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Les outils de la génétique moléculaire au service de la conservation et de la reproduction

Les outils de la génétique moléculaire au service de la conservation et de la reproduction

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  1. Les outils de la génétique moléculaire au service de la conservation et de la reproduction du guépard Dr Guillaume QUENEY Dr Delphine DELATTRE Dr Alain FONTBONNE Dr Jean-Yves ROUTIER Conservation et Reproduction des Espèces Sauvages Africaines Menacées

  2. CRESAM Conservation et Reproduction des Espèces Sauvages Africaines Menacées Création en 2002 Equipe de vétérinaires et scientifiques spécialisés Jean-Yves ROUTIER Michel LAFORET Alain FONTBONNE Travail en brousse sur les espèces africaines menacées • améliorer les connaissances scientifiques • favoriser la biodiversité • aider à la conversation des espèces menacées

  3. Déclin du guépard • facteurs environnementaux - intensification de l’agriculture (chasse par les fermiers) - fragmentation des milieux • facteurs biologiques - spécialisation alimentaire - compétition alimentaire (hyènes, lions) - vulnérabilité des guépardeaux - reproduction difficile ou mal comprise

  4. CRESAM Conservation et Reproduction des Espèces Sauvages Africaines Menacées Programme sur le guépard • création de zones sanctuaires en Afrique avec la participation des autorités et des populations locales • assistance médicalisée à la reproduction • gestion et conservation de la diversité génétique de l’espèce Laboratoire spécialisé dans l’étude du patrimoine génétique des animaux domestiques et sauvages (mammifères et oiseaux)

  5. population locale métapopulation (à l’échelle régionale) sous-espèces (à l’échelle continentale) espèce Conservation du patrimoine génétique Comprendre : • la structuration génétique • la diversité génétique Marqueurs génétiques (microsatellites polymorphes) Optimiser la reproduction Assurer le brassage génétique entre populations Limiter la dépression de consanguinité

  6. Etude génétique préliminaire 17 guépards : • 6 d’Afrique du Sud (Acinonyx jubatus jubatus ) • 8 de Djibouti (Acinonyx jubatus rayneyi) • 3 de parcs zoologiques français (La Palmyre, Les Sables d’Olonne) Marqueurs microsatellites (répétitions de séquences d’ADN) • polymorphisme neutre • différents allèles 8 marqueurs variables (sur les 10 analysés) 2 à 8 allèles par marqueur 5,5 allèles/marqueur en moyenne 44 allèles

  7. Diversité allélique sur 8 marqueurs microsatellites (nombre total d’allèles microsatellites) 30 29

  8. Diversité alléliquesur 8 marqueurs microsatellites (nombre total d’allèles microsatellites) 47 38 30 29 25 Guépard Chat

  9. Hétérozygotie théoriquesur 8 marqueurs microsatellites 0,589 0,574

  10. Hétérozygotie théoriquesur 8 marqueurs microsatellites 0,621 0,589 0,574 0,529 0,450 Guépard Chat

  11. Structuration génétique Allèles spécifiques : • 12 pour l’Afrique du sud (sur 30 allèles au total) • 11 pour Djibouti (sur 29 allèles au total)

  12. Fréquence allélique Marqueur FCA 105

  13. Fréquence allélique Marqueur FCA 310

  14. Distances génétiques (distance de Nei / Neighbourjoining)

  15. Distances génétiques (distance de Nei / Neighbourjoining)

  16. Maximiser les chances de reproduction (meilleure fécondité, survie embryonnaire, viabilité) en tenant compte de tous les autres paramètres Minimiser les effets délétères des croisements entre individus apparentés Applications Conservation in situ (populations naturelles) ou ex situ (parcs) Etablissement des empreintes génétiques (combinaison de 10 marqueurs microsatellites de chat) Calcul des « distances génétiques » entre guépards Accouplement (directement ou par insémination artificielle) des guépards les plus éloignés génétiquement

  17. Conclusions Diversité génétique moyenne (en comparaison des autres espèces de mammifères) malgré une faible diversité génétique au niveau d’autres marqueurs (allozymes, fibroflastes, complexes majeurs d’histocompatibilité) Problème de consanguinité ? Faiblesses reproductives ? sensibilités aux maladies ? Homogénéisation génétique en l’absence de flux géniques (déconnection d’isolats génétiques à la frange des métapopulations) Assez faible structuration entre les deux sous-espèces étudiées Structuration entre populations d’une même région ? Données préliminaires Mieux comprendre la structure et diversité entre sous-espèces, entre populations • échantillonnage à grande échelle • marqueurs liées à la diversité génétique sélectionnée