Stratégies de recherche de littérature sur PubMed

1. Stratégies de recherche de littérature sur PubMed

2. Stratégies de recherche sur PubMed Comment optimiser sa recherche avec PubMed, le moteur de recherche de données biomédicales, en utilisant les diverses fonctions offertes par le site, notamment • la banque de terminologie biomédicale MeSH, • My NCBI

3. MeSH

4. MeSH • Vocabulaire standardisé • Sert à indexer les articles dans PubMed • À quoi vous servira la base de données MeSH ? Parmi plusieurs synonymes, déterminer quel terme a été choisi pour l’indexage dans PubMed, et donc quel terme utiliser pour vos recherches

5. Les sous-catégories ne sont pas exclusives. Ex.: « HIV-1 » apparaît dans « vertebrate viruses » et « RNA viruses » MeSH • Sous forme de hiérarchie. Si on fait une recherche avec un terme MeSH, tous les termes situés plus bas dans la hiérarchie sont inclus.

6. PubMed fournit des tutoriels pour apprendre à utiliser la base de données MeSH

7. Stratégie de recherche, exemple • On veut faire une recherche de littérature dans PubMed limitée aux virus enveloppés • Problème: le terme « enveloped virus » n’apparaît pas nécessairement dans les articles, mais plutôt le nom des espèces, genres, etc.

8. Exemple Liste des virus enveloppés (obtenue dans un manuel)

9. Stratégie de recherche, exemple • Utiliser MeSH pour déterminer s’il faut chercher « retrovirus » ou « retroviridae », « flavivirus » ou « flaviviridae », etc. • On obtient la liste suivante: • flaviviridae, togaviridae, coronaviridae, retroviridae, bunyaviridae, orthomyxoviridae, arenaviridae, mononegavirales, hepadnaviridae, herpesviridae, poxviridae.

10. Opérateurs logiques Stratégie de recherche, exemple • Envoyer un à un les termes retenus pour notre recherche dans la « Search Box »

11. Search Box Quand tous les termes y sont, lancer la recherche dans PubMed Stratégie de recherche, exemple

12. Sauvegarde d’une combinaison de mots clés On peut sauvegarder sa stratégie de recherche dans « My NCBI » (Il faut s’inscrire)

13. My NCBI • Sert, entre autres, à sauvegarder des combinaisons de mots clés pour effectuer des recherches dans les bases de données de NCBI

14. Nommer sa combinaison de mots-clé My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche

15. On peut se faire envoyer automatiquement par courriel les nouveaux articles correspondant à cette combinaison de mots-clé My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche

16. Cliquer sur la stratégie sauvegardée permet de refaire la même recherche dans PubMed Cliquer sur « What’s new » pour voir les articles publiés depuis la dernière recherche My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche

17. My NCBI • Comment combiner une stratégie sauvegardée dans My NCBI avec d’autres mots clés dans PubMed? • Exemple: combiner « virus_enveloppés » et le terme « adhesion molecules » • Lancer d’abord la recherche dans PubMed avec la combinaison de mots-clés sauvegardée, ici virus_enveloppés

18. My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche • "adhesionmolecule" AND("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH]) • Modifier ensuite la stratégie en utilisant les opérateurs logiques appropriés

19. My NCBI : sauvegarder une stratégie de recherche • "adhesion molecule" AND("Flaviviridae"[MeSH] OR "Togaviridae"[MeSH] OR "Coronaviridae"[MeSH] OR "Retroviridae"[MeSH] OR "Bunyaviridae"[MeSH] OR "Orthomyxoviridae"[MeSH] OR "Arenaviridae"[MeSH] OR "Mononegavirales"[MeSH] OR "Hepadnaviridae"[MeSH] OR "Herpesviridae"[MeSH] OR "Poxviridae"[MeSH]) • On peut ensuite sauvegarder cette nouvelle recherche dans My NCBI