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Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol)

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Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol) . XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia Novembro de 2005. Construção do conhecimento sobre biodiversidade. Coletiva, multi e inter-disciplinar Requer um ambiente de cooperação global

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sistema de informa o para cole es de interesse biotecnol gico sicol

Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol)

XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia Novembro de 2005

constru o do conhecimento sobre biodiversidade
Construção do conhecimento sobre biodiversidade
  • Coletiva, multi e inter-disciplinar
  • Requer um ambiente de cooperação global
  • Depende de uma base comparativa de dados e de conhecimento
dados
Dados
  • Ontem:
  • pessoas responsáveis por seus dados
  • dados “lidos” e interpretados por indivíduos
  • descobertas feitas através do pensamento, através da análise de um indivíduo ou de algumas pessoas
  • Futuro
  • grupos / instituições responsáveis pela gestão dos dados de provedores múltiplos
  • leitura e interpretação com o auxílio de software
  • descobertas feitas com o uso de computadores, verificadas pelas pessoas

Dados precisam ser digitais e estar disponíveis on-line

evolu o do conceito de cole es de culturas
Evolução do conceito de coleções de culturas
  • “depósitos” de material de pesquisa
  • depósito + serviços (preservação, identificação, distribuição ...) + catálogo
  • depósito + serviços + pesquisa + catálogo
  • depósito + serviços + pesquisa + centro de informação
evolu o cat logo cc centro de dados crb
Evolução: Catálogo (CC) Centro de Dados (CRB)
desafios
Desafios
  • Mudança de cultura (compartilhamento de dados/ informações)
  • Adoção de padrões mínimos (integração de dados de fontes diversas)
  • Desenvolvimento e uso de ferramentas computacionais:
    • Integração de dados e de interoperabilidade de sistemas
    • Análise, síntese e visualização
modelo cabri common access to biological resources and information
Modelo: CABRI – Common Access to Biological Resources and Information
  • Metas
    • Aumentar a conscientização dos usuários científicos quanto à qualidade e variedade de coleções de culturas Européias
    • Facilitar o acesso ao material e à informação
  • Estratégia adotada
    • Desenvolvimento de um sistema de acesso único aos catálogos das coleções
    • Garantia de um nível comum de qualidade do material e informação associada
cabri
CABRI
  • Iniciativa da Comunidade Européia
  • Hoje é um consórcio de nove centros de recursos biológicos
    • Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms
    • CABI Bioscience (UK)
    • Centraalbureau voor Schimmelcultures (Holanda)
    • Institut Pasteur CIP (França)
    • CERDIC (França)
    • Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen (Alemanha)
    • European Collection of Cell Cultures (UK)
    • National Institute for Cancer Research, Interlab Cell Line Collection (Itália)
    • National Collections of Industrial, Marine and Food Bacteria (UK)

http://www.cabri.org/

cabri padroniza o dos dados
CABRI – padronização dos dados
  • dados mínimos, dados recomendados e dados completos para cada grupo taxonômico.
  • permite a inclusão de dados históricos
  • permite a inserção de dados mais completos
cabri guidelines
CABRI Guidelines
  • Padrões de qualidade para o gerenciamento de coleções
  • Guidelines para a produção de catálogo
  • Manual de Procedimentos
sistema de informa o de cole es de interesse biotecnol gico
Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico

Apoio MCT/CNPq/Finep

http://sicol.cria.org.br

objetivos do sicol
Objetivos do SICol
  • Servir de elemento integrador às diversas e diferenciadas coleções
  • Atender à demanda por informação das coleções e dos usuários de insumos biológicos na área da biotecnologia
  • Atender à demanda por informação dos formuladores de políticas públicas.
a primeira fase do projeto envolveu
A primeira fase do projeto envolveu:
  • Diagnóstico para definir a arquitetura:
    • documentação e registro de dados
    • infra-estrutura e capacitação
    • ferramentas disponíveis
  • Desenvolvimento de um web site
diagn stico 2001
Diagnóstico (2001)
  • Documentação
    • básica (registro apenas de campos mínimos)
    • pouco estruturada (pouca/nenhuma utilização de vocabulário controlado e formatos comuns)
    • atendimento da demanda interna
  • Infra-estrutura e capacitação
    • acesso à Internet é precário
    • sem apoio de informática
    • necessidade de um sistema de gestão do acervo
  • Ferramentas disponíveis
    • Sistema distribuídos eram complexos: demandariam uma certa competência em informática nas coleções
diagn stico arquitetura do sistema
Diagnóstico: Arquitetura do Sistema
  • Opção por um sistema centralizado (no momento)
  • Princípios:
    • Provedor dos dados: total domínio, controle e responsabilidade pelos dados
    • Desenvolvimento do sistema: baseado em protocolos abertos, “platform independent”, utilizando sempre que possível software de acesso público, não comercial .
2a fase desenvolvimento do sistema on line cat logo virtual

Bactérias

Usuário

Fungos

Células

Interface Web

Etc...

Coleções

Base de dados do SICol

2a. Fase: desenvolvimento do sistema on-line (catálogo virtual)
caracter sticas do sistema
Características do Sistema
  • Autonomia completa das coleções em relação aos dados.
  • Desenvolvido utilizando aplicativos “open source” ou livre
  • Compatibilidade com o padrão CABRI
autonomia das cole es
Autonomia das coleções
  • O SICol disponibiliza uma área de acesso restrito para que as coleções administrem os seus dados pela internet.
  • A qualquer momento as coleções podem inserir novos dados ou apagar os que estão sendo disponibilizados por ela.
  • A qualidade das informações disponibilizadas é de total responsabilidade de cada coleção.
para participar do sicol
Para participar do SICol
  • 1- Preencher e enviar para o CRIA o questionário: http://sicol.cria.org.br/pdf/questionario.rtf
  • 2- O CRIA envia login e senha por e-mail para acesso à área restrita: http://sicol.cria.org.br/adm/
  • 3- Na área restrita a coleção pode baixar a planilha modelo já no formato que os dados devem ser enviados ao SICol.
  • 4- Através da área restrita a coleção também pode atualizar os dados no sistema.
resultado do esfor o conjunto
Resultado do esforço conjunto...

http://sicol.cria.org.br/cv

atualiza o
Atualização
  • CABRI: as coleções se comprometem a atualizar os seus catálogos a cada 6 meses
  • SICol: não existe qualquer compromisso nesse sentido
rede specieslink
Rede speciesLink
  • Provedores: coleções biológicas com total domínio sobre os dados
  • Sistema Distribuído
  • Modelo de dados: DarwinCore
  • Protocolo de comunicação: DiGIR
novos desenvolvimentos
Novos desenvolvimentos
  • Trabalhar no conteúdo do SICol
  • Desenvolvimento do sistema de gerenciamento
slide53

Serviços Web

  • Mapas
  • Modelagem
  • Datacleaning
  • Georeferenciamento
  • automático
  • Outros serviços

portal

data commons

space

servidor regional

data commons

space

dados de observação

dados taxonômicos

coleções biológicas

Sistema de preservação de dados para gerações futuras (longterm data archive)

cen rio envolvendo o uso de padr es e protocolos
Cenário envolvendo o uso de padrões e protocolos

pesquisa

educação

nomenclatura

taxonomia

dados

descritivos

tomada de

decisão

dados

primários

modelagem

qualidade de dados

mapas

coleção

biológica

slide55
Obrigada
  • Dora Ann Lange Canhos
  • (dora@cria.org.br)

http://splink.cria.org.br

http://www.cria.org.br