негативных и «сортировка» возбудителей инфекции в стационаре по структуре интегронов 3000 п.н. 2000 п.н. 800 п.н. 340 п.н. Соломенный А.П., Зубарева Н.А., Гончаров А.Е., Сатосова Н.В., Крылов К.М. // Инфекции в хирургии. – 2011. - № 3. - C. 26-27

6. Klebsiella oxytoca БЛРС-позитивные изоляты Amox/clav R Ceftriaxone R Ofloxacin S Ceftazidime R Gentamicin R Cefepime R Amikacin I / R Cefoperazon/sulbactam I Trimeth/Sulfa S / R* Imipenem S Meropenem S Представлено на 15-м Конгрессе ISID (Бангкок, 13-16 июня 2012) Solomennyi A.,Zubareva N.Antimicrobial susceptibility and resistant integron of Klebsiella oxytoca isolates in Russia//Int. J. Infect. Dis. 2012; 16S1: 56.058.

7. Матрица для принятия генов антибиотикорезистентности • dfrА17- aadA5тандемный набор генных кассет впервые описан у штаммаEscherichia coli INS33 в 1998 г.в клинике Университета г. Сиднея (Австралия) и в настоящее время известно почти100похожих наборов в геномах энтеробактерий (в т.ч.Klebsiella pneumoniae) и стафилококков • дальнейшее развитие, например,imp15- dfr-… (Pseudomonas aeruginosa, клинический изолят, Таиланд, 2004) или ISCR(инсерционные криптические последовательности)-dfr… в комплексных интегронах

8. Исследование интегронов у ацинетобактера Начиная с 5 декабря 2009 года (с 16 час 29 мин) в отделения ожоговой, хирургической и токсикологической реанимации НИИ СП им. Джанелидзе (Санкт-Петербург) поступило 17 пострадавших в пермском клубе «Хромая лошадь» Подавляющая часть (до 80%) проспективных изолятов (отнесенных к нескольким генотипам) Acinetobacter baumannii являлась интегрон-позитивной

9. Исследованные интегроны 1-го класса Устойчивость к аминогликозидам I – III поколений, кроме нетилмицина (изепамицин не тестировали)

10. Устойчивость к цефалоспоринам, карбапенемам и аминогликозидам может определяться одним интегроном 8000 п.н. 8000 п.н

11. Ген металло-бета-лактамазыVim-2 в составе интегрона 1-го класса у Pseudomonas aeruginosaи Acinetobacter baumannii AacA7 – BlaVim-2– DfrB5 – AacA5 – модульtni • Этот интегронприсутствует в геноме возбудителей, выделенных практически на всей территории России, начиная с исследования RESORT, 2002-2004, что вносит вклад в возрастание доли карбапенем-устойчивых штаммов • Промоторы интегрона принадлежатгибридному типу (1 и 2) (МПК имипенема >64 мкг/мл) • Интегрон способен мобилизоваться кактранспозон

12. ВЫВОДЫ • Интегроны 1-го класса могут служить эпидемиологически ценными маркерами, отличающими госпитальные лекарственно-устойчивые и вирулентные штаммы возбудителей • Генотипический мониторинг мобильных элементов особенно актуален в системе эпидемиологического надзора за инфекциями, связанными с оказанием медицинской помощи (в системе инфекционного контроля)

13. Исследование получило поддержку в рамках проекта РФФИ-Урал (Пермский край) № 10-04-96023 (2010-2012 гг.) Особая благодарность к.м.н., доценту СЗГМУ им. Мечникова Гончарову А.Е. (Санкт-Петербург)