Elvin giantara muharam 230110080022
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 30

ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022 PowerPoint PPT Presentation


  • 140 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

UJIAN KOMPREHENSIF. ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI ( Cyprinus carpio carpio koi ) DAN IKAN MAS MAJALAYA ( Cyprinus carpio carpio ) MENGGUNAKAN METODA RAPD. DISUSUUN OLEH :. ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022. Dibimbing oleh : Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi. Yuniar Mulyani, SP. Msi.

Download Presentation

ELVIN GIANTARA MUHARAM 230110080022

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Elvin giantara muharam 230110080022

UJIAN KOMPREHENSIF

ANALISIS KEKERABATAN IKAN MAS KOI (Cyprinuscarpio carpio koi)DAN IKAN MAS MAJALAYA (Cyprinuscarpio carpio)MENGGUNAKAN METODA RAPD

DISUSUUN OLEH :

ELVIN GIANTARA MUHARAM

230110080022

Dibimbing oleh :

Ir. Ibnu Dwi Buwono, Msi.

Yuniar Mulyani, SP. Msi.


Latar belakang

LATAR BELAKANG


Identifikasi masalah

IDENTIFIKASI MASALAH

Melihat sejauhmanatingkatkekerabatangenetikpada strain - strain ikanKoi (Kohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, YamabukiOgon, danIkanMasMajalaya). Tingkat kekerabatandapatdideteksidenganteknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction).

Tancho

Kohaku

Yamabuki Ogon


Tujuan penelitian

TujuanPenelitian

Penelitianbertujuanuntukmelihatkekerabatangenetikdenganmelihatpetasidikjari(fingerprint) pada strain - strain ikanKoi (Kohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, YamabukiOgon, danIkanMasMajalaya) denganteknik RAPD-PCR (Random Amplified Polymorphim DNA-Polymerase Chain Reaction).

Shiro Utshuri

Asagi

Majalaya


Manfaat penelitian

MANFAAT PENELITIAN

  • Hasilpenelitianinidiharapkanmenjadiinformasibagi pembenih mengenaitingkatkekerabatangenetikikanKoiKohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, yamabukiogon, danIkanMasMajalaya.

  • Mencegah terjadinya inbreeding pada strain ikan mas.


Pendekatan masalah

PENDEKATAN MASALAH


Metode penelitian

METODE PENELITIAN


Waktu dan tempat

Waktu dan Tempat

  • Waktu : Maretsampai Mei 2012

  • Tempat : Sampel diambil di BBPBAT Sukabumi dan analisis data dilakukan di Lab. Bioteknologi FPIK


Alat dan bahan

Alat dan Bahan

  • Alat

    • Botol plastic

    • Gunting

    • Pinset

    • Timbangan

    • Kamera

    • Cool box

    • Plastic bening

    • Autoclave

    • Microtube

    • Rakmikrotube

    • Penggerus

    • Centrifuge

    • Water bath

    • Mikropipetdanmicrotips

    • Vortex-mixer

    • Kulkas

    • Timer

  • Botolplastik

  • MesinThermal cycler

  • Microtube

  • Cetakanagarose

  • Hot plate magnetic stirrer

  • Alatelektoforesis

  • Power supply

  • Ultraviolet illuminator

  • Ember gelapdantertutup

  • Sendokpipih

  • Kamera digital

  • Computer

  • Freezer -200C

  • Spetofotometer

  • Timbangananalitik

  • Gelasukur


Elvin giantara muharam 230110080022

  • Bahan

    • IkanKoiKohaku, Tancho, Asagi, UtsiroUsuri, yamabukiogon, danIkanMasMajalayaberukuran 200-300 gr

    • Ethanol : gliserol (4:1)

    • Akuades

    • Ethanol 70%

    • Es curai

    • Es curai

    • CTAB (Cationic HexadecylTrimethyl Ammonium Bromide)

    • Merkaptoentanol

    • Kloroform : Isoamilalkohol (24:1)

    • Isopropanol

    • Fenol (P) : cloroform (C) : isoamilalkohol (I) 25 : 24 : 1

    • Ethanol 80% dingin

    • TE 10:1 (1mM Tris-HCL, 0,1mM EDTA, pH 8)

    • Polyvinylpyrrolidone

  • Master mix

  • Primer RAPD OPA-02, OPA-03, OPA-05, OPA-12, OPA-13

  • DNA

  • Nuklease free water (NFW)

  • Gel Agarose

  • Loading dye

  • Larutantrisborate EDTA (TBE)

  • Ethidium Bromide (EtBr)

  • Marker λ cut Ecor I/ hind III

  • Akuades

  • Buffer pemuat (loading buffer)


Prosedur penelitian

Prosedurpenelitian


Hasil dan pembahasan

HasildanPembahasan


Pengambilan sampel

Pengambilansampel

Tancho

Ogon

Kohaku

Patin


Sampel ikan

Sampelikan..

Majalaya

Asagi

Shiro


Elvin giantara muharam 230110080022

Isolasi DNA

  • MenggunakanMetoda CTAB (Mulyani 2003)

Pelet DNA


Elvin giantara muharam 230110080022

λ K3 K4 O3 O4 M3 M4

λ K1 K2 T1 T2 O1 O2 A1 A2 S1 S2 M1 M2 P1 P2

21.226 bp

21.226 bp

  • Keterangan :

  • λ : Marker Lambda DNA/EcoR1

  • K1: sampel 1 ikan Koi strain Kohaku

  • K2 : Sampel 2 ikan Koi strain Kohaku

  • K3: Sampel 3 ikan Koi strain Kohaku

  • K4: Sampel 4 ikan Koi strain Kohaku

  • T1: sampel 1 ikan Koi strain Tancho

  • T2 : Sampel 2 ikan Koi strain Tancho

  • O1: sampel 1 ikan Koi strain Ogon

  • O2 : Sampel 2 ikan Koi strain Ogon

  • O3: Sampel 3 ikan Koi strain Ogon

  • O4: Sampel 4 ikan Koi strain Ogon

λ K4 T1 O3 A1 S2 M4 P2

  • A1: Sampel 1 ikan Koi strain Asagi

  • A2: Sampel 2 ikan Koi strain Asagi

  • S1: Sampel 1 ikan Koi strain Shiro

  • S2: Sampel 2 ikan Koi strain Shiro

  • M1: Sampel 1 ikan Mas Majalaya

  • M2 : Sampel 2 ikan Mas Majalaya

  • M3: Sampel 3 ikan Mas Majalaya

  • M4 : Sampel 4 ikan Mas Majalaya

  • P1: Sampel 1 ikan Patin

  • P2 : Sampel 2 ikan Patin

21.226 bp


Amplifikasi dna

Amplifikasi DNA

  • MenggunakanmesinmesinMastercycler Personal dariEppendorf.

  • Primer OPA – 2 dan OPA - 3


Hasil amplifikasi dna

Hasilamplifikasi DNA

OPA - 2

OPA - 3

M K4 T1 O3 A1 S2 M4P2

M K4 T1 O3 A1 S2 M4P2

10000 bp

10000 bp

3000 bp

3000 bp

1500 bp

1500 bp

500 bp

500 bp


Analisis hasil amplifikasi dna

Analisishasilamplifikasi DNA


Analisis keanekaragaman

Analisiskeanekaragaman


Opa 2

  • Fenogram

OPA 2


Opa 3

OPA - 3

  • Fenogram


Opa 2 dan opa 3

OPA - 2 dan OPA - 3

  • Fenogram


Analisis keanekaragaman1

Analisiskeanekaragaman

  • Strain Koikekerabatanrelatifjauhindekskesamaan 48 -53%

  • Strain Koikekerabatanrelatifdekatindekskesamaan 84%

Tancho

Shiro

Kohaku

Asagi

Ogon


Lanjutan

Lanjutan….

  • HubungankekerabatanikanMasMajalayadanikanKoirelatifdengan (indekskesamaan 62%)

  • Primer OPA-2 lebihsensitifdibandingkan Primer OPA-3

MasMajalaya


Kesimpulan

Kesimpulan

  • Metode “Random Amplified Polymorphic DNA” dapatdigunakan untuk melihat hubungan kekerabatansampelikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, danShiro) dan ikan mas Majalaya. Hubungan kekerabatan ikan Mas Majalaya dengan ikan Koi relatif dekat.

  • Koi strain Kohaku, Shiro, dan Tancho memiliki hubungan kekerabatan yang relatif jauh dan berpotensi menghasilkan keturunan dengan heterozigositas tinggi. Koi strain Ogon dan Asagi memliki hubungan kekerabatan yang dekat berpotensi besar menyebabkan inbreeding.

  • Primer OPA-2 dapat mendeteksi hubungan kekerabatan pada setiap strain Koi dan mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya, sedangkan primer OPA-3 tidak mampu membedakan kelompok ikan Koi dan ikan mas Majalaya.


Saran

Saran

  • Primer OPA-2 baik digunakan untuk mendeteksi hubungan kekerabatan DNA genom pada spesies ikan Koi (Cyprinus carpio).

  • Perlu dilakukan penelitian lanjutan dengan jumlah sampel lebih banyak pada setiap strain ikan Koi agar menghasilkan hasil yang lebih baik.


Terima kasih

TERIMA KASIH  


Opa 21

OPA - 2


Opa 31

OPA - 3


  • Login