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Métodos de “Cluster”: UPGMA

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Presentation Transcript
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Métodos de “Cluster”: UPGMA

Los árboles filogenéticos pueden estar basados en matrices de distancias, obteniendo estas distancias entre pares de unidades operacionales taxonómicas (OTU, las siglas en inglés). Usando estas distancias se pueden aplicar los clásicos procedimientos de “agrupamientos” tratados por los métodos multivariantes que nos entrega la Estadística.

A continuación graficaremos un ejemplo de método UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean), donde las OTUs serán secuencias de ADN, y elegiremos una región llamada HAR1 Por Katerine Pollard para los humanos y las regiones análogas para otras especies.

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desaciertos

Nota: La distancia de Jukes-Cantor será explicada en extenso en los métodos de máxima verosimilitud

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0.004745

0.004745

En efecto, rata de alcantarilla, repartamos esa distancia en partes iguales

Hey, mickey mouse, somos los que estamos más cerca.

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0.00955

0.00955

0.004745

0.004745

ey!, mouse de laboratorio, tú mide tu distancia con el resto, que yo haré lo mismo

Nos repartimos en partes iguales nuestra distancia

De acuerdo rata asquerosa, pero luego promediamos, vale?

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0.02815

0.023405

0.0186

0.00955

0.00955

0.004745

0.004745

Me he medido con cada uno de los “domésticos” y luego he promediado. Lo mismo ha hecho cada “doméstico” con el grupo de las ratitas

Vaya, estamos más cerca de los “domésticos que del hombre

Desde este nivel hasta arriba nos hemos repartido en partes iguales la distancia

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0.0858

0.0577

0.02815

0.023405

0.00955

0.00955

0.004745

0.004745

Promediamos la distancia de cada uno de nuestro grupos con el “humanito” ese

Hurra! Según la Katherine Pollard, este segmento es el que “nos hace humanos”

… y como antes, nos repartimos en partes iguales esa distancia

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Problemitas

Realice un árbol mediante la distancia de Juker y Cantor.

Realice un árbol mediante la distancia de “desencuentros”

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