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Kick-off meeting Vendredi 8 fevrier 2007 X. Pennec

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Kick-off meeting Vendredi 8 fevrier 2007 X. Pennec - PowerPoint PPT Presentation


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Kick-off meeting Vendredi 8 fevrier 2007 X. Pennec. Ordre du jour. 14h00 – 14h15 Présentation de l’ARC [Xavier] 14h15 – 15h30 Présentation des équipes (compétences, objectifs, 10mn) Asclepios LNAO Neurospin Neurospin INRIA Futur MMiXT, LENA, CHUPS Visages LSIS, LXAO CMLA (+Paris 6)

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Presentation Transcript
ordre du jour
Ordre du jour
  • 14h00 – 14h15 Présentation de l’ARC [Xavier]
  • 14h15 – 15h30 Présentation des équipes (compétences, objectifs, 10mn)
      • Asclepios
      • LNAO Neurospin
      • Neurospin INRIA Futur
      • MMiXT, LENA, CHUPS
      • Visages
      • LSIS, LXAO
      • CMLA (+Paris 6)
  • 15h30 – 16h00 Objectifs communs pour 2007, pour 2008 et au delà
  • 16h00 – 16h30 Organisation du projet
    • Sujet Post-doc
    • Reunions suivantes

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

slide3
BrainVar: Etude et modélisation de la variabilité anatomique du cerveau humain
  • Buts et applications
    • Anatomie représentative et variabilité normal
    • Modéliser le développement au cours du temps (croissance)
    • Détection et classer les pathologies a partir des déviations structurales
    • Des modèles génériques (atlas) au modèles spécifiques (patient)
    • Normalisation des études fonctionelles de groupe
  • Problématique au coeur de la recherche actuelle
    • Computational Anatomy, an emerging discipline, P. Thompson & M. Miller École d’été + numéro spécial NeuroImage 2004
    • Mathematical Foundations of Computational Anatomy (MFCA’06), MICCAI workshop (X. Pennec and S. Joshi)
    • ARC BrainVar (2007-2008), Asclepios, Visages, INRIA + CEA Neurospin, Pitié-Salpêtrière, ENS Cachan, LXAO Marseilles.

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

slide4
BrainVar: Etude et modélisation de la variabilité anatomique du cerveau humain

Hiérarchie de variétés anatomiques (modèles structurels)

  • Amers [0D] : CA, CP (Talairach)
  • Courbes [1D] : lignes de crête, sillons corticaux [P. Fillard]
  • Surfaces [2D] : cortex, rubans corticaux, parcellisation du manteau cortical
  • Volumes: Images (VBM)
  • Imagerie de diffusion, faisceaux de fibres
  • Transformations : rigide, multi-affine, difféomorphismes [TBM, V. Arsigny]

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

probl mes et questions
Problèmes et questions
  • Inférence des modèles (segmentation)
    • Problèmes d’analyse d’image (e.g croissance)
    • Identification (labelisation)
  • Mise en correspondance
    • Des modèles et intra-modèle (e.g. entre lignes)
    • Sur la surface corticale vs dans le volume entier
  • Calcul statistique et algorithmique sur les variétés
    • Variétés de diemension finies et infinie
    • Métrique a utiliser ?

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

probl mes et questions1
Problèmes et questions
  • Variabilité anatomique et fonctionelle
    • Modèles structurels de l’activité fonctionnelle
    • Marqueurs fonctionnels
    • Méthodologie d’analyse similaire a l’anatomique
  • Analyse causale de la variabilité
    • Modèle descriptif (bifurcations dans la trajectoire du développement)
    • Modèles génératifs incluant des informations image et génétique
  • Lien entre localisation fonctionelle & connectivité anatomique
    • Définition fine des faisceaux de fibre [lien avec ARC DMRI]
    • Statistiques sur les faisceaux de fibres
      • E.g. homéomorphisme entre architecture et zones topiques?

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

objectifs
Objectifs
  • Constat: un problème très complexe
    • Nombreuses méthodes et données adressant des aspects particuliers
      • Données très disparates
      • Méthodes non comparables
    • Très grand nombre de degrés de liberté :
      • Les hypothèses implicites conditionnent en partie les résultats
  • Objectifs : faire murir les enjeux et identifier les verroux
    • Comparer les resultats de variabilité [collaborations bi/tri-partites 2007]
      • Méthodes différentes, mêmes données
      • Mêmes méthodes, données différentes
      • Méthodes pour fusionner les résultats
    • Fédérer les efforts méthodologiques et expérimentaux [Post doc 2008]
      • Outils algorithmiques
      • Bases d’évaluation
    • Projet ANR / Européen (FET) [2009++] ?

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

organisation de l arc
Organisation de l’ARC
  • Budget:
    • 15000 euros pour les missions par an (2007+2008)
    • Un post-doc INRIA pour 2008 (a recruter en 2007)
  • Reunions scientifiques a thèmes
    • Recenser les methodes et les données
    • Identifier les collaborations efficaces
    • Lien avec l’ARC DMRI (INRIA (ODYSSEE), Inserm U678 UPMC, Centre de recherche RMN CHUPS)
      • Aim #1: mathematical tractography for high resolution diffusion MRI
      • Aim #2: 3D atlas of striatal territories
      • Aim #3: New statistical methods to quantify diffusion.
  • Collaborations
    • Thèmes ?
    • Sous-groupes ?
    • Workshop ?

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

axes de recherche une cha ne de traitement a plusieurs niveaux
Axes de recherche : Une chaîne de traitement a plusieurs niveaux
  • Méthodes statistiques de mesure et d’analyse
    • Extraction des primitives
    • Statistiques sur ces objets
  • Modélisation [descriptive -> générative]
    • Variabilité anatomo-fonctionelle
    • Croissance
    • Correlation avec facteurs genetiques / cliniques
  • Utilisation (normalisation spatiale / Personnalisation)
    • Algorithmes de mise en correspondance
      • Recalage non rigide / surfacique / autres
    • prenant en compte la variabilité
      • Sur la transformation / des sources de données

ARC BrainVar - 7 fevrier 2007

prochaines reunions
Prochaines reunions
  • Mardi 3 avril au CEA Saclay
  • Recalage et variabilite des lignes et surfaces sulcales
    • Pierre Fillard: variabilite a partir des lignes sulcales
    • Stanley Durrleman: comparaison avec les methodes de diffeos 3D sur les memes lignes.
    • Olivier Coulon: matching de lignes sur la surface corticale
    • Guillaume Auzias: titre a prevoir
    • Joan Glaunès: Matching de courants de courbes et surfaces
    • Christian: Statistiques sur les rubans corticaux (thèse Isabelle Corouge)
    • Discussion sur comment adapter ces techniques aux faisceaux de fibres
    • Tour de table sur les outils logiciels utilises.
  • Mardi 5 juin DTI a sophia : DTI (en collaboration avec DMRI?)
    • ODJ a définir

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