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寫作研習會 #3

寫作研習會 #3. 結果與討論 以下投影片均引用自真正的論文 這些實例展示學生草擬結果與討論這兩節時常遇到的問題 當閱覽這些例子時自問是否自己的論文也會遭致相似的批評 你如何改進以解決或避免這種批評 ?. 區別分析與概念. 分析 … 啟動子活性 為測量野生與突變菌種的 AN12 其 … 啟動子活性，我們進行 GUS 分析。. 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行 GUS 分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了 GUS 分析，將推測的啟動子由 … 基因黏接至 pAL280 表現載體上。. 區別分析與概念.

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寫作研習會 #3

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  1. 寫作研習會 #3 • 結果與討論 • 以下投影片均引用自真正的論文 • 這些實例展示學生草擬結果與討論這兩節時常遇到的問題 • 當閱覽這些例子時自問是否自己的論文也會遭致相似的批評 • 你如何改進以解決或避免這種批評?

  2. 區別分析與概念 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行GUS分析。 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。

  3. 區別分析與概念 GUS分析是工具非概念 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行GUS分析。 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。

  4. 區別分析與概念 GUS分析是工具非概念 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行GUS分析。 這是較接近的敘述 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。

  5. 區別分析與概念 GUS分析是工具非概念 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行GUS分析。 這是較接近的敘述 但它漏掉正文中的一點 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。

  6. 區別分析與概念 GUS分析是工具非概念 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行GUS分析。 GUS = enzymegusA = gene 這是較接近的敘述 但它漏掉正文中的一點 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。

  7. 區分分析與概念 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行GUS分析。 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行融合基因的轉錄分析-將…基因的啟動子與β-glucuronidase 報導基因(gusA)的轉譯序列融合。 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。

  8. 區分分析與概念 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行GUS分析。 分析…啟動子活性 為測量野生與突變菌種的AN12其…啟動子活性，我們進行融合基因的轉錄分析-將…基因的啟動子與β-glucuronidase 報導基因(gusA)的轉譯序列融合。 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行GUS分析以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量不同菌種中具轉錄的活性之啟動子活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。 融合基因的轉錄檢測分析 我們進行轉錄的融合分析，其中將推測的啟動子與β-glucuronidase 報導基因(gusA)的開放讀架融合。以此方式測量GUS活性以揭開啟動子是否具轉錄的活性並測量它於不同菌種中之活性。 為了GUS分析，將推測的啟動子由… 基因黏接至pAL280表現載體上。

  9. 勿過度使用個人的代名詞 為得到一個gentamicin抗藥株的轉位體，我們自pMSR1質體分離出我們的轉位子。

  10. eek! 不好! 勿過度使用個人的代名詞 為得到一個gentamicin抗藥株的轉位體，我們自pMSR1質體分離出我們的轉位子。

  11. eek! 不好! 勿過度使用個人的代名詞 為得到一個gentamicin抗藥株的轉位體，我們自pMSR1質體分離出我們的轉位子。 為得到一個gentamicin抗藥株的轉位體，我們自pMSR1質體分離出這個轉位子。

  12. 避免使用實驗室黑話 為了確認轉位體是否隨意插入基因體中，所有經質體救援之菌種均經定序…

  13. 避免使用實驗室黑話 為了確認轉位體是否隨意插入基因體中，所有經質體救援之菌種均經定序… 咦?

  14. 避免使用實驗室黑話 為了確認轉位體是否隨意插入基因體中，所有經質體救援之菌種均經定序… 咦? 為了確認轉位體是否已隨意插入基因體中，我們檢查轉位子所插入之基因體序列。為進行此項工作，我們首先以質體救援的流程 (參閱材料與方法一節)分離出每個轉位子及一部份與其相鄰的基因體DNA。定序以此法分離出的DNA顯示…

  15. 避免使用實驗室黑話 這些質體也以前置引子定序轉位體，上游區域經BLAST與已知序列比較其相似性。

  16. 避免使用實驗室黑話 這些質體也以前置引子定序轉位體，上游區域經BLAST與已知序列比較其相似性。 咦？

  17. 避免使用實驗室黑話 這些質體也以前置引子定序轉位體，上游區域經BLAST與已知序列比較其相似性。 咦？ 什麼的上游?

  18. 避免使用實驗室黑話 這些質體也以前置引子定序轉位體，上游區域經BLAST與已知序列比較其相似性。 咦？ 什麼的上游? 這些質體也以前置引子定序轉位體，於轉位子終端外的序列以BLAST分析法 (Altschul et al., 1990) 檢測以確認是否與GenBank中序列相似。

  19. 留意不清楚的解釋 …這質體藉著與nimB 及 ORF5486基因的相似性重組而插入基因體中。一個可能剔除質體的純種培養實驗顯示插入後再丟失質體的機率是很低的。

  20. 留意不清楚的解釋 …這質體藉著與nimB 及 ORF5486基因的相似性重組而插入基因體中。一個可能剔除質體的純種培養實驗顯示插入後再丟失質體的機率是很低的。 我應該知道這是什麼意思嗎？

  21. 留意不清楚的解釋 …這質體藉著與nimB 及 ORF5486基因的相似性重組而插入基因體中。一個可能剔除質體的純種培養實驗顯示插入後再丟失質體的機率是很低的。

  22. 留意不清楚的解釋 …這質體藉著與nimB 及 ORF5486基因的相似性重組而插入基因體中。一個可能剔除質體的純種培養實驗顯示插入後再丟失質體的機率是很低的。 於材料與方法一節清楚解釋 「純種培養實驗」或在此含括詳細資料。

  23. 留意不清楚的解釋 …這質體藉著與nimB 及 ORF5486基因的相似性重組而插入基因體中。一個可能剔除質體的純種培養實驗顯示插入後再丟失質體的機率是很低的。 於材料與方法一節清楚解釋 「純種培養實驗」或在此含括詳細資料。 …這質體藉著與nimB 及 ORF5486基因的相似性重組而插入基因體中。我們以純種培養實驗測試插入的質體之穩定性。在這個實驗中，將重組的細胞於不含抗生素的培養基在不適合的溫度下培養十代。之後，將細菌接種於篩選培養基 (含5mg/L gentamicin 的LB) 或普通培養基 (LB)。篩選培養基與普通培養基上菌落數目比反映出仍保有插入質體的細菌比例。這個可能剔除質體的測試顯示…

  24. 更多不清楚的陳述 用 (這個轉位體) 成功地產生轉形的菌株。在最初的幾次轉形嘗試中，陽性對照組產生10到20個菌落，而… 陰性對照組沒有菌落產生。

  25. 更多不清楚的陳述 用 (這個轉位體) 成功地產生轉形的菌株。在最初的幾次轉形嘗試中，陽性對照組產生10到20個菌落，而… 陰性對照組沒有菌落產生。 什麼樣的陽性對照組?

  26. 更多不清楚的陳述 用 (這個轉位體) 成功地產生轉形的菌株。在最初的幾次轉形嘗試中，陽性對照組產生10到20個菌落，而… 陰性對照組沒有菌落產生。 什麼樣的陽性對照組? 你要控制什麼樣的狀況?

  27. 更多不清楚的陳述 用 (這個轉位體) 成功地產生轉形的菌株。在最初的幾次轉形嘗試中，陽性對照組產生10到20個菌落，而… 陰性對照組沒有菌落產生。 …用 (這個轉位體) 成功地產生轉形的菌株。為測試是否這種細胞能吸收外來DNA，我們以pEP2或PJP10質體而非轉位體與陽性對照組細胞施行電穿孔法，對陰性對照組只對細胞施行電穿孔法。在最初的幾次轉形嘗試中，陽性對照組產生10到20個菌落，而… 陰性對照組沒有菌落產生。

  28. 刪除電泳片中不必要的行 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。

  29. 刪除電泳片中不必要的行 重複的實驗 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。

  30. 刪除電泳片中不必要的行 一堆多餘的空間 重複的實驗 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。

  31. 刪除電泳片中不必要的行 沒標示行號 一堆多餘的空間 重複的實驗 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。

  32. 刪除電泳片中不必要的行 沒標示行號 一堆多餘的空間 重複的實驗 與圖的說明重複 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。

  33. 刪除電泳片中不必要的行 沒標示行號 一堆多餘的空間 重複的實驗 其他並未討論的資料 與圖的說明重複 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。

  34. 1 2 3 ~1.5 刪除電泳片中不必要的行 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。

  35. 1 2 3 ~1.5 Eliminate unnecessary lanes in gels 圖4. 由HindIII與PstI限制酶切割查驗 S-34與S-42。第一行為1 kb DNA ladder。第三，四行為經S-34質體救援 的DNA樣本，顯示於轉位子相對應的 限制酶切割位置有所預期的1.5 kb DNA 帶。相似的，第五，六行為經S-42質 體救援的DNA樣本，也顯示1.5 kb 的 DNA帶。其他多個DNA帶顯示質體有 多個HindIII切割位置。 圖4. S-34與S-42的質體救援。第一行 為1 kb DNA。由轉移菌種S-34(第二行) 與S-42(第三行)所純化之質體經HindIII 與PstI限制酶切割。注意兩個質體均產 生來自轉位子的1.5 kb DNA帶。其他 DNA帶顯示質體有多個HindIII切割位 置。這兩種質體的相似性暗示著這兩個 轉移菌種是經由選殖而得。

  36. 圖的說明不應為條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。

  37. 圖的說明不應為條列式 清晰的影像 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。

  38. 圖的說明不應為條列式 清晰的影像 寫成條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。

  39. 圖的說明不應為條列式 清晰的影像 寫成條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 許多重複

  40. 圖的說明不應為條列式 清晰的影像 寫成條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 許多重複 實驗室用語

  41. 圖的說明不應為條列式 清晰的影像 寫成條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 許多重複 實驗室用語 在這些說明之後，不清楚主要的觀察是什麼。

  42. 圖的說明不應為條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。

  43. 1 2 3 4 5 圖的說明不應為條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。

  44. 1 2 3 4 5 1.7 kb 1.1 kb 1.0 kb 圖的說明不應為條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。

  45. 1 2 3 4 5 1.7 kb 1.1 kb 1.0 kb 圖的說明不應為條列式 圖4.洋菜電泳膠片(試管中以FspI切割 pCR2.1 TOPO的轉形菌株): 第一行: 分子量標誌 第二行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 第三行: 2號菌落，插入TOPO1.1 kb 片段的PCR轉位體。 第四行: 經切割之TOPO，預期有1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA帶。 第五行: 1號菌落，插入TOPO1.7 kb 片段的PCR轉位體。 圖4. 試管中以FspI切割經轉移子插入的pCR2.1 TOPO。鑑於pCR2.1 TOPO於切割後產生1.0 kb ，1.1 kb與1.7 kb 的DNA片段 (第四行) ，三個標的質體被轉移子分別插入這三個片段中 (第二，三與五行) ，使得被插入 的DNA片段增加1.9 kb。第一行: 分子量標誌。

  46. 只於描述其成功測試後才命名質體 純化的PCR產物分別由電泳膠片中切下，經純化，選殖至pCR2.1-TOPO中 (圖2)。這些構築分別被命名為pTOPO-ERG12與pTOPO_MVD1，以區分被選殖至質體中的不同基因。篩選出經適當PCR產物插入的菌落，且小量製備所攜帶之質體。如圖3，4，5藉由DNA定序與各種限制酶切割以篩選出適當的菌落。

  47. 只於描述其成功測試後才命名質體 將它們命名… 純化的PCR產物分別由電泳膠片中切下，經純化，選殖至pCR2.1-TOPO中 (圖2)。這些構築分別被命名為pTOPO-ERG12與pTOPO_MVD1，以區分被選殖至質體中的不同基因。篩選出經適當PCR產物插入的菌落，且小量製備所攜帶之質體。如圖3，4，5藉由DNA定序與各種限制酶切割以篩選出適當的菌落。

  48. 只於描述其成功測試後才命名質體 將它們命名… 純化的PCR產物分別由電泳膠片中切下，經純化，選殖至pCR2.1-TOPO中 (圖2)。這些構築分別被命名為pTOPO-ERG12與pTOPO_MVD1，以區分被選殖至質體中的不同基因。篩選出經適當PCR產物插入的菌落，且小量製備所攜帶之質體。如圖3，4，5藉由DNA定序與各種限制酶切割以篩選出適當的菌落。 才測試他們 (暗示於說明中有偏見)

  49. 只於描述其成功測試後才命名質體 純化的PCR產物分別由電泳膠片中切下，經純化，選殖至pCR2.1-TOPO中 (圖2)。這些構築分別被命名為pTOPO-ERG12，pTOPO-ERG8與pTOPO_MVD1，以區分被選殖至質體中的不同基因。篩選出經適當PCR產物插入的菌落，且小量製備所攜帶之質體。如圖3，4，5藉由DNA定序與各種限制酶切割以篩選出適當的菌落。

  50. 只於描述其成功測試後才命名質體 純化的PCR產物分別由電泳膠片中切下，經純化，選殖至pCR2.1-TOPO中 (圖2)。這些構築分別被命名為pTOPO-ERG12，pTOPO-ERG8與pTOPO_MVD1，以區分被選殖至質體中的不同基因。篩選出經適當PCR產物插入的菌落，且小量製備所攜帶之質體。如圖3，4，5藉由DNA定序與各種限制酶切割以篩選出適當的菌落。

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