bioinfweb

1. bioinfweb

2. Further information 1 bioinfweb Software Seite • Alle Software unter bioinfweb.info verfügbar • TreeGraph 2 • PhyDE • SeqState • PRAP 2 • GRate • GraphicMeasurer • … • Allgemeine und bioinformatische Java Bilbliotheken • Formale Formatdefinitionen

3. TreeGraph 2

4. TreeGraph 2 2.1 TreeGraph 2 • Editor für phylogenetische Bäume • Vorgänger mit Teil der Funktionen kommandozeilenbasiert

5. TreeGraph 2 2.2 Baumdarstellung Baumansicht Tabellen-ansicht

6. TreeGraph 2 2.3 Elemente eines Baums • Knoten • Äste • Label • Text • Symbol • Kuchendiagramm • Legenden • Maßstabsangabe

7. TreeGraph 2 2.4 Unterstützte Formate Baumformate • XTG • Newick, Nexus • Zusätzliche Knotendaten (nur Import) • PhyloXML (nur Import) Grafikformate • Vektorgrafiken • PDF, SVG, EMF • Pixelgrafiken • PNG, JPEG, TIFF

8. TreeGraph 2 2.5 Grundlegende Editieroperationen • Knoten verschieben • Neu wurzeln • Ladderizing • Erstellen, Kopieren, Ausschneiden, Entfernen der Baumelemente

9. TreeGraph 2 2.6 Grundlegende Formatierungen • Globale Formate (z.B. Abstände) • Linienformate • Textformate Darstellung von Knotendaten • Text (Label oder Knotenname) • Astlänge • Astdicke • Farben, Abstände, …

10. TreeGraph 2 2.7 Automatische Formatierungen • Automatsche Längen, Abstände und Farben in Abhängigkeit von Knotendaten • Skalieren von Teilbäumen

11. TreeGraph 2 2.8 Vergleich von Stützwerten Topologywithsupportvalues Alternative topologywith different supportvalues Additional support Highestcontradictingsupport

12. TreeGraph 2 2.9 Berechnung von Knotendaten • Spalte mit Knotendaten kann aus anderen berechnet werden • Vielzahl mathematischer Funktionen • Boolesche Operationen • Verarbeitung von Zeichenketten • Löschen von Stützwerten außerhalb eines Intervalls

13. PhyDE

14. PhyDE 2.1 WhatisPhyDE • Alignmenteditorpreviouslydevelopedby Jörn and Kai Müller • Easy manualalignment • View/ analyzetracefiles

15. PhyDE 2.2 RefactoringandextensionofPhyDE • Move majorfunctionalitytolibrary (usedbyseveralapplications) • Current stand-aloneapplication will uselibrary • Allowpluginoutputundereverysequence

16. PhyDE 2.3 Future PhyDEArchitecture PhyDEApplication HIR-Finder (orfutureextension) reBIND Interface … PhyDE Library Tracefileplugin HIR-Plugin Inversion-Plugin …

17. GraphicMeasurer (0|0)

18. Strömung Spiegel GraphicMeasurer 3.1 Ursprüngliche Anwendung: Schwimmverhalten Foto: Volker Hofmann

19. GraphicMeasurer 3.2 Ablauf einer Analyse • Öffnen einer Bild- oder Videodatei • Grafische Objekte als Parameter und Ausgaben (0|0) • Sequenz von Analyseschritten • Zugriff auf Ergebnisse über Tabellenkalkulation

20. GraphicMeasurer 3.3 Datenobjekte • bilden die Grundlage jeder Analyse Typen von Datenobjekten: (0|0) • Zahlen • Zeichenketten • Grafische Objekte (z.B. Punkte, Linien, Kurven) • Felder Erscheinungsformen:

21. GraphicMeasurer 3.3 Datenobjekte (Beispiel Strömungskanal)

22. GraphicMeasurer 3.4 Analysesequenzen (1) • Sequenz aus Analyseschritten kann erstellt werden • Einzelne Schritte haben Daten-objekte als Parameter / Ausgabe • In einer Sequenz können auch Datenobjekte gezeichnet werden • Nach jedem Schritt kann ein Sprung erfolgen

23. GraphicMeasurer 3.4 Analysesequenzen (2) • Benutzereingabe eines grafischen Objekts • Kurve an einer Helligkeitsschwelle • Mittellinie zwischen zwei Kurven Filter • Schwarz weiß Filter • Hintergrundsubtraktion - =

24. GraphicMeasurer 3.4 Analysesequenzen (3) Filter (Forts.) • Kantenextraktion • Binärisierung Foto: Heiko Schmied • Benutzerdefinierte Konvolutionsfilter => Viele weitere Schritte sind denkbar • Lassen sich mit geringem Aufwand hinzufügen

25. GraphicMeasurer 3.4 Analysesequenzen (Beispiel Strömungskanal) • Schwellenlinie von oben nach unten (oberer Rand) • Schwellenlinie von unten nach oben (untere Rand) • Mittellinie bestimmen (danach erfolgt ein Sprung) • Erkennung könnte zusätzlich auch für die Ventralansicht erfolgen

26. GraphicMeasurer 3.5 Ergebnistabellen • Ergebnisse werden mit einer Tabellenkalkulation ausgegeben • Jede Zelle enthält Zahlen- / Zeichenkonstante oder Formel • Formeln referenzieren andere Zellen oder Werte der Datenobjekte • Es kann auf Daten aus mehreren Grafiken zugegriffen werden

27. GraphicMeasurer 3.6 Formeln (1) Referenz auf andere Zellen: Wert einer Zelle • Wert der Zelle (1|1): =_V[1;1] • Wert der vorherigen Zelle + 1: =_V[_C;_R - 1] + 1 eigene Spalte eigene Zeile gewählter Name der Grafik Name des Datenobjekts Referenz auf Datenobjekte: Frame • Globaler Zahlenwert: =Video.F[0].Zahl • Koordinate eines Punkts: =Video.F[42].Punkt.x Frame 42

28. GraphicMeasurer 3.6 Formeln (2) Funktionen: Funktionsname Exponent Basis • Globale Funktionen: =pow(_V[1;1]; 2) • Objektmethoden: =Video.F[0].Linie.angleTo(Video.F[1].Linie) Methode Linie in Frame 0 Linie in Frame 1 (Parameter der Methode) negativ (gegen den Uhrzeigersinn) Frame 1 Frame 0

29. GraphicMeasurer 3.6 Formeln (Beispiel Strömungskanal) =_V[1;_R - 1] + 1 =Video.F[_V[1;_R]].fishCenter.pointAt(0).y =Video.F[_V[1;_R]].fishCenter.pointAt(0.1).x

30. GraphicMeasurer 3.7 Weitere Anwendungen (1) Vermessung von Blattflächen: • Photosyntheserate wird in Ab-hängigkeit von einem Stressfaktor gemessen • Gemessener Stoffumsatz muss auf die Blattfläche bezogen werden. • GM kann Blattflächen sehr viel effizienter vermessen als bisherige Methode

31. GraphicMeasurer 3.7 Weitere Anwendungen (2) Manuelle Eingabe von Objekten: • Reaktion eines Oskars (Astronotusocellatus) auf eine Druckwelle • Manuelle Eingabe der Objekte (schlechte Bildqualität) • Winkeländerungen, Abstände etc. können von GM berechnet werden.

32. GraphicMeasurer 3.7 Weitere Anwendungen (3) • Erfassung von Quantitativen morphologischen Merkmalen in der Paläontologie (automatisch oder manuell) Foto: Heiko Schmied

33. Bemerkungen Alle nicht kenntlich gemachten Abbildungen sind eigene Werke.