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Recherche dans PubMed . Bibliothèque des sciences de la santé Sep 2011. SURVOL. Qu’est ce que PubMed Acc ès Stratégie de recherche Opérateurs logiques Recherche intuitive Les termes MeSH – quoi, pourquoi ( Medical Subject Headings ) Le processus de recherche

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recherche dans pubmed

Recherchedans PubMed

Bibliothèque des sciences de la santé

Sep 2011

survol
SURVOL
  • Qu’est ce que PubMed
  • Accès
  • Stratégie de recherche
  • Opérateurs logiques
  • Recherche intuitive
  • Les termes MeSH – quoi, pourquoi (MedicalSubjectHeadings)
  • Le processus de recherche
    • Identifier les MeSH – concept 1
    • Renvoi
    • Personnaliser la recherche
    • Résultats, concept 1
    • Réitérer le processus. Concepts 2, 3
survol suite et fin
SURVOL – suite et fin
    • Résultats concept 3 et consultation de l’historique de la recherche
  • Combinez vos résultats
  • Limitez votre recherche
  • Repérez les références non-indexées
  • Visionnez vos résultats
  • Gérez vos références
  • Sauvegarde des références dans RefWorks
  • My NCBI : Sauvegarde des recherches
  • Aide exhaustive
  • Des questions?
qu est ce que pubmed
Qu’est-ce que PubMed?
  • Plus de 20 millions de références bibliographiques à des articles de périodiques
  • Produite par la National Library of Medicine (NLM), U.S.
  • Plus de 5500 périodiques indexés dans Medline
  • Contenu international (75% anglais)
  • 1950-présent
  • + références non indexées dans Medline
  • Détails du contenu: http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/dif_med_pub.html
acc s
Accès
  • Page d’accueil de la Bibliothèque des sciences de la santé:

http://www.biblio.uottawa.ca/html/HomePage?node=rgn&lang=fr

    • Ressources principales à la page d’accueil
    • Liste A-Z des bases de données
    • Pages Trouver des articles de nos Libguides
  • Pubmed.gov : disponiblegratuitementsur Internet
    • ATTENTION: sivous ne passez pas par nos pages Web, les liens vers les textesintégraux des articles de périodiquesauxquels nous sommesabonnéespourraient ne pas fonctionner.
strat gie de recherche
Stratégie de recherche
  • Énoncé de recherche:

Mme Smith, une patiente âgée de 50 ans, se demande si le cancer du sein peut être prévenu grâce aux vitamines ou aux suppléments nutritionnels.

  • Concepts clés:
  • Cancer du sein

Prévention

2. Vitamines

3. Suppléments nutritionnels

strat gie de recherche relations entre les concepts
Stratégie de recherche:relations entre les concepts

Concept 1: cancer du sein

ET

prévention (un aspect du concept 1)

ET

(Concept 2: vitamines OUConcept 3: suppléments nutritionnels)

op rateurs logiques
Opérateurs logiques
  • ET (AND)
    • Relie 2 ou plusieurs idées différentes. Permet de réduire votre repérage.
  • OU (OR)
    • Relie 2 ou plusieurs synonymes ou termes connexes. Permet d’élargir votre repérage.
  • NON, parfois appelé SAUF (NOT)
    • élimine les idées ou concepts non désirés. Réduit le repérage.Utiliser avec prudence.
recherche intuitive
Recherche intuitive
  • Facile, rapide
  • Exige une connaissance minimale des opérateurs logiques
  • Le système fait tout le travail (renvois aux termes appropriés)
  • Repérage maximum
  • Précision laisse à désirer
exemples de recherche intuitive
Exemples de recherche intuitive

Syntaxe et termes différents amènent des résultats différents

les termes mesh quoi pourquoi
Les termes MeSH: quoi, pourquoi ?
  • MeSH=MedicalSubjectHeadings -descripteurs sujets uniformisés provenant d’un thésaurus de termes médicaux
  • Couvrent généralement plusieurs synonymes (« Entry terms ») ou termes plus spécifiques
  • Permettent de réduire ou d’étendre la recherche du sujet selon l’emploi – ou non de la la fonction sujet principal (major topic)
les termes mesh quoi pourquoi suite
Les termes MeSH – quoi, pourquoi (suite)
  • Permettent de réduire l’étendue du sujet en les combinant avec les qualificatifs (subheadings) désignant des aspects spécifiques - ex. : BreastNeoplasms – prevention & control
identifier les mesh concept 1 cancer du sein
Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein

Saisir le terme recherché

Choisir la base de données MeSH

Cliquer sur Search

Cliquer sur

renvoi au mesh mapping
Renvoi au MeSH (mapping)

Cliquer sur le MeSH

identifier utiliser les mesh personnaliser sa recherche
Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche

Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »

Cliquer sur Search PubMed

recherche du 2 me concept vitamines
Recherche du 2ème concept: vitamines

1.Cochez tous les termes pertinents.

2.Ajoutez au Search builder

3.Combinez avec le OR (OU)

4.Cliquez sur Search

recherche du 3 me concept suppl ments nutritionnels
Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels

Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

On nous renvoie au MeSHDietarySupplements

1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH

2. Add to searchbuilder

3.SearchPubMed

r sultats 3 me concept
Résultats, 3ème concept

Cliquez maintenant sur Advanced Searchpour voir l’historique de la recherche

historique de la recherche et combinaisons logiques
Historique de la recherche et combinaisons logiques

Faites un clic gauche sur un numéro d’ensemble, puis sur l’opérateur (OR ou AND) puis sur le 2ème ensemble, et encore sur le même opérateur. Dans cette recherche, commencez par combiner « vitamines » OR « suppléments nutritionnels ».

combinaison or concepts 2 et 3
Combinaison / OR (concepts 2 et 3)

Votre combinaison apparaît maintenant à la case de recherche. Cliquez sur Search pour effectuer la recherche.

r sultat du or et retour l historique de recherche
Résultat du OR et retour à l’historique de recherche

Cliquez

Historique de recherche enrichie d’un ensemble

identifier les mesh concept 1 cancer du sein1
Identifier les MeSH – concept 1. cancer du sein

Saisir le terme recherché

Choisir la base de données MeSH

Cliquer sur Search

Cliquer sur

renvoi au mesh mapping1
Renvoi au MeSH (mapping)

Cliquer sur le MeSH

identifier utiliser les mesh personnaliser sa recherche1
Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche

Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »

Cliquer sur Search PubMed

recherche du 2 me concept vitamines1
Recherche du 2ème concept: vitamines

1.Cochez tous les termes pertinents.

2.Ajoutez au Search builder

3.Combinez avec le OR (OU)

4.Cliquez sur Search

recherche du 3 me concept suppl ments nutritionnels1
Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels

Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

On nous renvoie au MeSHDietarySupplements

1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH

2. Add to searchbuilder

3.SearchPubMed

r sultats 3 me concept1
Résultats, 3ème concept

Cliquez maintenant sur Advanced Searchpour voir l’historique de la recherche

r sultat du or et retour l historique de recherche1
Résultat du OR et retour à l’historique de recherche

Cliquez

Historique de recherche enrichie d’un ensemble

compl tez votre recherche en combinant les concepts devant tre reli s par et and
Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

compl tez votre recherche en combinant les concepts devant tre reli s par et and1
Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

renvoi au mesh mapping2
Renvoi au MeSH (mapping)

Cliquer sur le MeSH

identifier utiliser les mesh personnaliser sa recherche2
Identifier / utiliser les MeSH: personnaliser sa recherche

Choisir les sous-catégories pertinentes et décider du poids du MeSH (« major » ou pas) puis ajouter au « Search builder »

Cliquer sur Search PubMed

recherche du 2 me concept vitamines2
Recherche du 2ème concept: vitamines

1.Cochez tous les termes pertinents.

2.Ajoutez au Search builder

3.Combinez avec le OR (OU)

4.Cliquez sur Search

recherche du 3 me concept suppl ments nutritionnels2
Recherche du 3ème concept, suppléments nutritionnels

Saisir le terme dans la case et cliquer sur Search

On nous renvoie au MeSHDietarySupplements

1.Cliquez dans la case pour choisir ce MeSH

2. Add to searchbuilder

3.SearchPubMed

r sultats 3 me concept2
Résultats, 3ème concept

Cliquez maintenant sur Advanced Searchpour voir l’historique de la recherche

r sultat du or et retour l historique de recherche2
Résultat du OR et retour à l’historique de recherche

Cliquez

Historique de recherche enrichie d’un ensemble

compl tez votre recherche en combinant les concepts devant tre reli s par et and2
Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

compl tez votre recherche en combinant les concepts devant tre reli s par et and3
Complétez votre recherche en combinant les concepts devant être reliés par ET (AND)

Toujours avec le bouton gauche de la souris, cliquez sur le 1er ensemble à combiner, puis sur AND, puis sur le 2ème ensemble et encore sur AND. NB: #3 AND #17=#17 AND #3 – c’est la même opération.

vos r sultats concept 1 et c2 ou c3
Vos résultats: concept 1 ET (c2 OU c3)

Cliquez pour limiter vos résultats

crit res de limite
Critères de limite

Choisissez une ou plusieurs valeurs pour chaque critère désiré, puis cliquez sur Search

votre r sultat limit
Votre résultat limité

N’oubliez pas que les limites demeurent actives pour toute la session, à moins que vous les enleviez (clic sur Remove).

rep rez les r f rences les plus r centes non index es
Repérez les références les plus récentes - non-indexées
  • Utilisez tous les synonymes possibles (pas de MeSH)
  • Utilisez les parenthèses pour regrouper les concepts unis pr un OU, et les opérateurs logiques pertinents.

Breast AND (cancer* OR carcinoma* OR neoplasm* OR tumor*)

AND

prevent*

AND

(Vitamin* OR ((nutrition* OR dietary) AND supplement*))

limites
Limites

N’utilisez pas d’autres limites puisque celles-ci utilisent des MeSH et les références non-indexées n’en contiennent pas encore.

Temps

N.B.: On recommande de limiter aux 180 derniersjourspuisque le temps moyend’indexation des références est de 3 à 6 mois.

rep rez les r f rences non index es suite
Repérez les références non-indexées (suite)

In process=en traitement. La référence n’a pas encore de MeSH.

votre strat gie de recherche largie
Votre stratégie de recherche élargie

Vous pouvez maintenant combiner #7OR #22 de manière à inclure les références indexées (22) et les références non indexées (7) dans vos résultats.

visionnez vos r sultats configuration de l affichage
Visionnez vos résultats – configuration de l’affichage
  • Choisissez le format Abstract pour voir le bouton , les MeSH et les résumés
  • Choisissez le format MEDLINE si vous exportez à un gestionnaire bibliographique

Choisissez le nombre de références affichées par page – suffisamment pour voir votre ensemble au complet – ex.: 50 si vous avez 33 références.

Choisissez Abstract pour voir le bouton GetIt et les MeSH – Choisissez le format MEDLINE pour envoyer les références dans RefWorks.

r sultat final
Résultat final

Le résultat final comprend des références indexées et des références en cours de traitement (« In process »)

g rez vos r f rences
Gérez vos références

Actions : courriel, sauvegarde

Configuration de l’affichage

Sélectionner les références. Si aucune référence n’est sélectionnée, l’ensemble complet sera inclus dans la prochaine action

configurez l affichage display
Configurezl’affichage (display)

Affichez suffisamment de références pour voir vos résultats au complet – par ex., 50 si vous avez 33 références.

MEDLINE pour sauvegarde dans RefWorks.

Abstract pour voir le bouton et les MeSH.

r f rences en format medline
Références en format MEDLINE

Cliquez sur Firefox, Save page as, sauvegardez votre fichier en format .txt

N.B.: avec IE, il faut d’abord cliquer sur Page, puis Save as

sauvegarde dans refworks ouvrir refworks partir de la page d accueil de la biblioth que
Sauvegarde dans RefWorks: ouvrir RefWorks à partir de la page d’accueil de la Bibliothèque

Ouvrir RefWorks

connexion refworks
Connexion à RefWorks

Saisissez vos coordonnées si vous êtes déjà inscrit(e) ou inscrivez-vous - c’est gratuit!

importation dans refworks
Importation dans RefWorks:

La procédure est affichée sur notre page Web

Cliquer sur Références, puis Importer

importation dans refworks1
Importation dans RefWorks

Utilisez les menus déroulants pour choisir la source des données et la base de données

r sultat de l importation
Résultat de l’importation

…votreliste de références importées

Cliquez ici pour obtenir …

aide sur refworks
Aide sur RefWorks
  • Consultez le Tutoriel de RefWorks

http://refworks.scholarsportal.info/tutorial

sauvegardez la recherche
Sauvegardez la recherche

Connectez-vous à MyNCBI ou inscrivez-vous

rappelez la recherche
Rappelez la recherche
  • Cliquez sur MyNCBI:
  • Aide dans MyNCBI

Cliquez sur votre recherche pour la ré-exécuter

aide exhaustive en anglais seulement
Aide exhaustive (en anglais seulement)
  • Le fichier d’aide de PubMed :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html

  • PubMed FAQ :

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/faq.html

  • Tutoriel interactif sur PubMed :

http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html

des questions
Des questions?
  • refrgn@uottawa.ca
  • 613-562-5800 x 8294
  • Clavardez en direct

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