IMoMi (interactive Motif Mining database)
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 19

Pons Nicolas, Jean-Michel Batto, S.Dusko Ehrlich, Pierre Renault PowerPoint PPT Presentation


  • 86 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

iMoMi (interactive Motif Mining database) Une base de données relationelle pour comprendre l’adaptation des cellules à l’environnement. Pons Nicolas, Jean-Michel Batto, S.Dusko Ehrlich, Pierre Renault. Unité de Génétique Microbienne. Colloque Doc’J – 30 et 31 mai 2005. Cartographier

Download Presentation

Pons Nicolas, Jean-Michel Batto, S.Dusko Ehrlich, Pierre Renault

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

iMoMi (interactive Motif Mining database)Une base de données relationelle pour comprendre l’adaptation des cellules à l’environnement

Pons Nicolas, Jean-Michel Batto, S.Dusko Ehrlich, Pierre Renault

Unité de Génétique Microbienne

Colloque Doc’J – 30 et 31 mai 2005


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

Cartographier

les régulations des gènes

chez les streptocoques


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

REG 1

REG 2

...

M1

Gène 1

M2

Gène 2

Régulation directe

Régulation indirecte

Qu’est-ce qu’un réseau de régulation ?


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

Comment construire un réseau de régulation ?

  • Identifier les ensembles de gènes co-régulés ou régulons.

    • Régulation assurée par une même protéine régulatrice.

    • Présence d’un site de fixation pour la protéine régulatrice plus ou moins semblable en amont de leur séquence nucléique.

  • Déterminer les interconnexions entre ces régulons.


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

Comment détecter les motifs de régulation ?

  • Approche intragénomique

    Étude comparative des séquences en amont des gènes co-régulés (regroupés selon : transcriptome, Kegg, fonction…).

  • Approche intergénomique

    (phylogenetic footprinting)

    Étude comparative des séquences en amont des gènes orthologues d’organismes phylogénétiquement proche.


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

Stratégie de détection des motifs de régulation

Choix d’un ensemble de gènes

Élargissement par recherche des orthologues

Choix de la zone en amont des gènes à analyser

Détection des motifs

Filtrage / scoring des motifs

Recherche des motifs découverts à l’échelle des génomes


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

iMoMi (interactive Motif Mining)

iMoMi

iMoMI utilities

iMoMI DB

Sequence &

annotation data

Ortholog group

builder

Sequence DB

GenBank

The Seed

KEGG

COG

Orthologous

gene clusters

Expression

data

Microarray manager

Promoter

sequences

ExtractMotif

Regulatory

motifs


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif

  • Adapté à la détection des motifs dans le cadre des deux approches intragénomique et intergénomique.

  • Associé au programme de détection de motifs MEME

  • Outil facilement utilisable par tous

    • Développé selon et pour les besoins des biologistes

    • Environnement Windows

    • Pas de connaissance nécessaire du langage SQL


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

ExtractMotif


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

Validation

  • Validation avec Lactococcus lactis

  • Motifs connus retrouvés

    • purR, pyrR, gluR, argR, ohR, CIRCE (Guédon et al, 2002)

  • Nouveaux motifs découverts

    • fruR (Barrière et al, 2005)

    • fhuR (Spérandio et al, 2005)

    • codY (Guédon et al, 2005)


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

Conclusions / Perspectives

  • Approche validée

  • Base de données et approches génériques

  • Actuellement, mise en place d’une version dédiée aux streptocoques

    (25 streptocoques dont 15 différents)


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

Remerciements

L’équipe Métabolisme et Régulation

Jean-Michel Batto

Ozlem Avci

Irvin Le Guillou


Pons nicolas jean michel batto s dusko ehrlich pierre renault

iMoMi (interactive Motif Mining database)Une base de données relationelle pour comprendre l’adaptation des cellules à l’environnement

Pons Nicolas, Jean-Michel Batto, S.Dusko Ehrlich, Pierre Renault

Unité de Génétique Microbienne

Colloque Doc’J 2005


  • Login