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Universidade da Beira Interior. Ciências Biomédicas Bioinformática. Drug2Gene. Trabalho elaborado por: Duarte Diogo nº 24956 Diogo Neto nº 25057 Marília Figueira nº 254345. 2011/2012. Drug2Gene.

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Presentation Transcript
drug2gene

Universidade da Beira Interior

Ciências Biomédicas

Bioinformática

Drug2Gene

Trabalho elaborado por:

Duarte Diogo nº 24956

Diogo Neto nº 25057

Marília Figueira nº 254345

2011/2012

drug2gene1
Drug2Gene
  • “Drug2Gene reports relations (i.e. binding) between genes/proteins and drugs/compounds including bioactivity data where available.”
  • É uma base de dados que fornece informação sobre as relações entre genes/proteínas e drogas(fármacos)/compostos, e se disponível sobre a bioactividade.
composi o da base de dados
Composição da base de dados
  • A informação desta base de dados é proveniente de 18 bases de dados públicas:

CGDCP

ChEBI

ChEMBL

CTD

Drugbank

HGNC

IUPHAR

Ligand Expo

MICAD

NCBI Gene

OrthologyCalculated

PDBsum

PDSP_Ki

PharmGKB

PubChemCompound

PubChemSubstance

TTD

Uniprot

slide4

Vantagens deste serviço

  • Permite ao utilizador:
    • Marcar
    • Comentar
    • Actualizar as relações (entre o gene/proteína e droga/composto).
  • Permite num único serviço, juntar 18 bases de dados.
tr fego recebido pelo site
Tráfego recebido pelo site
  • Segundo Webstatsdomain, este tem um “alexatrafficrank” de 19 443 815, que é baixo. Significando então que o site recebe poucos utilizadores/visitas.
  • Comparando por exemplo com o ChEBI (http://www.ebi.ac.uk/chebi/), este tem um “alexatrafficrank” de 93 306, significando então que tem muitas visitas.
  • Concluímos então que os investigadores/utilizadores continuam a preferir usar diretamente as bases de dados, em vez de utilizarem a Drug2Gene.
bibliografia
Bibliografia
  • http://www.drug2gene.com/
  • http://biowww.net/forums/viewthread.php?tid=1177
  • http://www.biotechnologyforums.com/thread-41.html
  • http://www.webstatsdomain.com/domains/drug2gene.com/
  • http://www.webstatsdomain.com/domains/www.ebi.ac.uk/
  • http://www.metalife.com/products/metalife_trinity/drug2gene.html