1 / 16

Kalkulator Biochemiczny

Kalkulator Biochemiczny. Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2. Co można wyczytać z sekwencji?. 20 liter = 20 aminokwasów o różnych właściwościach fizyko-chemicznych. Sekwencja determinuje strukturę i funkcję białka. 20 liter = 20 liczb, które można dodać, pomnożyć albo.

simone
Download Presentation

Kalkulator Biochemiczny

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Kalkulator Biochemiczny Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2.

  2. Co można wyczytać z sekwencji? • 20 liter = 20 aminokwasów o różnych właściwościach fizyko-chemicznych Sekwencja determinuje strukturę i funkcję białka 20 liter = 20 liczb, które można dodać, pomnożyć albo.... Skład aminokwasów odpowiada za właściwości fizyczne białka

  3. Aminokwasy hydrofobowe/niepolarne A VL I P Y FWMC Ala Val Leu Ile Pro alifatyczne aromatyczne zawierające siarkę Tyr Phe Trp Cys Met

  4. Aminokwasy hydrofilowe/polarne N Q S T K R H D E N, Asn Q, Gln S, Ser T, Thr K, Lys naładowane (+) D, Asp E, Glu R, Arg H, His naładowane (-)

  5. Diagram Venn’a Specyficzne własności reszt aminokwasowych decydują o strukturze i aktywności biologicznej białek.

  6. cechy: • hydrofobowe/hydrofilowe • alifatyczne • aromatyczne, oddziaływujące warstwowo • polarne-neutralne • polarne naładowane dodatnio/ujemnie • kwasowe, zasadowe • C-β rozgałęzione • małe/duże • zawierające siarkę • tworzące wiązania wodorowe • wzmacniacze/łamacze struktur • masa • stała dysocjacji • współczynnik ekstyncji • średnia objętość w strukturze natywnej • średnia liczba cząsteczek wody

  7. ...w liczbach • M = 71.09 • Vr = 67 Å3 (0.067nm3) • vr = 0.74 cm3/g • hr = 1 (mol/mol) Ala, A M = 138.16 Vr = 118 Å3 (0.118 nm3) vr = 0.67 cm3/g hr = 4 (mol/mol) pKa =6.2 ε = 5860 λmax = 211.nm His, H

  8. Proste dodawanie • masa • objętość całkowita • objętość właściwa • stopień hydratacji

  9. Lizozym (białko jaja kurzego) >6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCE KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL • Mw masa = 14302 Da • V objętość całkowita = 16728.9 Å3 • v2objętość właściwa = 0.704 cm3/g • hr stopień hydratacji = 270 mol/mol

  10. Molowy współczynnik absorpcji (model Edelhoch’a, roztwór denaturujący:6M Gdn-HCl ) • absorpcja Tyr, Trp i Cys nie różni się znacząco w różnych roztworach • białka nie zawierają innych chromoforów w UV λ=280 nm εMTyr = 1280 εMTrp = 5690 εMCys = 180 εMCys-Cys = 120 εMGdn = (NTyr) εMTyr + (NTrp) εMTrp + (NCys) εMCys

  11. Molowy współczynnik absorpcji (Lizozym) (NTyr)=3 (NTrp)=6 (NTyr) =4 λ=280 nm εMGdn = 38010 (M-1cm-1) (kalulator) εMGdn = 37860 (M-1cm-1) (literatura)

  12. Molowy współczynnik absorpcji (Lizozym w roztworze natywnym) Prawo Beera: AGdn=εMGdnlcMGdn Anativ=εMlcM λ=280 nm l = 1cm cM = cMGdn εM = Anativ/AGdnεMGdn εM = 38010 M-1cm-1 ε = 2.65 cm-2g-1 cM na 1OD280 = 2.6 ×10-5 M cna 1OD280 = 0.377 gcm-3

  13. pH punktu izoelektrycznegoi ładunek ładunek dodatni pKai: Arg 12.48 Lys 10.53 His 6.00 ładunek ujemny pKaj: Asp 3.86 Glu 4.25 Tyr 10.07 Cys 8.33 Ni– suma Arg, Lys i His, Nj– suma Asp, Glu, Tyr, Cys pI = pH(net Charge =0)

  14. Krzywa miareczkowania Lizozym: pI 9.215 max ładunek dodatni: 9 max ładunek ujemny: 20

  15. Zadanie: • znaleźć sekwencję: • kurzej owalbuminy (ovalbumin chicken) • BSA (bovine serum albumin) • obliczyć: • masę cząsteczek • pH punktu izoelektrycznego • współczynnik ekstynkcji

  16. http://www.expasy.ch/

More Related