Identification of a Novel Circulating Recombinant
Download
1 / 12

Identification of a Novel Circulating Recombinant Form (CRF) 36\_cpx in Cameroon That Combines - PowerPoint PPT Presentation


  • 59 Views
  • Uploaded on

Identification of a Novel Circulating Recombinant Form (CRF) 36_cpx in Cameroon That Combines Two CRFs (01_AE and 02_AG) with Ancestral Lineages of Subtypes A and G. REBECCA L.R. POWELL, JIANGQIN ZHAO, FRANK A.J. KONINGS, SHIXING TANG,

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'Identification of a Novel Circulating Recombinant Form (CRF) 36\_cpx in Cameroon That Combines' - adamma


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

Identification of a Novel Circulating Recombinant

Form (CRF) 36_cpx in Cameroon That Combines

Two CRFs (01_AE and 02_AG) with Ancestral

Lineages of Subtypes A and G

REBECCA L.R. POWELL,JIANGQIN ZHAO,FRANK A.J. KONINGS, SHIXING TANG,

AUBIN NANFACK, SHERRI BURDA, MATEUSZ M. URBANSKI, D.R. SAA,

INDIRA HEWLETT, and PHILLIPE N. NYAMBI

AIDS RESEARCH AND HUMAN RETROVIRUSES

Volume 23, Number 8, 2007


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

Classification des types et des sous-types du VIH

major

new

outlier

sous-types

nouvelles formes issues de la recombinaison

entre deux sous-types ayant infecté un

même individu


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

  • HIV 1 groupe M possède le génome le plus diversifié parmi tous les HIV-1 et se

  • caractérise par:

  • - un taux de mutation élevé

  • - des recombinaisons fréquentes (9 à 29 crossovers / cycle de réplication virale)

  • Ces recombinaisons compensent les mutations délétères dues aux erreurs de la RT

  • CRF = Forme Recombinante Circulante - recombinant à l’intérieur d’un sous-type viral,

  • isolé au moins chez 3 individus non liés de point de vue épidémiologique

  • Pouvoir infectieux des CRF plus élevé par rapport à celui des variants dont elle est issue

  • Nouvelle CRF identifiée au Cameroun – HIV CRF36_cpx dont le génome est similaire à:

  • - HIV-1 CRF01_AG (40%)

  • - HIV-1 CRF02_AE (27%)

  • - HIV-1 sous-type A (20%)

  • - HIV-1 sous-type G (13%)


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

  • Spécimens obtenus à partir des prélèvements cliniques sur des sujets

  • séropositifs asymptomatiques non traités

  • - 00CMNYU830 - Gadji

  • - 00CMNYU1162 - Mboy

  • - 02CM1590LE - Lomie


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

  • Matériel et Méthodes parmi tous les HIV-1 et se

  • Extraction des ARN viraux

  • Amplification par RT-PCR

  • Séquençage

  • Analyse phylogénétique

  • Les séquences des 3 virus montrent de très fortes similarités entre eux

  • La séquence consensus de ces 3 virus est hautement homologue à celle de

  • CRF02_AG


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

Mboy parmi tous les HIV-1 et se

Lomie

  • 02CM1590LE - Lomie et 00CMNYU1162 – Mboy possèdent tous les deux des portions du génome fortement similaires à des séquences de :

  • - 00CMNYU830 - Gadji (référence)

  • CRF02_AG

  • CRF01_AE


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

Alignement de CRF36 avec les séquences de tous les sous-types connus

segments concernés par la recombinaison

La séquence consensus des 3 virus

montre des segments communs avec:

- HIV-1 sous-type A1

- HIV-1 sous-type G

- HIV-1 CRF 01_AE

- HIV CRF 01_AG

- ainsi que des séquences qui leurs sont propres


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

  • En fonction des segments de génome sous-types connus

  • considérés, CRF36 s’apparente à :

  • - CRF01_AE (I, VIII, XII, XIII)

  • - CRF02-AG (II, IV, V, VI, VII, XI)

  • - HIV-1 sous-type A (III)

  • - HIV-1 sous-type G (V, VII)

  • CRF36 présente des séquences :

  • peu similaires aux sous-types A et G

  • (III, V, VII, IX, X)

  • séquences ancestrales


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

Blast de CRF36_cpx contre la banque de séquences Los Alamos HIV

- haute similarité avec une CRF récemment identifiée – CRF22_cpx


Identification of a novel circulating recombinant form crf 36 cpx in cameroon that combines

Conclusion HIV

  • Les analyses phylogénétiques permettent de répertorier les 3 nouveaux virus isolés

  • au Cameroun comme appartenant à une nouvelle CRF (CRF36_cpx)

  • Cette nouvelle CRF est composée de séquences provenant de :

  • - sous-type A

  • - sous-type G

  • - CRF01_AE

  • - CRF02_AG

  • cpx (complex) (première CRF comportant autant de fragments différents)

  • Différences génétiques observées entre les 3 représentants de cette CFR

  • CRF36_cpx comporte des séquences ancestrales => produit de multiples évènements

  • de recombinaison entre des lignées plus ou moins anciennes

  • Les ancêtres communs à tous ces sous-types et CRFs ont probablement disparus

  • Conséquences éventuellement importantes de point de vue épidémiologique de

  • l’apparition de nouvelles CRF (pouvoir de réplication et d’infectiosité important )

  • Etudes supplémentaires nécessaires en vue du développement de stratégies

  • thérapeutiques ainsi que la compréhension du futur phylogénétique du virus