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平成 23 年度経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト MEDALS モニターマニュアル

平成 23 年度経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト MEDALS モニターマニュアル. http://medals.jp/. 産総研・バイオメディシナル情報研究センター 経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト. モニター内容 （ 1 ） MEDALS コンテンツ利用方法 URL: http://medals.jp/ （２） MEDALS 横断検索利用方法 URL: http://medals.jp/xsearch/ （３） PubMedScan 利用方法 URL: http://medals.jp/pubmedscan/. 目次：.

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平成 23 年度経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト MEDALS モニターマニュアル

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Presentation Transcript

  1. 平成23年度経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクトMEDALSモニターマニュアル平成23年度経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクトMEDALSモニターマニュアル http://medals.jp/ 産総研・バイオメディシナル情報研究センター経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト

  2. モニター内容 • （1）MEDALSコンテンツ利用方法 • URL: http://medals.jp/ • （２）MEDALS横断検索利用方法 • URL: http://medals.jp/xsearch/ • （３）PubMedScan利用方法 • URL: http://medals.jp/pubmedscan/ 目次：

  3. モニター内容 ■内容： （１）ポータルサイト MEDALS を１週間利用 (データベース/ツール/プロジェクト便覧など) （２）MEDALS 横断検索 を１週間利用(キーワード検索) （３）新規文献お知らせツール PubMedScan へ登録して１週間利用 （４）アンケートへの回答(１０問程度)

  4. モニター内容 • （1）MEDALSコンテンツ利用方法 • URL: http://medals.jp/ • （２）MEDALS横断検索利用方法 • URL: http://medals.jp/xsearch/ • （３）PubMedScan利用方法 • URL: http://medals.jp/pubmedscan/ 目次：

  5. MEDALSコンテンツ：成果物の便覧 http://medals.jp/ 5 1 統合データベース データベース便覧 66件→ 6 2 ツール便覧 検索 64件→ プロジェクト便覧 7 3 MEDALSツール 52件→ ダウンロードページ （データアーカイブ） 8 4 リンク集

  6. 成果物の便覧の検索 http://medals.jp/ ラジオボタンで“サイト内検索”を選択 キーワードを入力し”検索”ボタンで実行 “全リスト”をクリック 一覧表から知りたい内容を探す

  7. 検索結果画面 キーワード例）”human” “全リスト”画面 ・データベース便覧 ・ツール便覧 ・プロジェクト便覧 が利用可能。 DNA・ゲノム、RNA、タンパク質等のカテゴリー毎のリストもあります。

  8. 便覧の内容：データベース・ツールの場合 説明 入力例 データ総量 更新頻度 利用ID 論文等

  9. 便覧の内容：プロジェクトの場合 プロジェクト 年度 成果物名

  10. モニター内容 • （1）MEDALSコンテンツ利用方法 • URL: http://medals.jp/ • （２）MEDALS横断検索利用方法 • URL: http://medals.jp/xsearch/ • （３）PubMedScan利用方法 • URL: http://medals.jp/pubmedscan/ 目次：

  11. MEDALS横断検索機能へのリンク http://medals.jp/ ⑥横断検索/ サイト内全文検索 ラジオボタンで“横断検索”を選択 キーワードを入力し”検索”ボタンで実行

  12. MEDALS横断検索の画面 http://medals.jp/xsearch/ • キーワード（例：プロテアーゼ）を入力してEnterキーで横断検索実行できます。 • 日本語/英語を内部で自動的変換して、国内外約250データベースを検索します。

  13. MEDALS横断検索の追加機能(1) http://medals.jp/xsearch/ • 追加キーワードの提案 • キーワード+スペースでセカンドキーワードのサジェスト機能が動きます

  14. 「追加キーワード機能」はLEGENDAの辞書を利用「追加キーワード機能」はLEGENDAの辞書を利用 LEGENDAとは: PubMed文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または化合物のうち、2つの単語が共起した（関連性をもって一緒に出現した）文献を探すデータベース • 関連性の高い単語ペアの辞書　→検索へ活用 http://hinv.jp/legenda/

  15. MEDALS横断検索の追加機能(2) http://medals.jp/xsearch/ • 同義語検索機能 例えばキーワード「プロテアーゼ」で検索すると「ペプチダーゼ」や「タンパク分解酵素」なども検索します。 「検索オプション」をクリックし、 同義語展開範囲の変更ができる

  16. （参考）横断検索：創薬関連キーワード集http://medals.jp/contents/keywords（参考）横断検索：創薬関連キーワード集http://medals.jp/contents/keywords • クリックだけで検索できる • いわゆる「散策」 • どんなDBのページがヒットするかをみて、DBの勉強にもなる 是非お試しください！

  17. モニター内容 • （1）MEDALSコンテンツ利用方法 • URL: http://medals.jp/ • （２）MEDALS横断検索利用方法 • URL: http://medals.jp/xsearch/ • （３）PubMedScan利用方法 • URL: http://medals.jp/pubmedscan/ 目次：

  18. MEDALSコンテンツ： MEDALSツール 7 MEDALSツール PubMedScan

  19. 似た文献のリスト 新規文献お知らせツール(PubMedScan) http://medals.jp/pubmedscan/ • PubMedScanの特徴 • キーワードからでなく、手持ちの文献から似たものを探す （キーワードの検討不要、キーワードだけでは漏れがある） 　　文書間類似度の指標は、PubMed Related Articles • 新規文献中から手持ちの文献に近いものを毎日レポート • ウェブ・ブラウザ上で利用

  20. PubMedScanの使い方①ユーザ登録 http://medals.jp/pubmedscan/ Login名、 Emailアドレス、 パスワード を入れる ボタンを押す ユーザ登録・文献登録は必須です。 オプションでトピック登録ができます。 文献情報レポートの画面での表示や絞り込み検索もできます。

  21. PubMedScanの使い方②文献登録 http://medals.jp/pubmedscan/ 関心のある論文をPubMedIDで登録する PMIDリスト取得ツール 「PMID-Extractor」 手持ちの論文PDFファイルを入力 PubMedでキーワードを入力 MEDALSの便覧からダウンロード可能 • : http://medals.jp/list/detail/117 PMID-Extractorの画面

  22. PubMedScanの使い方③トピック登録 http://medals.jp/pubmedscan/ “Topic management”メニューより トピック新規作成： “RNA seq”等入力して”Create”ボタンを押す トピック名編集： 編集して”Update”ボタンを押す トピック削除： 選択して”Delete”ボタンを押す →各トピック毎に文献PMIDを登録することができます

  23. (参考) PubMedScan登録用PMIDサンプル 各トピックについて、15～30件以上のPMIDを登録すると 適切な新規文献の情報を受け取る事ができます。

  24. PubMedScanの使い方④画面レポート http://medals.jp/pubmedscan/ PubMedへリンク タイトル, 著者, 出版日 TOPIC, PMID, PubMed登録日 雑誌名, ヒットスコア

  25. PubMedScanの使い方⑤絞り込み機能 文献表示画面で、文献をキーワードやスコア等で絞れる • Preferred（ユーザが登録した文献を見る時） • Recommended（システムが推薦した文献を見る時）

  26. 御協力ありがとうございました 連絡先：産総研・バイオメディシナル情報研究センター(BIRC)経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクトMEDALS広報担当E-mail: medals_pr@m.aist.go.jp

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