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生物資訊的使用 也許您不必將它當成您的研究領域 但您最好知道如何使用這個工具

生物資訊的使用 也許您不必將它當成您的研究領域 但您最好知道如何使用這個工具. 張猷忠 陽明大學生化所. 何謂生物資訊？. 生物資訊有那些？ 相關文獻資料 期刊報告、統計數據、醫院病歷、專利資訊、辭典書籍等。 核酸及蛋白質序列 基因體序列、 cDNA 序列、起動子序列、轉錄因子序列等。 分析工具軟體 GCG, BLAST, FastA, … 在不同人眼中的生物資訊 ( 學 ) ： 分子生物學家，遺傳學家 結構生物學家，藥物或藥理學家 資訊學家. 什麼是生物資訊學？. Bioinformatics

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生物資訊的使用 也許您不必將它當成您的研究領域 但您最好知道如何使用這個工具

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Presentation Transcript

  1. 生物資訊的使用也許您不必將它當成您的研究領域但您最好知道如何使用這個工具生物資訊的使用也許您不必將它當成您的研究領域但您最好知道如何使用這個工具 張猷忠 陽明大學生化所

  2. 何謂生物資訊？ • 生物資訊有那些？ • 相關文獻資料 • 期刊報告、統計數據、醫院病歷、專利資訊、辭典書籍等。 • 核酸及蛋白質序列 • 基因體序列、cDNA序列、起動子序列、轉錄因子序列等。 • 分析工具軟體 • GCG, BLAST, FastA, … • 在不同人眼中的生物資訊(學)： • 分子生物學家，遺傳學家 • 結構生物學家，藥物或藥理學家 • 資訊學家

  3. 什麼是生物資訊學？ • Bioinformatics • Infomation biology (Infobiology) • Computational biology Biologist Informaticist Statisticist

  4. 瞭解生物資訊的重要性 • 可以知道有那些資訊是已知的 • 可以知道在那裏可以找到這些資訊 • 要知道如何使用這些資訊 • 還要知道目前的潮流趨勢

  5. 瞭解生物資訊的重要性 • Genome projects • >500 viruses, >25 bacteria, Caenorhabditis elegans, Saccharomyces cerevisiae, Drosophila melanogaster; Human, mouse, rice, … • Post-genomic era • Genomics, Drug discovery, Disease gene finding, Molecular evolution, Biotechnology, … • Positional candidate cloning vs functional cloning

  6. 生物資訊的產生及累積 • 期刊文獻報告 • 科學期刊總數(ISI): 8,657 • hiv (PubMed): 89,174; 12 (1984); 8,235 (1999); 241 (1999, JV) • 基因體序列 • >800 organisms • EST(表現序列標幟) • February 19, 1999: 1,270,291 (human); 2,153,771 • July 28, 2000: 2,208,221 (human); 5,292,022

  7. 生物資訊的產生及累積 8,604,000,000 bases in 7,077,000 sequence records June, 2000

  8. 生物資訊的整理及分析：以RSDB為例 • 跨領域的合作 (中央、台大及陽明) • 資料的蒐集及提供 • 序列分析程式軟體的開發 • 演算法的改進及加快電腦運算速度 • 資料庫的建立 • 搜尋引擎及查詢介面 • 資料探採 (基因的表現調節、基因體結構、生物演化及分類)

  9. 生物資訊的獲得 • 期刊、書籍等各類印刷品 • 套裝應用軟體程式 • 各型新聞媒體 • 各類書報討論會、研習會、研討會或各型學術會議 • 網路上的各種生物資訊資源

  10. 個人電腦上的生物資訊軟體 • 免費軟體 • ISIS Draw, Array Viewer, Spotfinder, Lucy, ClustalW, Glimmer, Staden (Unix), AAT, MUMmer, Annotator, Assembler, btab, Blast2, … • 付費軟體 • VectorNTI, MacVector, DNAsis, Plasmid Premier, Primer Premier 5, Array Disigner, Spotfire, …

  11. 網路上的生物資訊 • 資料庫 • PDB, Genbank, EMBL, SwissProt, dbEST, HTGs, dbSTS, TransFac, PubMed, OMIM, TDB, KEGG, USPTO, … • 生物資訊學分析工具 • ExPASy, Staden, GCG, BCM launcher, Biology workbench, Deambulum, … • 教學網站，大學系所或公司網頁 • POST, … • 搜尋網站 • WebBio, Biohunt, Nee-How, InFoseek, Yahoo, Alta Vista, GAIS, …

  12. 網路上的生物資訊：基因體計畫相關網站 • Sanger Ceter, Genome Research (DOE), Joint Genome Institute (DOE), Human genome center (LLNL), hgsc (BCM), TIGR, Human Genome Projecy (ELSI), Genome Sequencing Ceter (wustl), NHGRI, … • Entrez Genome View (NCBI), The Human Transcript Map (NCBI), Genome Catalog (ORNL), … • Human Genome Advanced Annotation Tutorial, …

  13. 網路上的生物資訊：文獻查詢工具 • NCBI (National Center for Biotechnology Information): Entrez (PubMed) • NHRI (National Health Research Institute): Hint • ExPASy: SeqAnalRef • Medscape

  14. 網路上的生物資訊：序列的搜尋及取得 • NCBI (National Center for Biotechnology Information): Entrez • EBI (European Bioinformatics Institute): SRS • GenomeNet (Institute for Chemical Research, Kyoto University): • DBGET/LinkDB, STAG • DDBJ (DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics): • getentry: by accession numbers • Sfgate & WAIS: by key words • SRS: by key words

  15. 網路上的生物資訊：序列分析工具 • 免費使用： • BCM launcher • ExPASy • DEAMBULUM • 需有帳號： • GCG • Staden • Biology workbench

  16. 網路上的生物資訊：專利查詢工具 • Apipa: • 工總提供書目式國內專利公報查詢。 • 無法針對化學結構與DNA序列檢索。 • 無全文資料。 • IPN, USPTO, EPO: • 利用網際網路查詢。 • 無法針對化學結構與DNA序列查詢。 • CA-STN, Beilstein: • 付費資料庫，檢索費用昂貴。 • 無中華民國專利資料。

  17. 國內現有生物資訊的資源 • 生物資訊學教學網站： • POST • 生物資訊搜尋網站： • WebBio, Nee-How • 資料庫： • SRS, RSDB, PDB, SpecInfo, CSD, ICSD, ISIS, TWP, 衛生署中藥資料庫 • 生物資訊學工具網站： • GCG, Staden, ExPASy • 其它： • Hint, STICNET

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