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第三讲 生物信息学数据库资源 -- 数据库查询

第三讲 生物信息学数据库资源 -- 数据库查询. GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能. NCBI 网站网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov. 简介. 检索入口. 基本检索功能. 特征栏辅助检索. 检索结果的显示. 简介. GenBank 数据库是由美国国立生物技术信息中心（ NCBI ）维护的一级核酸序列数据库。. GenBank 数据库的数据来源有三种： 1 、直接来源于测序工作者提交的序列； 2 、与其它数据机构协作交换的数据； 3 、美国专利局提供的专利数据。. 简介. 检索界面.

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第三讲 生物信息学数据库资源 -- 数据库查询

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Presentation Transcript

  1. 第三讲 生物信息学数据库资源 --数据库查询

  2. GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能

  3. NCBI网站网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov

  4. 简介 检索入口 基本检索功能 特征栏辅助检索 检索结果的显示

  5. 简介 GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。 GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。

  6. 简介 检索界面 1、基本检索界面

  7. Nucleotide 数据库分为三个子数据库： • EST :表达序列标记数据库 • GSS :基因组测序序列数据库 • CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列

  8. 简介 检索界面 1、基本检索界面 2、跨库检索界面

  9. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索

  10. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索

  11. ras[GENE]

  12. 检索限定词： 1、基因名称的检索限定词：[GENE] or [GENE NAME] 2、生物体名称的检索限定词：[ORGN] or [ORGANISM] 3、作者姓名的检索限定词：[AUTH] or [AUTHOR]

  13. 获取所需要的基因序列

  14. 显示方式 序列号 物种信息 作者信息

  15. 选择显示模式为FASTA 序列信息

  16. 保存序列信息 点击send选择file，格式为FASTA

  17. 选择显示方式为Graphics 点击显示蛋白质编码序列 编码蛋白质的序列信息

  18. 蛋白质氨基酸序列

  19. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索

  20. 特殊标志符的格式(核酸序列)： 2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： (1) 1个字母+5个阿拉伯数字 e.g.：U12345 (2) 2个字母+6个阿拉伯数字 e.g.：AY123456，Af123456 1、序列辨认号 (GI)：一串阿拉伯数字 e.g.：19440733

  21. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 3、RefSeq（Reference Sequence）序列接受号: （1）mRNA 记录（NM_*）: e.g.: NM_000492 （2）基因组的DNA重叠群（NT_*）: e.g.: NT_000347 （3）完整的基因组或染色体（NC_*）: e.g.: NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）: e.g.: NG_000019 （5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）： e.g.: XM_000483

  22. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 4 、PDB序列接受号：１个阿拉伯数字＋３个字母 e.g.：１TUP 序列接受号的检索限定词为[ACCN] or [ACCESSION]

  23. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索

  24. 序列长度的检索限定词：[SLEN]

  25. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索、强制短语检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索

  26. 范围检索：中间用冒号连接 1、序列接受号范围检索： AF114696:AF114714[ACCN] 2、序列长度范围检索： 3000：4000[SLEN] 3、日期范围检索： 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT]

  27. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details）

  28. 高级检索 限制检索

  29. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits）

  30. 限制数据发布日期 限制数据修订日期 限制序列片段的显示 限制分子类型 限制数据来源 排除某种类型的序列 限制基因位点

  31. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search）

  32. 预检索输入框 添加检索词 索引检索

  33. 预检索结果

  34. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History）

  35. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard）

  36. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 高级检索（Advanced Search） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details）

  37. 简介 检索入口 基本检索功能 特征栏辅助检索 检索结果的显示

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