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分子情報データベースに関する研究 - Xgrid による計算速度の向上 -. 08H084 NAMLISAKUL KESORN 08H114  堀田 駿平. 目次. 1. 研究目的 2. 手法  3. システム設計 4. 実行方法 5. 結果と考察. 研究目的. 分子設計に役立つ分子情報データベースの 開発 •XML 形式 •GAUSSIAN で計算 • Xgrid で処理 本研究では、これらの処理を Xgrid で効率よく実行させるシステムを検討した。. 手法. •GAUSSIAN

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xgrid

分子情報データベースに関する研究-Xgridによる計算速度の向上-分子情報データベースに関する研究-Xgridによる計算速度の向上-

08H084 NAMLISAKUL KESORN

08H114  堀田 駿平

slide2
目次

1.研究目的

2.手法 

3.システム設計

4.実行方法

5.結果と考察

slide3
研究目的

分子設計に役立つ分子情報データベースの開発

•XML形式

•GAUSSIANで計算

•Xgridで処理

本研究では、これらの処理をXgridで効率よく実行させるシステムを検討した。

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手法

•GAUSSIAN

•JAVAとJAXP

•XML

xgrid1
Xgrid

XgridとはApple社が提供する複数のコンピュータに計算作業を分担させることを可能とする技術である。複雑な設定を必要とせずに環境を構築できる。

グリッドコンピューティング

ネットワークで相互に接続された複数のコンピュータが連携することによって、処理を分散させる技術のこと。

xgrid3
Xgrid用の共有ファイルシステム

Network File System(NFS)

NFSを使うと離れた場所にあるコンピュータのファイルを、あたかも自分のコンピュータにあるファイルのように操作することができる。

Gfarm

ペタバイトを超える容量、大規模なデータ処理の要求に応えるスケーラブルなファイルシステム。

/Network/Xgrid

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使用したシステム

4台のiMacマシンのスペック

表1.iMacのスペック

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XMLデータ作成プログラムの開発

図2.プログラムの流れ

slide10

表2.必要なファイル

Desktopにcomフォルダを置き、中に必要なファイルを入れて置く。

slide11
考察

fileload2.java

fileload.java →

振動解析or構造最適化  → 振動解析or構造最適化

  2択の判断

orそれ以外

3択の判断