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Tutoriaux. Rasmol et Deep View (Swiss PDBviewer). Rasmol. La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe. Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol:

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Presentation Transcript
tutoriaux

Tutoriaux

Rasmol

et

Deep View (Swiss PDBviewer)

rasmol
Rasmol
  • La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol:

http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe

  • Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol:
  • Barres de menus (limitésau niveau des sélections…)
  • Lignes de commandes (moins intuitif…)
  • Les deux…(plus approprié…)
rasmol lignes de commandes importantes
Rasmol: lignes de commandes importantes.

Guide de commandes Rasmol

Ou http://info.bio.cmu.edu/Courses/BiochemMols/RasFrames/REFCARD.PDF

Commandes générales importantes à retenir:

load + nom de fichiers.pdb(ex. load 1adc.pdb)

select + <expression> (ex. select helix, TRP, hetero…)

Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A d’un modèle)

Commandes de représentations importantes à retenir:

wireframe ou wireframe + <valeur> (ex. wireframe 150)

spacefill ou spacefill <valeur> ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120)

ribbons ou ribbons <valeur> (protéine en ruban: ex. ribbons 150)

colour <couleur> en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…)

rasmol exemple avec 1adc pdb
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb

Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…

Toutes les commandes de représentation (display) peuvent se faire via la barre de menu de Rasmol, mais les sélections ne peuvent s’effectuer qu’à l’aide de la ligne de commandes select <>.

Oups!

déplacer

rasmol exemple avec 1adc pdb1
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb
  • Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça!

Maintenant, tapez zap dans la ligne de commande…tout devrait s’effacer!

rasmol exemple avec 1adc pdb2
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb
  • Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).

Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre indiqué…

1)

2)

4)

3) Tapez select hetero dans la barre de commandes et colour cpk

select protein

strands ou menu display Strands

select CYS46, CYS174, HIS67

menu Display Sticks

colour CPK ou menu colour CPK

select ZN

spacefill ou menu Display spacefill

colour CPK ou menu colour CPK

5)

6)

Select EOH

wireframe 100 ou menu Display Sticks

colour CPK ou menu colour CPK

select PAD

wireframe 100 ou menu Display Sticks

colour yellow

7)

select *B

Strands off

Wireframe off

Spacefill off

<<zoomez>> sur la région d’intérêt

rasmol exemple avec 1adc pdb3
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb

Il y a moyen d’afficher l’identité des molécules dans Rasmol

Ex. select cys46.sg

label %n

…plus simple si on le fait dans un programme d’image ou de texte

Voici ce à quoi ça devrait ressembler!

CYS46

cofacteur

ZN

HIS67

CYS174

Éthanol

Pour créer une image:

Tapez write 1adc.bmp

Ou allez dans export et format BMP

H2O

swiss pdbviewer deep view tutoriel
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Télécharger Deep view à: http://www.expasy.org/spdbv/

Panneau de contrôle

Barre d’outil

Fenêtre de visualisation

Barre de fichiers

Barre d’alignement

swiss pdbviewer deep view tutoriel1
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Centrer/

recentrer

Zoom in/out

Translation

Rotation

Fichiers

texte pdb

Appliquer sur tout/sélection

swiss pdbviewer deep view tutoriel2
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Mesurer l’angle de torsion entre 4 atomes/valeur de Omega, Phi et Psi

Sélectionner les groupements dans un rayons de ‘’x’’ Å autour de la sélection

Ajuster manuellement les angles de torsion des chaînes latérales

Superposition de molécules selon une sélection

Mesurer la distance entre 2 atomes

Mesurer l’angle entre 3 atomes

Identifier un atome/a.a.

Appliquer le centre de rotation sur la sélection

Mutation d’un a.a.

swiss pdbviewer deep view tutoriel3
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. structure)

swiss pdbviewer deep view tutoriel4
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Colonne d’identificateur de groupements

Colonne de sélection et de couleur

En-tête

La commande shift + BG doit se faire exactement à cet endroit pour être effective

Chaînes

éss

Résidus/a.a

swiss pdbviewer deep view tutoriel5

Représentation en ruban

Sélectionner un modèle pdb (ou la touche tab)

Appliquer à…

Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Afficher/Cacher les chaînes latérales

Types de représentations

Identifier/Étiqueter

Afficher/Cacher la sélection

Couleur

Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant d’appliquer la représentation à des résidus…

swiss pdbviewer deep view tutoriel6
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Aller chercher les fichiers 1HEW sur PDB et ouvrez les dans Deep view.

3 façons de faire…

1) Ouverture de fichier

2) Importer via pdb

Voici ce que vous devriez voir…si les préférences sont celles utilisées par défaut…

3) Faire glisser le fichier pdb dans la fenêtre(drag & drop)

swiss pdbviewer deep view tutoriel7
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Commençons par ajuster nos préférences!

Cochez tout!

À votre guise!

Si vous n’êtes pas à l’aise avec cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site ftp…

Menu Preferences; open preferences et choisir dan.prf

Qualités graphiques

swiss pdbviewer deep view tutoriel8
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Shift+BG

Activez ces deux options!

Amusez-vous à travers les différentes représentations du panneau de contrôle et de la barre d’outil!

Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. Structure)

swiss pdbviewer deep view tutoriel9
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Pouvez-vous faire mieux?

1HEW: Lysozyme

swiss pdbviewer deep view tutoriel10
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…

Notez les atomes participants à la coordination du complexe Fer/soufre!

GLY48

CYS92

CYS46

CYS52

CYS55

swiss pdbviewer deep view tutoriel11
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…

Il y a d’autres tutoriaux plus explicites disponibles à:

http://www.expasy.org/spdbv/text/tutorial.html

http://www.usm.maine.edu/~rhodes/SPVTut/index.html

‘’Malheureusement’’, ceux-ci sont en anglais…

VMD (Visual Molecular Dynamics): Un programme de visualisation encore plus puissant…

Tutoriel disponible à:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/tutorial/html/

v m d visual molecular dynamics1
VMD (Visual Molecular Dynamics):

1AYF:Bovine Adrenodoxin