Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol)

1. Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol) XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia Novembro de 2005

2. Construção do conhecimento sobre biodiversidade • Coletiva, multi e inter-disciplinar • Requer um ambiente de cooperação global • Depende de uma base comparativa de dados e de conhecimento

3. Dados • Ontem: • pessoas responsáveis por seus dados • dados “lidos” e interpretados por indivíduos • descobertas feitas através do pensamento, através da análise de um indivíduo ou de algumas pessoas • Futuro • grupos / instituições responsáveis pela gestão dos dados de provedores múltiplos • leitura e interpretação com o auxílio de software • descobertas feitas com o uso de computadores, verificadas pelas pessoas Dados precisam ser digitais e estar disponíveis on-line

4. Evolução do conceito de coleções de culturas • “depósitos” de material de pesquisa • depósito + serviços (preservação, identificação, distribuição ...) + catálogo • depósito + serviços + pesquisa + catálogo • depósito + serviços + pesquisa + centro de informação

5. Evolução: Catálogo (CC) Centro de Dados (CRB)

6. Desafios • Mudança de cultura (compartilhamento de dados/ informações) • Adoção de padrões mínimos (integração de dados de fontes diversas) • Desenvolvimento e uso de ferramentas computacionais: • Integração de dados e de interoperabilidade de sistemas • Análise, síntese e visualização

7. Modelo: CABRI – Common Access to Biological Resources and Information • Metas • Aumentar a conscientização dos usuários científicos quanto à qualidade e variedade de coleções de culturas Européias • Facilitar o acesso ao material e à informação • Estratégia adotada • Desenvolvimento de um sistema de acesso único aos catálogos das coleções • Garantia de um nível comum de qualidade do material e informação associada

8. CABRI • Iniciativa da Comunidade Européia • Hoje é um consórcio de nove centros de recursos biológicos • Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms • CABI Bioscience (UK) • Centraalbureau voor Schimmelcultures (Holanda) • Institut Pasteur CIP (França) • CERDIC (França) • Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (Alemanha) • European Collection of Cell Cultures (UK) • National Institute for Cancer Research, Interlab Cell Line Collection (Itália) • National Collections of Industrial, Marine and Food Bacteria (UK) http://www.cabri.org/

9. CABRI – padronização dos dados • dados mínimos, dados recomendados e dados completos para cada grupo taxonômico. • permite a inclusão de dados históricos • permite a inserção de dados mais completos

14. CABRI Guidelines • Padrões de qualidade para o gerenciamento de coleções • Guidelines para a produção de catálogo • Manual de Procedimentos

15. Microrganismos

17. Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico Apoio MCT/CNPq/Finep http://sicol.cria.org.br

18. Objetivos do SICol • Servir de elemento integrador às diversas e diferenciadas coleções • Atender à demanda por informação das coleções e dos usuários de insumos biológicos na área da biotecnologia • Atender à demanda por informação dos formuladores de políticas públicas.

19. A primeira fase do projeto envolveu: • Diagnóstico para definir a arquitetura: • documentação e registro de dados • infra-estrutura e capacitação • ferramentas disponíveis • Desenvolvimento de um web site

20. Diagnóstico (2001) • Documentação • básica (registro apenas de campos mínimos) • pouco estruturada (pouca/nenhuma utilização de vocabulário controlado e formatos comuns) • atendimento da demanda interna • Infra-estrutura e capacitação • acesso à Internet é precário • sem apoio de informática • necessidade de um sistema de gestão do acervo • Ferramentas disponíveis • Sistema distribuídos eram complexos: demandariam uma certa competência em informática nas coleções

21. Diagnóstico: Arquitetura do Sistema • Opção por um sistema centralizado (no momento) • Princípios: • Provedor dos dados: total domínio, controle e responsabilidade pelos dados • Desenvolvimento do sistema: baseado em protocolos abertos, “platform independent”, utilizando sempre que possível software de acesso público, não comercial .

22. Bactérias Usuário Fungos Células Interface Web Etc... Coleções Base de dados do SICol 2a. Fase: desenvolvimento do sistema on-line (catálogo virtual)

23. Características do Sistema • Autonomia completa das coleções em relação aos dados. • Desenvolvido utilizando aplicativos “open source” ou livre • Compatibilidade com o padrão CABRI

24. Autonomia das coleções • O SICol disponibiliza uma área de acesso restrito para que as coleções administrem os seus dados pela internet. • A qualquer momento as coleções podem inserir novos dados ou apagar os que estão sendo disponibilizados por ela. • A qualidade das informações disponibilizadas é de total responsabilidade de cada coleção.

25. Para participar do SICol • 1- Preencher e enviar para o CRIA o questionário: http://sicol.cria.org.br/pdf/questionario.rtf • 2- O CRIA envia login e senha por e-mail para acesso à área restrita: http://sicol.cria.org.br/adm/ • 3- Na área restrita a coleção pode baixar a planilha modelo já no formato que os dados devem ser enviados ao SICol. • 4- Através da área restrita a coleção também pode atualizar os dados no sistema.

30. Resultado do esforço conjunto... http://sicol.cria.org.br/cv

35. Bacillus cereus

36. Atualização • CABRI: as coleções se comprometem a atualizar os seus catálogos a cada 6 meses • SICol: não existe qualquer compromisso nesse sentido

38. Rede speciesLink • Provedores: coleções biológicas com total domínio sobre os dados • Sistema Distribuído • Modelo de dados: DarwinCore • Protocolo de comunicação: DiGIR