1 / 15

SNP’s Aplicats a Filogeografia

SNP’s Aplicats a Filogeografia. Introduccions d’arbovirosis a la conca mediterrània. Màster GP 2007, Nitu Pagès. Single Nucleotide Polimorfisms (SNP’s).

xiu
Download Presentation

SNP’s Aplicats a Filogeografia

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. SNP’s Aplicats a Filogeografia Introduccions d’arbovirosis a la conca mediterrània. Màster GP 2007, Nitu Pagès

  2. Single Nucleotide Polimorfisms (SNP’s) • Variació en la seqüència de DNA que té lloc quan un únic nucleòtid (A, T, C o G) en el genoma (o altres seqüències compartides) difereix entre individus d’una mateixa espècie. • Aplicacions estudi SNP’s: • Estudi malalties humanes (estudis associació) • Farmacogenòmica • Producció animal i vegetal • Estudis genètica poblacions • Altres

  3. Malaltia Llengua BlavaBluetongue Disease Introduccions recents d’arbovirosis. El cas de la malaltia de la Llengua Blava • Malaltia del Llistat A de l’OIE • Malaltia infecciosa no contagiosa • D’etiologia viral • 24 serotips coneguts arreu del món • Transmesa per artròpodes del génere culicoides • Afecta a remugants AnthraxAujeszky's diseaseAvian Influenza BluetongueBrucellosis Crimean Congo haemorrhagic fever Echinococcosis/hydatidosis Exotic Newcastle Disease Foot and mouth disease Japanese encephalitis Leptospirosis New/Old world screwworm Paratuberculosis Q fever RabiesRift Valley feverRinderpestTrichinellosisTularemiaVesicular stomatitisWest Nile fever List A Diseases designated by the Office Internationale des Epizooties (OIE) as being: transmissible diseases which have the potential for very serious and rapid spread, irrespective of national borders, which are of serious socioeconomic or public health consequences and which are of major importance in the international trade of animals and animal products.

  4. Presència dels diferents serotips de la malaltia. Situació anterior a 1999 40º 40º

  5. Presència dels diferents serotips de la malaltia en països de la conca mediterrània. Situació entre1999-2006 2006 BTV 8 2005/06 BTV4 ?

  6. Hipòtesi de l’expansió dels diferents serotips 40º

  7. Objectiu • Anàlisi de SNP’s de mtDNA de mosquits. • Elaboració de mapa d’haplotips per les poblacions de mosquits en diferents països de la conca mediterrània. • Estudiar si existeix associació entre els successius brots de la malaltia en països de la conca mediterrània i l’expansió del principal vector de la malaltia: Culicoides imicola

  8. Metodologia Anàlisis seqüències del gen COX1 del mtDNA de diferents poblacions del mosquit en països de la conca mediterrània: -Seqüenciació en laboratori -Obtenció de seqüències en base de dades (NCBI) Aliniament Generació Haplotips

  9. Característiques mtDNA • Herència materna • No recombinació • Evolució paral.lela a la resta del genoma. • Taxa de mutació gens mitocondrials > taxa mutació gens nuclears • Fàcil aïllament i amplificació • Útil per estudis de especiació recents o per estudis filogeogràfics.

  10. Aliniament seqüències Aliniament de seqüències realitzat amb BioEdit v.7.0.1

  11. Resultats • 154 seqüències→42 haplotips • 11 haplotips nous en població Catalana • Nombre mig de diferències nucleotídiques (k): 4,81703 • Llocs polimorfics: 56 • Singletons de dos variants: 25 • Posicions informatives (Parsimònia) de dos variants: 23 • Singletons de 3 variants: 1 • Posicions informatives (Parsimònia) de tres variants: 7 • Canvis sinònims: 39 • Canvis no sinònims: 21

  12. Aliniament SNPs per haplotip Singleton 2 variants Posició informativa de 3variants Singleton 3 variants Posició informativa 2 variants

  13. Filogènia haplotips Culicoides imicola SudÀfrica Catalunya / Espanya / Portugal / Itàlia Itàlia / Grècia Grècia / Israel Israel Neighbor-Joining Tree, (Bootstrap 1000 replicates)

  14. Genealogia dels haplotips (xarxa parsimònia estadística) Catalunya / Espanya Marroc Portugal / Italia Grècia Israel Sud Àfrica Espanya / Portugal TCS Software

  15. Anàlisi filogeogràfic GeoDis 2.4 Software: implementa anàlisis filogeogràfic de clades aniuats per separar estructura de la població de la història de la població Anàlisi dels haplotips i les freqüències en realció a les coordenades geogràfiques i ho evalua a diferents escales geogràfiques en funció dels clades elaborats.

More Related