Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 26

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger PowerPoint PPT Presentation


  • 62 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger. Delprojekt af Brugbare Data Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh. Disposition. Baggrund for projekt Indsamling af data Hvordan er test foregået Resultater Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser Effekt i avlsværdivurdering

Download Presentation

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Delprojekt af Brugbare Data

Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh


Disposition

Disposition

  • Baggrund for projekt

  • Indsamling af data

  • Hvordan er test foregået

  • Resultater

  • Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser

  • Effekt i avlsværdivurdering

  • Hvordan følger vi op


Baggrund for delprojektet

Baggrund for delprojektet

  • Udvikling af ny SNP baseret forældreskabstest

    • Billigere end nuværende microsatellit-metode

  • Genbestemmelse af fejlrate i afstamningen hos dansk malkekvæg

    • I forbindelse med udvikling CVM-testen blev der estimeret en fejlrate mellem far og afkom på 3,8 % hos Holstein

  • Undersøge sammenhænge mellem fejlrate og forskellige besætningsfaktorer


Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Data

  • Øreklipprøver indsamlet i 2008

  • 1230 kalve og 1184 køer i 54 besætninger

    • Tvillinger, koen kunne ikke findes mm.

  • Data fra 3 besætninger gik tabt under oprensning af DNA (74 ko-kalv par)

  • Manglende DNA på mor/far for dårlig/lidt DNA

  • 996 kombinationer af kalv-ko-tyr testet


Test af reklip dna

Test af øreklip-DNA

  • Alle dyr er testet med den nyudviklede metode (VeraCode)

  • DNA-mængde og kvalitet var ikke altid tilstrækkelig til VeraCode-metoden

    • Øreklipene, som metoden var testet på inden dette projekt, indeholdt mere DNA-meteriale

  • SNPs udvalgt så test skulle kunne anvendes på tværs af racer (kød og malkekvæg)

    • For få informativeSNPs inden for race, når en del SNPs samtidig udgik på grund af dårlig DNA-kvalitet


Testresultater veracode

Testresultater VeraCode


Test af reklip dna1

Test af øreklip-DNA

Resultat af VeraCode

Udvalgt til microsatellit


Test af reklip dna2

Test af øreklip-DNA

  • Ekstra blodprøve er indsamlet fra 10 kalve og deres mødre, for at verificere at den afviste afstamning på basis af øreklipprøven er korrekt afvist

    • Kontrol af prøveudtagningen i første runde

  • Mødre med microsatellit-test er sammenhold MF

    • Finder vi omtrent samme resultater?


Resultater

Resultater


Hvor opst r fejlene

Hvor opstår fejlene

  • Da ikke alle dyr er testet med en sikker metode, er det svært at påvise sammenhænge mellem fejlrate og besætningsfaktorer

    • Meget forskelligt fra besætning til besætning hvor mange dyr, som er testet med microsatelliter

  • Der er alligevel nogle ting, som står klart på baggrund af de resultater, vi har til rådighed


Hvor opst r fejlene1

Hvor opstår fejlene

  • Ca. 2/3 af de fundne fejl skyldes fejlmatch mellem ko og kalv

    • Obs! Undersøgelsen er foretaget i store besætninger, hvor denne type fejl muligvis er hyppigere

  • Fejlmatch af ko og kalv tæller ”dobbelt”

    • En Ko-fejl kommer sjældent alene…

  • Svag tendens til, at besætninger med fælles- kælvningsboks har en højere fejlrate

    • Men også mange ko-kalv fejl i besætnigner med enkelt-kælvningsbokse


Hvor opst r ko kalv fejlene

Hvor opstår KO-KALV fejlene

  • I 19 af de 50 undersøgte besætninger er der ikke fundet tilfælde af fejlmatch mellem ko og kalv

  • I de resterende 31 besætninger har der i gennemsnit ved de testede dyr været 1 fejl for ca. hver 11. kviekalv

    • For hver 22 fødte kalve sker der én ombytning


Tyrfejl

Tyrfejl

  • Kun ca. 1/3 af de fundne fejl skyldes alene fejl mellem tyr og kalv

    • Oftest vil kalven også optræde med forkert far, hvis mor er forkert

  • 1/3 af de fundne fejl mellem tyr og kalv er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør

    • Kun 1/9 af de undersøgte kalvene er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør

    • højere fejlrate hos ejerinseminører


Niveau i andre lande

Niveau i andre lande

* Fejlrate i 5 afkomsgrupper af Angeltyre


Effekt i avlsv rdiberegningerne

Effekt i avlsværdiberegningerne


Effekt i avlsv rdiberegningerne1

Effekt i avlsværdiberegningerne

2

1

3

4


Effekt i avlsv rdiberegningerne2

Effekt i avlsværdiberegningerne

1

2

4

3


Effekt i avlsv rdiberegningerne3

Effekt i avlsværdiberegningerne

1

2

3

4


Effekt i avlsv rdiberegningerne4

Effekt i avlsværdiberegningerne

  • Endvidere bliver estimater for fx heritabilitet mindre, hvis der er fejl i afstamning

    (Van Vleck (1970) )

    hvor p = andelen af korrekt identificerede afkom

  • USA: 11 % af døtre fik påsat ny far tilfældigt

    • lavere trend i forhold til rutine avlsværdivurdering

      (Banos et al. 2001)


Effekt i avlsv rdiberegningerne5

Effekt i avlsværdiberegningerne

  • Eksempel:

    Arvbarhed0,30

    Antal døtre100

  • Ingen fejl i afst:

    Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,89

  • 10 % fejl I afstamning  h2= (1-0,10)2*0,30

    Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,87

  • Reduktion i avlsfremgang ~ 1-1,5%


Konklusion udvikling af ny test

Konklusion – udvikling af ny test

  • VeraCode-metoden er billigere og arbejdsmæssigt nemmere at gennemføre end microsatellit-metoden

  • VeraCode-metoden er ikke velegnet på små øreklip

    • Metoden er velegnet til blod- og sædprøver

  • VeraCode-metoden er allerede overhalet af nye metoder

    • Stor udvikling inden for området bl.a. pga. genomisk selektion


Konklusion fejlrate og bes tningsfaktorer

Konklusion – Fejlrate og besætningsfaktorer

  • Fejlraten er højere end forventet

    • Specielt flere fejl mellem ko og kalv end forventet

  • Der er for mange fejl

    • Lavere sikkerhed på avlsværdivurdering

    • Para TB – sanering?

    • Salg af levedyr – eksport

  • Bekendtgørelse om mærkning, registrering og flytning af kvæg, svin, får eller geder §17 stk. 3

    4) ”Moders CKR-nummer. I tilfælde af embryotransplantation indberettes både donor- og recipientmoder”


Hvordan forholder vi os fremadrettet

Hvordan forholder vi os fremadrettet

  • På lang sigt:

    • Forældreskabstest tænkes ind i nye projekter

    • Genomisk selektion - Storskalaindsamling af DNA

  • På kort sigt:

    • Information om resultater

    • Hvad er det der skal speciel fokus på – registrering af kalvens mor

    • Rutiner


Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Standard

Operationel

Procedures


Anerkendelse

Anerkendelse

Det Europæiske Fællesskab og Fødevareministeriet ved Direktoratet for FødevareErhverv har deltaget i finansieringen af denne aktivitet.

DNA-ordog


Sp rgsm l

Spørgsmål?


  • Login