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Bakterien PCR

Bakterien PCR. Überblick. Epidemiologie 16s Bakterien PCR. Bakterienquelle. Spender Haut Inapparente Spender Bakteriämie Kontamination während der Spende Umgebung (Staub usw.) Equipment. Frequenz von Bakterienkontamination bei Blutprodukten. American Red Cross

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Presentation Transcript

  1. Bakterien PCR

  2. Überblick • Epidemiologie • 16s Bakterien PCR

  3. Bakterienquelle • Spender Haut • Inapparente Spender Bakteriämie • Kontamination während der Spende • Umgebung (Staub usw.) • Equipment

  4. Frequenz von Bakterienkontamination bei Blutprodukten American Red Cross • Kultur positive Einheiten • RBC 0 - 0,2% • SDP 0 – 10%

  5. Transfusionsreaktionen • Berichte an die FDA • 77/694 1987-1999 • BaCon national study • 34 Fälle davon 9 mortal 1998-2000 • Johns Hopkin study • 23 Fälle davon 4 mortal 1987-1998

  6. Nationale Studie AABB, ARC, DoD und CDC (~60% US Blut) Stringente Sepsis-Definition Fieber, Tachykardie, 2 fache Blutkulturen Kuehnert et al, Transfusion 2001,41:1493-1499 BaCon study (US CDC)

  7. BaCon study I

  8. BaCon study II

  9. Risikovergleich HIV 1:1000 1:10 000 HBV Septic Fatalities (platelets) 1:100 000 HCV 1:1 000 000 2000 1998 1984 1986 1988 1990 1992 1994 1996 Goodnough LT e t al. NEJM 1999

  10. Bacillus cerus 6% Clostridium sporogenes Enterococcus faecalis Lactobacillus fermentum Salmonella choleraesuis Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus 6% Staphylococcus epidermidis 25% Yersinia enterocolitica 50% Pseudomonas putida 4% Pseudomonas fluorescens 25% Escherichia Coli Streptococcus sp 4% Serratia marcescens 10% Salmonella choleraesuis 13% ...................................... Erregerspektrum

  11. Methoden • Fluoreszenz Färbung /image analysis • Immunologische Detektion (antigens) • Detektion von 16s RNA • Metabolische Änderungen • Kultivierung

  12. PCR Target Homologe DNA Sequenzen bei Bakterien • 16s RNA • 23s RNA • 16s-23s RNA interspace Region

  13. Strukturvergleich von 16s RNA

  14. 16s DNA Alignment

  15. Realtime Technik • System geschlossen • Qualitative Ergebnisse • Quantitative Ergebnisse • Schnelle Ergebnisse • Computergestützte Auswertung

  16. Anforderungen Sensitivität Spezifität Automatisierung Ergebnisse in 8h € Probleme Kontaminierte Enzyme Exogene Kontamination Spezifität (alle Bags) 16s PCR-Screening

  17. Extraktion von Bakterien • MagNA Pure LC • 32 Extraktionen in 1,5 Stunden • Mgrade Chemie für Bakterien und Pilze

  18. PCR Amplifikation

  19. 16s PCR BLZ Linz E.Coli aus BacTAlert Flaschen 100cfu 10cfu 1cfu NTC

  20. Sequenzierung Erregeridentifizierung • Positive PCR-Reaktionen werden Sequenziert. • Sequenz BLAST

  21. ENDE

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