slide1 n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
生物信息中的计算机基础 PowerPoint Presentation
Download Presentation
生物信息中的计算机基础

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 147

生物信息中的计算机基础 - PowerPoint PPT Presentation


  • 130 Views
  • Uploaded on

生物信息中的计算机基础. 白明泽 Baimz.cqupt@gmail.com. Why Unix?. 功能强大,应用广泛 主要应用于高性能计算机 良好的多用户管理 与网络服务联系紧密: apache , php , WWW 服务 丰富的命令和应用程序(打包、免费). Unix & Bioinformatics. 在 20 实际中期之前,只有 SGI 和 Sun 的 Unix 工作站能够实时地可视化蛋白质结果数据。 生物信息学的数据库、 WWW 服务基于网络。而 Unix 在网络服务上见长。. Unix 难学?. 只需要学习部分命令子集

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

生物信息中的计算机基础


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
    Presentation Transcript
    1. 生物信息中的计算机基础 白明泽 Baimz.cqupt@gmail.com

    2. Why Unix? • 功能强大,应用广泛 • 主要应用于高性能计算机 • 良好的多用户管理 • 与网络服务联系紧密:apache,php,WWW服务 • 丰富的命令和应用程序(打包、免费)

    3. Unix & Bioinformatics • 在20实际中期之前,只有SGI和Sun的Unix工作站能够实时地可视化蛋白质结果数据。 • 生物信息学的数据库、WWW服务基于网络。而Unix在网络服务上见长。

    4. Unix难学? • 只需要学习部分命令子集 • 不需要了解或使用Unix的每一个程序和特点 • 上手后工作效率很高

    5. 常见Unix • BSD(伯克利软件发布版) 免费 • 商业版 SCO Unix • 工作站生产商发布版:Solaris (Sun), IRIX(SGI), Digital Unix (Compaq), HP-UX,AIX(IBM) • 自由发布的、最初面向PC的 Linux!

    6. Linux & Why Linux • 天才大学生Linus Torvalds开发 • 用于 PC 的免费Unix • 开放源代码,业余爱好者共同开发 • 它的出现,使得Unix成为一个低廉或免费的OS • 系统资源消耗<<Windows or Mac • 开发软件的接触平台,有用于计算机生物学和一般性研究的丰富工具库

    7. Unix图形界面 • 基于命令行 • X窗口系统:让程序在屏幕上画图 • GNOME KDE: 桌面环境,类似于Windows

    8. 建立Linux工作站 • 一台电脑 • 安装打包的Linux(Red Hat、Debian、SuSE) 还有窗口界面强大的ubuntu

    9. 打包的内容 • X Window系统 • 桌面选择 • 邮件、Web、新闻组工具 • 图形操作工具 • 多媒体支持 • 工具软件和网络化的工作站支持 • 开发包:gcc系列(c、c++、fotran、java) ifort 英特尔fortran编译器 • ftp、mysql、php

    10. Bioinformatic相关的包 • R:用于统计学计算和图形的强大工具 • OpenGL/Mesa:用于创建图形用户界面的开发工具包,可提高一些分子可视化软件性能 • MySQL 小型数据库 • Octave 类似于Matlab的数值计算高级语言 • Xemac:功能强大的基于X Window的编辑器 • JDK/JRE • Openoffice(来自Sun,原名StarOffice)

    11. Linux基础 • 如何使用Linux • Linux的用户界面 • Linux基础命令 • Linux文件系统 • Linux文件属性 • Linux文件备份和压缩 • 进程管理

    12. 使用Linux • 开机 选择启动 • 注册 • 进入图形界面--startx • 远程登陆Linux--telnet、ssh • 注销--logout、exit • 关机--shutdown、halt、reboot、poweroff

    13. alias 设置bash别名 bg 使一个被挂起的进程在后台继续执行 cd 改变当前工作目录 exit 退出当前shell export 使变量的值对当前shell的所有子进程都可见 fc 用来编辑历史命令列表里的命令 fg 使一个被挂起的进程在前台继续执行 help 显示bash内部命令的帮助信息 kill 终止某个进程 pwd 显示当前工作目录 unalias 删除已定义的别名 Linux用户界面-几个常用的shell命令

    14. EDITOR, FCEDIT bsah fc 命令的缺省编辑器 HISTFILE 用于贮存历史命令的文件 HISTSIZE 历史命令列表的大小 HOME 当前用户的用户目录 OLDPWD 前一个工作目录 PATH bash寻找可执行文件的搜索路径 PS1 命令行的一级提示符 PS2 命令行的二级提示符 PWD 当前工作目录 SECONDS 当前shell开始后所流逝的秒数 Linux用户界面-几个常用的shell命令

    15. Linux用户界面-bash的特点 • 命令补全 • 通配符 • 命令历史 • 别名 • 重定向 • 管道 • 提示符 • 作用控制 • bash配置文件

    16. 命令的格式 $ command options arguments For Example : $ mail -f newmail

    17. 命令格式举例 RIGHT WRONG 1 Spearation $ mail -f newmail $ mail - f newmail 2 Order $ mail -f newmail $ mail newmail -f 3 multiple $ who -m -u $ who -m-u $ who -mu $ who -m u

    18. 键入命令 • 在shell提示符下,输入命令,然后按下Enter键。 • shell识别大小写 • 如果找不到你输入的命令,会显示反馈信息:“Command not Found” • 如果命令太长,要在第一行行尾键入“\”字符和按下Enter键,在下一行的“>”后接着输入

    19. 键盘的快捷方式 • <ctrl-c> 停止命令 • <ctrl-d> 结束传输或者文件 • <ctrl-s> 临时停止输出 • <ctrl-q> 恢复输出 • <ctrl-u> 擦除整行 • <backspace> 纠正错误

    20. 基础命令 • 命令的输入与编辑 • 输入teln + <TAB> + bbs.zsu.edu.cn。这样的效果和输入telnet bbs.zsu.edu.cn相同 • 修改口令 • Passwd <用户名> • 查询及修改日期时间 • date MMDDhhmm[[CC]YY][.ss],date后面的部分是日期字符串,表示要修改的日期时间,MM代表月份,DD代表日期,hh代表时,mm代表分,CC代表年份的头两位,YY代表年份的后两位,[ ]表示括号括住的内容是可以省略的(以下同),如果年份被省略,则表示为当年,ss代表秒。 • 观看日历 • cal [月] [年]

    21. 基础命令 • 清屏 • clear • 获取用户信息 • logname • Whoami • who • 与其他用户进行简单通讯 • write用户账号[@主机名] [终端号] • 观看主机信息 • uname-a • 寻找命令使用方法 • man <命令>

    22. Linux文件系统 • linux文件 • 命名格式 • 目录结构 • 树型结构 • 支持的文件系统 • 路径 • 相对路径 • 绝对路径

    23. Linux文件名称 • 包含 大写键、小写键、数字、#、@、_ • 不包含空格 • 不包含以下字符 * ? > < / ; $ \ ‘“ • 不能以 “+”或者“-”开头 • 区分大小写 • 最长文件名 255

    24. 文件的类型 • 普通文件 • 目录文件 • 设备文件: /dev/tty1 • 连接文件:存放文件系统中通向文件的路径 • file 文件名

    25. 文件的类型 • 普通文件 • 目录文件 • 设备文件: /dev/tty1 • 连接文件:存放文件系统中通向文件的路径 • file 文件名

    26. 普通文件 • 也称常规文件,包含各种长度的字符串。例如:信件、报告和脚本。 • 文本文件:由ASCII字符构成。 • 数据文件:由来自应用程序的数字型和文本型数据构成。例如:电子表格、数据库等。 • 可执行的二进制程序:由机器指令和数据构成。

    27. Linux文件系统 • 相关操作命令 • 文件及子目录名称列表--ls • 显示一个文本文件的内容– cat <文件名> • 改变文件、目录名称,搬移整棵目录树--mv <原文件或子目录名称> <新名称> • 删除文件– rm <文件名> • 复制文件 -- cp <带路径指引的源文件名称> <带路径指引的目标文件名称> • 创建新的子目录– mkdir [<路径>/]<新目录名称> • 删除目录--rmdir <带路径指引的目录名称> • 通配符与多文件操作 • 硬链接 • 符号链接

    28. -1 每列仅显示一个文件或目录名称 • -a 显示所有文件或目录,包括以“.”为名称开头字符的文件、现行目录“.”与上层目录“..” • -l 使用详细格式列表。将权限标示、硬件接数目、拥有者与群组名称、文件或目录大小及更改时间一并列出 • -R 递归处理,将指定目录下的所有文件及子目录一并处理

    29. 通配表达式 含义 A* 以a开头的所有文件 [a-zA-Z]??? 以英文字母(大小写)开头,文件名称长度为4个字符的文件 *.html 以.html作后缀的文件 F[012] 文件名称开头字母为f,名称长为2个字符,第二个字符为0或1或2 F[1-9] 文件名称长为2个字符,以f开头,第二个字符是1~9九个数字中的一个 * 全体文件 ?disk* 文件名称的第二到第五个字符分别为disk Linux文件系统--通配符与多文件操作

    30. 建立目录team02,并让全部人都有rwx的权限 #ls team01 #mkdir –m 777 team02 #ls team01 team02

    31. 目录team03下只有dir1目录,在删除dir1的同时也删除team03目录team03下只有dir1目录,在删除dir1的同时也删除team03 • #rmdir –p team03/dir1 • #ls • team01 team02

    32. 文件属性 • 文件操作相关命令 • 观看文件名称列表,命令是ls • 显示一个文本文件的内容,命令是cat • 删除一个文件,命令是rm • 改变一个文件的名称,命令是mv • 复制文件,命令是cp

    33. 文件操作命令 • cp 复制文件或目录 • mv 移动文件和文件换名 • rm 删除文件或目录 • ln 在文件间建立连接 • find 查找特定的文件 • touch 改变文件的时间参数

    34. 复制文件或目录命令cp • cp命令用来复制文件。在缺省的情况下,这个命令工作的时候不做任何显示;只有在出现一个错误情况的时候才显示状态信息。 • cp [源文件名] …… [目标文件名] • cp –r [源目录名] [目标目录名]

    35. 将file1,file2复制到team01目录里,再将team01目录复制到team02目录里。将file1,file2复制到team01目录里,再将team01目录复制到team02目录里。 #cp file1 file2 team01 或 #cp file* team01 #cp –r team01 team02

    36. 移动/重命名文件命令mv • mv命令用来把文件从一个位置移动到另外一个位置,也可以从一个分区移动到另外一个分区。 • mv [源文件列表] [目标文件]

    37. 将文件file1改名为file #mv file1 file • 将目录team01下的两个文件file1、file2移到team02下。 #ls team01 team02 #mv team01/file1 file2 /team02

    38. 删除文件或目录rm • 从文件系统中删除文件及整个目录 • rm [选项][文件列表] • -r 删除文件列表中的目录 • -i 指定交互模式。在执行删除前提示确认。 • 文件列表:希望删除的用空格分隔的文 件列表,可以包括目录名

    39. 删除一个文件file1 #rm file1 • 使用-i选项 #rm -i file1 rm: remove `file1'? Y #

    40. 在文件间建立连接ln • ln命令用来建立硬连接和符号连接。硬连接是一个文件的额外的名字,没有源文件,硬连接便不能存在。而对于符号连接,当原文件被删除后,符号连接仍然存在。 • ln [选项] 源文件 目标文件 • ln [选项] 源文件列表 目标目录

    41. -s 建立一个符号连接而不是硬连接 • -d 建立目录的硬连接 • 现有文件file1,file2与目录team01,欲在team02 中建立起符号连接 #ln –s /home/file1 /home/file2 /home/team01 team02 • 设dir3是一个目录的符号连接,现在建立其硬连 接dir4 #ln –d dir3 dir4

    42. 查找文件命令find • find命令可以根据各种检索条件查找文件 • find [路径…] [表达式] • 路径…:准备寻找文件所在的路径以及它 的子路径,也可以是多个路径。 • 表达式:包含要搜索文件的条件,可以包 含文件名、拥有者、最后修改时间等。

    43. -atime n 至少n*24小时内没有访问过的文件 • -ctime n 至少n*24小时内没有修改过的文件 • -amin n n分钟之前访问过的文件 • -cmin n n分钟之前修改过的文件 • -empty 文件为空 • -name name 指定要寻找的文件或目录的名称 • -type x:以文件的类型作为寻找的条件。若x为“d”,则表示寻找目录;x为“f”,表示寻找普通文件;x为“c”,表示寻找字符特殊设备; x为“b”,表示寻找特殊块设备; x为“p”,表示寻找命名管道; x为“l”,表示寻找符号连接; x为“s”,表示寻找套接字。

    44. 如果想查找/home子目录中至少7天没有被访问过的文件,请使用下面的命令:如果想查找/home子目录中至少7天没有被访问过的文件,请使用下面的命令: #find /home -atime 7 -print • 如果想找出/ usr/src子目录中名字为core的文件并删除它们,请使用下面的命令: # find /usr/src -name core -exec rm { } \ ; • 如果想找出/home中以.jpg结尾并且长度超过100K的文件,请使用下面的命令: # find /home -name " *.jpg " -size 100k

    45. 改变文件的时间参数touch • 改变文件访问和修改时间,或用指定时间建立新文件。 • touch [选项] MMDDhhmmYY 文件列表 • -a 只更改访问时间 • -c 若目标文件不存在,不建立空的目标文件

    46. 使用不带参数的touch命令将文件的时间修改为当前时间使用不带参数的touch命令将文件的时间修改为当前时间 #ls -rw-r--r-- 1 root root 37350 Jan 27 2003 file1 #touch file1 -rw-r--r-- 1 root root 37350 Jan 1 16:15 file1 • 使用选项-t直接修改时间 #touch –t 01201500 file1 -rw-r--r-- 1 root root 37350 Jan 20 15:00 file1

    47. 文件显示命令 • cat 显示和合并文件 • more 分屏显示文件 • head 显示文件的前几行 • tail 显示文件的最后几行

    48. 显示和合并文件命令cat • 可以结合多个文件,并将它们的内容输出到标准输出设备。 • cat [选项] [文件列表] • -b 列出文件内容时,在所有非空白列之开头标上编号,从1开始累加 • -E 在每一列的最后标上“$”符号 • -n 列出文件内容时,在每一列之开头标上编号,从1开始累加

    49. 让cat指令从标准输入设备(如键盘)读取数据,转而输出至标准输出设备(如显示器)让cat指令从标准输入设备(如键盘)读取数据,转而输出至标准输出设备(如显示器) $ cat 执行指令,不加任何参数 123 键入任何文字后,按下回车键 123 系统回应一模一样的文字 • 利用特殊字符“〉”将名称为file1与 file2 的文件合并成一个文件file3: $ cat file1 file2 > file3 若文件file3已经存在,则其内容会被覆盖过去;欲避免这种状况发生,可用“〉〉”代替“〉”,新的内容就会附加在原有内容之后,而不会覆盖它。