Epidemiologia della tubercolosi in toscana
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Epidemiologia della tubercolosi in Toscana. Il questionario. La rete dei laboratori. Laboratori di I livello Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per l’esecuzione della coltura Laboratori di II livello Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosis complex

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Presentation Transcript


La rete dei laboratori
La rete dei laboratori

  • Laboratori di I livello

    • Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per l’esecuzione della coltura

  • Laboratori di II livello

    • Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosis complex

    • Raccolta delle notizie epidemiologiche

    • Invio di ceppi e schede al Laboratorio di III livello

  • Laboratorio di III livello

    • Esecuzione o completamento dell’identificazione

    • Eventuale esecuzione dell’antibiogramma

    • Conservazione dei ceppi

    • Elaborazione dei dati epidemiologici

    • Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)


Gli aderenti
Gli aderenti

  • Tutte le Aziende dell’area fiorentina

  • Microbiologia Ospedale di Arezzo

  • Microbiologia Ospedale di Grosseto

  • Microbiologia Ospedale di Lucca

  • Microbiologia Università di Pisa

  • Malattie Infettive Ospedale di Pistoia

  • Malattie Infettive Ospedale di Prato

  • Microbiologia Università di Siena

  • Microbiologia Ospedale di Empoli










Epidemiologia della tubercolosi in toscana

http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htmhttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm


Epidemiologia molecolare
Epidemiologia molecolarehttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

  • Ricerca di marcatori, all’interno del genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo

  • Permette di ricostruire i flussi epidemici

  • Permette di raggruppare i ceppi in grandi “famiglie” che riflettono il cammino dell’evoluzione


Fingerprinting in base al is 6110
Fingerprinting in base al IShttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm6110


Alcuni pattern rflp
Alcuni pattern RFLPhttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm


Rflp anno 2002
RFLP: anno 2002http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

  • Ceppi raccolti: 245

  • Pattern RFLP: 215

  • Cluster

    • di 2 ceppi: 19

    • di 3 ceppi: 3

    • di 4 ceppi: 1

  • Nessun focolaio epidemico

  • Tre contaminazioni di laboratorio


Il locus dr direct repeat
Il locus DR (direct repeat)http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm


Il locus dr

DRhttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

DR

DR

DR

DR

DR

DR

DR

DR

DR

DR

DR

1 5 10 15 20 25 30 35 40

2

2

5

5

6

6

1

1

4

4

BCG

DR

2

2

3

3

5

5

6

6

1

1

4

4

H37Rv

DR

spaziatore

Il locus DR

  • Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di 35-41 bp (spaziatori)


Spoligotyping
Spoligotypinghttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

BCG

H37Rv

X

5 10 15 20 25 30 35 40


I ceppi beijing
I ceppi Beijinghttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

  • I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori 35-43

  • Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3%

5 10 15 20 25 30 35 40

H37Rv

Beijing


I ceppi beijing1

804http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

836

763

952

669

884

974

1 5 10 15 20 25 30 35 40

I ceppi Beijing


I ceppi beijing toscani

Isolatohttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

No.

Paziente

Età

Sesso

HIV

Tubercolosi

Farmaco-resistenza

STR

INH

RIF

ETH

PZA

669

Cinese

Polmonare

S

S

S

S

S

-

40/M

763

Cinese

Polmonare

S

S

S

S

S

-

42/M

804

Cinese

Polmonare

n.t.

S

S

S

S

-

23/F

836

Cinese

Polmonare

n.t.

S

S

S

S

-

34/M

884

Italiano

Extrapolmonare

n.t.

S

S

S

S

+

39/F

952

Italiano

Polmonare

n.t.

R

S

S

S

-

28/F

974

Cinese

Polmonare

n.t.

S

S

S

S

-

27/F

I ceppi Beijing toscani


Rflp e spoligotyping
RFLP e spoligotypinghttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

  • RFLP: interessa l’intero cromosoma

    • Alto potere discriminante

    • Impossibile l’impiego dell’amplificazione

  • Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genoma

    • Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo

    • Possibilità di ricorso all’amplificazione

  • Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o “interessanti”


Raccomandazioni finali
Raccomandazioni finalihttp//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm

  • Centralizzazione dell’esame colturale nei Laboratori di II livello

  • Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio epidemiologico

  • Esecuzione dell’antibiogramma su tutti i nuovi isolati