Elvin giantara muharam 230110080022
Download
1 / 30

ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022 - PowerPoint PPT Presentation


  • 171 Views
  • Uploaded on

UJIAN KOMPREHENSIF. ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI ( Cyprinus carpio carpio koi ) DAN IKAN MAS MAJALAYA ( Cyprinus carpio carpio ) MENGGUNAKAN METODA RAPD. DISUSUUN OLEH :. ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022. Dibimbing oleh : Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi. Yuniar Mulyani, SP. Msi.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about ' ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022' - tamika


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
Elvin giantara muharam 230110080022

UJIAN KOMPREHENSIF

ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinuscarpio carpio koi)DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinuscarpio carpio)MENGGUNAKAN METODA RAPD

DISUSUUN OLEH :

ELVIN GIANTARA MUHARAM

230110080022

Dibimbing oleh :

Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi.

Yuniar Mulyani, SP. Msi.



Identifikasi masalah
IDENTIFIKASI MASALAH

Melihat sejauhmanatingkatkekerabatangenetikpada strain - strain ikanKoi (Kohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, YamabukiOgon, danIkanMasMajalaya). Tingkat kekerabatandapatdideteksidenganteknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction).

Tancho

Kohaku

Yamabuki Ogon


Tujuan penelitian
TujuanPenelitian

Penelitianbertujuanuntukmelihatkekerabatangenetikdenganmelihatpetasidikjari(fingerprint) pada strain - strain ikanKoi (Kohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, YamabukiOgon, danIkanMasMajalaya) denganteknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction).

Shiro Utshuri

Asagi

Majalaya


Manfaat penelitian
MANFAAT PENELITIAN

  • Hasilpenelitianinidiharapkanmenjadiinformasibagi pembenih mengenaitingkatkekerabatangenetikikanKoiKohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, yamabukiogon, danIkanMasMajalaya.

  • Mencegah terjadinya inbreeding pada strain ikan mas.




Waktu dan tempat
Waktu dan Tempat

  • Waktu : Maretsampai Mei 2012

  • Tempat : Sampel diambil di BBPBAT Sukabumi dan analisis data dilakukan di Lab. Bioteknologi FPIK


Alat dan bahan
Alat dan Bahan

  • Alat

    • Botol plastic

    • Gunting

    • Pinset

    • Timbangan

    • Kamera

    • Cool box

    • Plastic bening

    • Autoclave

    • Microtube

    • Rakmikrotube

    • Penggerus

    • Centrifuge

    • Water bath

    • Mikropipetdanmicrotips

    • Vortex-mixer

    • Kulkas

    • Timer

  • Botolplastik

  • MesinThermal cycler

  • Microtube

  • Cetakanagarose

  • Hot plate magnetic stirrer

  • Alatelektoforesis

  • Power supply

  • Ultraviolet illuminator

  • Ember gelapdantertutup

  • Sendokpipih

  • Kamera digital

  • Computer

  • Freezer -200C

  • Spetofotometer

  • Timbangananalitik

  • Gelasukur


  • Bahan

    • IkanKoiKohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, yamabukiogon, danIkanMasMajalayaberukuran 200-300 gr

    • Ethanol : gliserol (4:1)

    • Akuades

    • Ethanol 70%

    • Es curai

    • Es curai

    • CTAB (Cationic HexadecylTrimethyl Ammonium Bromide)

    • Merkaptoentanol

    • Kloroform : Isoamilalkohol (24:1)

    • Isopropanol

    • Fenol (P) : cloroform (C) : isoamilalkohol (I) 25 : 24 : 1

    • Ethanol 80% dingin

    • TE 10:1 (1mM Tris-HCL, 0,1mM EDTA, pH 8)

    • Polyvinylpyrrolidone

  • Master mix

  • Primer RAPD OPA-02, OPA-03, OPA-05, OPA-12, OPA-13

  • DNA

  • Nuklease free water (NFW)

  • Gel Agarose

  • Loading dye

  • Larutantrisborate EDTA (TBE)

  • Ethidium Bromide (EtBr)

  • Marker λ cut Ecor I/ hind III

  • Akuades

  • Buffer pemuat (loading buffer)


Prosedur penelitian
Prosedurpenelitian


Hasil dan pembahasan
HasildanPembahasan


Pengambilan sampel
Pengambilansampel

Tancho

Ogon

Kohaku

Patin


Sampel ikan
Sampelikan..

Majalaya

Asagi

Shiro


Isolasi DNA

  • MenggunakanMetoda CTAB (Mulyani 2003)

Pelet DNA


λ K3 K4 O3 O4 M3 M4

λ K1 K2 T1 T2 O1 O2 A1 A2 S1 S2 M1 M2 P1 P2

21.226 bp

21.226 bp

  • Keterangan :

  • λ : Marker Lambda DNA/EcoR1

  • K1 : sampel 1 ikan Koi strain Kohaku

  • K2 : Sampel 2 ikan Koi strain Kohaku

  • K3 : Sampel 3 ikan Koi strain Kohaku

  • K4 : Sampel 4 ikan Koi strain Kohaku

  • T1 : sampel 1 ikan Koi strain Tancho

  • T2 : Sampel 2 ikan Koi strain Tancho

  • O1 : sampel 1 ikan Koi strain Ogon

  • O2 : Sampel 2 ikan Koi strain Ogon

  • O3 : Sampel 3 ikan Koi strain Ogon

  • O4 : Sampel 4 ikan Koi strain Ogon

λ K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2

  • A1 : Sampel 1 ikan Koi strain Asagi

  • A2 : Sampel 2 ikan Koi strain Asagi

  • S1 : Sampel 1 ikan Koi strain Shiro

  • S2 : Sampel 2 ikan Koi strain Shiro

  • M1 : Sampel 1 ikan Mas Majalaya

  • M2 : Sampel 2 ikan Mas Majalaya

  • M3 : Sampel 3 ikan Mas Majalaya

  • M4 : Sampel 4 ikan Mas Majalaya

  • P1 : Sampel 1 ikan Patin

  • P2 : Sampel 2 ikan Patin

21.226 bp


Amplifikasi dna
Amplifikasi DNA

  • MenggunakanmesinmesinMastercycler Personal dariEppendorf.

  • Primer OPA – 2 dan OPA - 3


Hasil amplifikasi dna
Hasilamplifikasi DNA

OPA - 2

OPA - 3

M K4 T1 O3 A1 S2 M4P2

M K4 T1 O3 A1 S2 M4P2

10000 bp

10000 bp

3000 bp

3000 bp

1500 bp

1500 bp

500 bp

500 bp


Analisis hasil amplifikasi dna
Analisishasilamplifikasi DNA


Analisis keanekaragaman
Analisiskeanekaragaman


Opa 2

OPA 2


Opa 3
OPA - 3

  • Fenogram


Opa 2 dan opa 3
OPA - 2 dan OPA - 3

  • Fenogram


Analisis keanekaragaman1
Analisiskeanekaragaman

  • Strain Koikekerabatanrelatifjauhindekskesamaan 48 -53%

  • Strain Koikekerabatanrelatifdekatindekskesamaan 84%

Tancho

Shiro

Kohaku

Asagi

Ogon


Lanjutan
Lanjutan….

  • HubungankekerabatanikanMasMajalayadanikanKoirelatifdengan (indekskesamaan 62%)

  • Primer OPA-2 lebihsensitifdibandingkan Primer OPA-3

MasMajalaya


Kesimpulan
Kesimpulan

  • Metode “Random Amplified Polymorphic DNA” dapatdigunakan untuk melihat hubungan kekerabatansampelikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, danShiro) dan ikan mas Majalaya. Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dengan ikan Koi relatif dekat.

  • Koi strain Kohaku, Shiro, dan Tancho memiliki hubungan kekerabatan yang relatif jauh dan berpotensi menghasilkan keturunan dengan heterozigositas tinggi. Koi strain Ogon dan Asagi memliki hubungan kekerabatan yang dekat berpotensi besar menyebabkan inbreeding.

  • Primer OPA-2 dapat mendeteksi hubungan kekerabatan pada setiap strain Koi dan mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya, sedangkan primer OPA-3 tidak mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya.


Saran
Saran

  • Primer OPA-2 baik digunakan untuk mendeteksi hubungan kekerabatan DNA genom pada spesies ikan Koi (Cyprinus carpio).

  • Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan jumlah sampel lebih banyak pada setiap strain ikan Koi agar menghasilkan hasil yang lebih baik.