analiza structurala prin raze x
Download
Skip this Video
Download Presentation
Analiza structurala prin raze X

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 36

Analiza structurala prin raze X - PowerPoint PPT Presentation


  • 133 Views
  • Uploaded on

Analiza structurala prin raze X. Transformata Fourier si cristalografia de raze X. Cea mai mare putere a rezolutiei pentru determinarea structurilor macromoleculelor si complexelor macromoleculare.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about ' Analiza structurala prin raze X' - rania


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
analiza structurala prin raze x
Analiza structurala prin raze X

Transformata Fourier si cristalografia de raze X

Cea mai mare putere a rezolutiei pentru determinarea structurilor macromoleculelor si complexelor macromoleculare

slide2

Matematic: transformata Fourier si inversa ei convertesc dintre doua domenii (“spatii”) r (exemplu: spatiu sau timp) si domeniul k (exemple: momente sau frecvente)

slide4

Pierderea fazei prin transformata Fourier inversa unidirectionala

Daca se considera faza corecta

Faza incorecta (=0)

slide5

In doua dimensiuni (xy)

Aranjare hexagonala a “pick”-urilor

Amplitudine si faza

slide6

Unele componente au fost sterse

Se regaseste distributia initiala

Componente de amplitudini mici au continut redus de informatie

aplicatie metoda de reduce a zgomotului
Aplicatie: metoda de reduce a zgomotului

1. Transformata Fourier a unui obiect zgmotos

2. Se substituie anumite componente de amplitudine mica din transformata Fourier

= 0

3. Se face transformata Fourier inversa

slide8

Doar o sectiune prin transformata Fourier

Distorsiunesemnificativadaca se folosestedoar un numarredus de coordonatepentrureconstructie

exemplu de design experimental
Exemplu de design experimental

Imaginea de difractie a cristaluluiestetrasformata Fourier a structurii

slide12

Interferenta constructiva daca rS=0,+1, +2,

  • Interferenta destructiva daca rS=+1/2, +3/2,
  • Imaginea de difractie F(S) este data de:
slide14

Densitatea electronica a structurii proteinei poate fi obtinuta din inversa transformatei Fourier a imaginii de difractie

slide16

Nu exista microscop de raze X cu rezolutie si sensibilitate suficienta

  • Oglinzile de raze nu au rezolutiei suficienta pentru o singura proteina.
  • Puterea radiatiei ar trebui sa fie prea mare iar proteina ar fi ….

denaturata

procedeu general
Procedeu general:
  • Se inregistreaza imaginea de difractie a cristalului proteic
  • Se calculeaza inversa transformatei Fourier
  • Dezavantaj: se pierde informatia de faza
problema fazelor
Problema fazelor
  • Metode prin care se incearca cunoasterea fazelor
  • Cea mai folosita metoda: inlocuirea cu atomi grei
slide19

Un specific al difractiei pe cristale macroscopice: nu se obtine o image continua ci spoturi de difractie

slide21

Celula unitara: cea mai mica unitate din care se poate genera cristalul doar prin translatii

  • Pentru un cristal proteic celula unitara este formata din una sau mai multe molecule
cristalografia de raze x a proteinelor
Cristalografia de raze X a proteinelor

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?template=highlights.html&pdbcode=n/a&highlights=TRUE

producerea unor cristale adecvate
Producerea unor cristale adecvate

Monoscrital cu geometrie si marime potrivita

Transparente

Fara neomogenitati

Fara culoare sau indice de refractie

Adecvate

Neadecvate

In mod obinuit, neadecvate

slide27

Se incepe cu o concentratie de proteina de 2-50 mg/ml

  • Nu trebuie sa contina contaminanti (alte proteine, virusuri)
  • Fara proteine impachetate gresit
  • Fara aditivi chimic care nu sunt necesari la stabilitate
  • Proteinele cu capete mai putin flexibile cristalizeaza mai bine
  • Dimensiunea optima a cristalului: ~0,1 mm
exista kituri comerciale petru screening de cristalizare
Exista kituri comerciale petru “screening” de cristalizare

http://www.jenabioscience.com/cms/en/1/browse/631_macromolecular_crystallography.html

parametri importanti
Parametri importanti:
  • Concentratia proteinei
  • Tipurile de sare si concentratia lor
  • pH
  • Tipul si concentratia surfactantilor
  • Temperatura
  • Viteza de cristalizare
determinarea fazei inlocuirea cu atomi grei
Determinareafazei, inlocuirea cu atomigrei

Cristalizare in solutie care contineatomigrei

calcularea densitatii elecronice si rafinarea structurilor
Calcularea densitatii elecronice si rafinarea structurilor

http://www.netsci.org/Resources/Software/Struct/xray.html

ad