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小林 正明(明治大・農),門田 有希(岡山大・院環境生命科学),大柳 一(明治大・農) PowerPoint PPT Presentation


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日本育種学会 第 126 回講演会  2014 年秋季 南九州大学 「遺伝研スパコンとコマンドラインで の NGS データ使い倒し講座」 コマンドライン を用いた NGS 解析 9 月 26 日 ( 金 ) 13:30 ~ 17:30 第 6 会場. 小林 正明(明治大・農),門田 有希(岡山大・院環境生命科学),大柳 一(明治大・農). 解析実習の流れ. 1.リード配列の前処理(今回は行いません) 2.リード配列のマッピング 3.マッピングの可視化 3.リード配列の de novo アセンブル. BWA を使ったマッピングの流れ. リファレンスゲノム配列

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小林 正明(明治大・農),門田 有希(岡山大・院環境生命科学),大柳 一(明治大・農)

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Presentation Transcript


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日本育種学会 第126回講演会 2014年秋季 南九州大学「遺伝研スパコンとコマンドラインでのNGSデータ使い倒し講座」コマンドラインを用いたNGS解析9月26日(金) 13:30~17:30 第6会場

小林 正明(明治大・農),門田 有希(岡山大・院環境生命科学),大柳 一(明治大・農)


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解析実習の流れ

1.リード配列の前処理(今回は行いません)

2.リード配列のマッピング

3.マッピングの可視化

3.リード配列のde novoアセンブル


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BWAを使ったマッピングの流れ

リファレンスゲノム配列

(FASTA形式)

リード配列

(FASTQ形式)

bwa index

bwaaln

アライメントデータ

(*.saiファイル)

リファレンスゲノム配列のインデックス

(.sa, .pac, .bwt, .ann, .ambファイル)

bwasampe

マッピング結果

(SAM形式)


Velvet de novo

Velvetを使ったde novo アセンブルの流れ

リード配列

(FASTQ形式)

$ velveth

k-merに分割されたリード配列

$ velvetg

Contig配列

(FASTA形式)


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参考URL

課題URL

http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/kyusyu/

遺伝研スパコン

http://sc.ddbj.nig.ac.jp


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