Atelier
Download
1 / 42

Atelier - PowerPoint PPT Presentation


  • 122 Views
  • Uploaded on

Atelier « Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline » PubMed. Dernière mise à jour : 24/10/2012. Base de données spécialisée : PubMed. PubMed et Medline Le thésaurus MeSH Recherche MeSH à partir de l’interface NLM

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about ' Atelier' - roza


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript

Atelier

« Recherche bibliographique : fils RSS, Web of Science et outils spécialisés par discipline »

PubMed

Dernière mise à jour : 24/10/2012


Base de donn es sp cialis e pubmed
Base de données spécialisée : PubMed

  • PubMed et Medline

  • Le thésaurus MeSH

  • Recherche MeSH à partir de l’interface NLM

  • Exploitation des résultats

  • Recherche à partir de l’interface Cismef

  • Recherche avancée

  • Le compte MyNCBI

Par Michael Y. Kuhn Source : Flickr


1. PubMed et Medline

PubMed -http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/

NLM (National Library of Medecine) et NIH (National Institutes of Health)

  • Sciences biomédicales, santé, sciences de la vie, sciences chimiques, bio ingénierie, principalement

    Medline + autres références (articles non encore indexés par la NLM, certaines des revues qui déposent dans PubMed Central)

  • Plus de 22 millions de notices

  • Remonte à 1946

  • Bases liées : Nucleotide, OMIM, Books, Genome Project, PubChem, etc.


1. PubMed et Medline

Jubil > Ressources en lignes > Les bases de données


1 pubmed upmc
1. PubMed-UPMC

PubMedest accessible gratuitement sur Internet mais PubMed-UPMC, accessible depuis Jubil et sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ifrbiusjlib, vous permet d’afficher le

bouton SFX (résolveur de liens) de l’UPMC


1 liste de r sultats pubmed upmc
1. Liste de résultats PubMed-UPMC

Le mode d’affichage Abstract permet d’afficher dès la liste de résultats le bouton SFX


1 principales fonctionnalit s de pubmed
1. Principales fonctionnalités de PubMed

  • Interface de recherche

  • Recherche depuis l’interface PubMed ou MeSH

  • Autres critères de recherche : auteur, titre, périodique, résumé, etc.

  • Opérateurs : AND, OR, NOT

  • Filters: affiner les résultats par type de publication, tranche d’âge, humains/animaux, etc.

  • Recherche avancée

    • Searchbuilder: construire une équation de recherche en combinant des champs

    • Searchhistory: historique des recherches

  • Résultats

    • Différentes options d’affichage (liste simple, notice détaillée, liens, etc.)

    • Clipboard : sélectionner jusqu’à 500 références pour les sauvegarder, imprimer, etc. - valide 8 heures

    • Searchdetails: détails sur la recherche en cours


2 le th saurus mesh
2. Le thésaurus MESH

Par Iguanasan Source : Flickr


2 le th saurus mesh1
2. Le thésaurus MESH

  • Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés: le MeSH

  • MeSH pour MedicalSubjectHeadings

  • Intérêt du MeSH :

  • gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)

  • permet de chercher sur le sujetseulement des articles (ex: revue Cell/docteur Cell)

  • permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier


2. Le thésaurus MESH

  • 15 branches principales : anatomy, organisms, disease, chemicals and drugs, etc.

  • Chaque branche est identifiée par une lettre : A pour anatomy, B pour organisms, C pour disease

  • Chaque branche se subdivise en branches secondaires identifiées par la lettre de la branche principale + 1 chiffre


2 exemple d un terme dans l arborescence du mesh
2. Exemple d’un terme dans l’arborescence du MeSH

On part du + général pour arriver au + précis



2. En bref, recherche sujet avec/sans le MeSH

Sans utiliser le MeSH

Sans MeSH : Mapping

PubMed cherche automatiquement une correspondance avec le terme recherché :

  • dans le MeSH,

  • puis dans l’index des titres de revue,

  • puis dans l’index des auteurs.

    La recherche est lancée en + dans tous les champs (résumé, auteur, etc.).

En utilisant le MeSH

Avec MeSH

PubMed cherche uniquement dans les mots-cléMeSH attribués par les documentalistes de la NLM.


Comment ça marche?

Par zigazou76 Source Flickr


3.Recherche MeSH à partir de l’interface NLM

OU


3 d tail d un terme mesh
3. Détail d’un terme MeSH

Terme et champ d’application

Permettent de préciser la recherche

Qualificatifs possibles

Explosion et pondération

Synonymes

Termes associés

Hiérarchie


3. Détail d’un terme MeSH : les qualificatifs

  • Il existe + de 80 qualificatifs, utilisables pour définir certains aspects de votre sujet (ex. Aspect chimique, Aspect microbiologique, Aspect radiographique).

  • En fonction du terme, il y a un nombre déterminé de qualificatifs attachés. Par exemple : Nucleoproteins peut être qualifié par 26 termes alors que Lung neoplasms peut l’être par + de 45 termes.

  • Appliquer des qualificatifs

    • à partir du MeSH

    • syntaxe descripteur/qualificatif

  • ex : Nucleoproteins/antagonists and inhibitors [mh]

    • code [sh] pour utiliser un qualificatif seul et le combiner avec un ou plusieurs descripteurs (qualifiés ou non)

  • ex : hypertension [mh] AND toxicity [sh]


3. Détail d’un terme MeSH : l’explosion

  • Par défaut, PubMed vous ramène l’ensemble des résultats inclus dans le terme que vous entrez dans la fenêtre de recherche

  • Autrement dit, l’explosion permet d’avoir tous les résultats rattachés à toutes les branches inférieures de l’arborescence

  • Désactiver l’explosion

    • à partir du MeSH

    • en utilisant le utiliser le code [mh:noexp]


3. Détail d’un terme MeSH : la pondération

  • La pondération permet de restreindre la recherche aux références dans lesquelles le terme est le sujet majeur de l’article

  • Appliquer la pondération

    • à partir du MeSH

    • en utilisant le code [majr]

    • en combinaison avec la suppression de l’explosion - utiliser le code [majr:noexp]


3. Recherche MeSH - interface NLM

1

2

1

Search builder : ajouter des qualificatifs, la non-explosion, combiner des termes

2

Liens directs vers les résultats dans PubMed, sans ou avec pondération



4. Exploitation des résultats

Par DrJohnBullas Source Flickr


4 changer d affichage
4. Changer d’affichage

  • Par défaut : Summary = auteurs + titre + PMID + niveau d’indexation

  • Abstract : résumé + bouton SFX


4 affiner les r sultats avec les filtres
4. Affiner les résultats avec les filtres

  • Seuls les filtres pertinents (i. e. s’appliquant aux résultats de la liste) sont proposés.

  • Les filtres sont actifs pour toutes les recherches tant qu’ils n’ont pas été supprimés

Le filtre Full text available ne correspond pas aux articles disponibles par les abonnements de l’UPMC, mais aux articles pour lesquels une version en ligne existe


4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : RSS

Créer un flux RSS sur une requête


4. Sauvegarder les résultats de sa recherche dans PubMed : export d’un fichier de références



5 recherche cismef pourquoi
5. Recherche CISMEF : pourquoi?

L’interface du CISMEF permet d’interroger la traduction française du Mesh et de lancer directement une requête dans PubMed.



6 recherche avanc e search builder
6. Recherche avancée : Search builder

1

2

choix du critère de recherche

envoi automatique vers la fenêtre de recherche

3

choix de l’opérateur booléen

accès aux index

Search = lancer la recherche

Add to history = ajouter à l’historique de recherche, pour combiner la requête avec une autre


6. Recherche avancée : Searchbuilder

Equation de recherche construite au moyen du Search builder

  • Combiner les termes recherchés

  • Opérateurs booléens (en majuscules)

  • AND / OR / NOT

  • (AND) par défaut (en majuscule !)

  • Troncature (transpl*) + guillemets (« kidneyallograft »)+ parenthèses


6 recherche avanc e search history
6. Recherche avancée : Search history

Modifier l’équation de recherche créée dans le Search builder

Historique automatique, conservé 8 heures

Clic gauche : combiner, supprimer, etc. les requêtes


6 recherche avanc e trouver les articles les r cents
6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents

Tous les articles référencés dans PubMed ne sont pas indexés en MeSH, notamment les articles les plus récents

en cours d’indexation

Pas encore paru en imprimé


6 recherche avanc e trouver les articles les r cents1
6. Recherche avancée : trouver les articles les + récents

[TIAB] = champs titre et résumé

NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[SB]) = exclut ce qui est déjà dans MedLine, donc indexé en MeSH, et les articles les + anciens, non indexés en MesH

Construire une équation de recherche, en utilisant tous les synonymes (Entry terms) du terme MeSH retenu


7. Compte My NCBI

  • Sauvegarder ses recherches et ses résultats de recherche

  • Personnaliser l’interface

  • Définir des filtres sur les résultats de recherche

Par Edwård Source Flickr


7. Compte My NCBI : requêtes sauvegardées

Nouveaux résultats correspondant à la requête

Alerte par courriel


7. Compte My NCBI : filtrer les résultats

LinkOut: liens à d’autres bases, au texte intégral, etc.

Properties : dates, limites PubMed, etc.

Links : liens vers PubMed Central et ressources NCBI, etc.

Create custom filter : créer un filtre à partir d’une requête


7. Compte My NCBI : filtres d’accès

  • ifrhplib : articles parus dans des revues accessibles via l’APHP

  • ifrbinslib: articles parus dans des articles accessibles sur biblioInserm


7. Compte My NCBI : filtres d’accès

JUBIL: articles parus dans des revues accessibles via les abonnements de la BUPMC

Revues en ligne signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC :

Revues imprimées signalées dans PubMed et faisant partie des abonnements de la BUPMC :

Ces filtres sont moins fiables que le bouton SFX : privilégiez ce dernier pour l’accès au texte intégral (et aux autres services qu’il propose)


7. Compte My NCBI : filtres Properties

Possibilité d’utiliser simultanément15 filtres maximum sur PubMed


7. Compte My NCBI : paramétrer l’interface

Auto-complétion

Affichage des résultats de recherche


LigerCat - http://ligercat.ubio.org/articles

Interrogation par recherche simple et nuage de mots MeSH

Interroger PubMed autrement?


ad