Mikroorganismu g nu in enierija
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 43

Mikroorganismu gēnu inženierija PowerPoint PPT Presentation


  • 45 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

Mikroorganismu gēnu inženierija. 7 . Praktiskais darbs. Informācijas meklāšanas un saņemšanas sistēma, kura meklē un izsniedz datus no vairākām savstarpēji savienotām datu bāzēm. Ar katru gadu šo datu bāzu saistība un atsauces vienai uz otru palielinās, tiek integrētas arī ārējas

Download Presentation

Mikroorganismu gēnu inženierija

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Mikroorganismu g nu in enierija

Mikroorganismu gēnu inženierija

7. Praktiskais darbs

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Informācijas meklāšanas un saņemšanas sistēma, kura meklē un izsniedz datus no vairākām savstarpēji savienotām datu bāzēm. Ar katru gadu šo datu bāzu saistība un atsauces vienai uz otru palielinās, tiek integrētas arī ārējas

datu bāzes.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Ļauj piekļūt aptuveni 19 miljoniem dokumentu no "MEDLINE" un citiem informācijas resursiem.

Pavisam aptverot ap 5 400 prestīžākos zinātniskos

biomedicīnas un citus dabas

zinātņu žurnālus no visas pasaules.

Pārsvarā angļu valodā izdotos

rakstus (~90%).

~ 79% -iem ierakstu ir pieejami

kopsavilkumi (abstrakti).

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

(Medical Literature Analysis and Retrieval System Online)

ir NML katalogs, kurā apkopota informācija par aptuveni

18 miljoniem dokumentu (biomedicīnas zinātnisko

žurnālu rakstu), kuri iznākuši sākot no 1947. gada.

Tieša piekļuve MEDLINE ir ierobežota.

Aptuveni 98% datubāzes ierakstu pieejami ar PubMed starpniecību.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Parasti ierakstā piedāvātā informācija:

- raksta nosaukums (virsraksts),

- autoru vārdi,

- raksta kopsavilkums (abstract),

- MeSH (Medical Subject Headings),

- informācija par raksta novietojumu žurnālā,

- raksta publicēšanas valoda,

- publikācijas tips.

Pievienotas saites uz datu bāzēm, kurās var saņemt pilna teksta rakstus.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Medical Subject Headings

Specializēto terminu sistēma, kas palīdz klasificēt informāciju, lai izvairītos no dažādu terminu/sinonīmu lietošanas, kas apgrūtina vajadzīgās informācijas atrašanu. Izveidoti 16 galvenie zari

1. +Anatomy [A]

2. +Organisms [B]

3. +Diseases [C]

4. +Chemicals and Drugs [D]

5. +Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E]

6. +Psychiatry and Psychology [F]

7. +Phenomena and Processes [G]

8. + . . .http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2010/MB_cgi

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

3. -Diseases [C]

* Bacterial Infections and Mycoses [C01] +

* Virus Diseases [C02] +

* Parasitic Diseases [C03] +

* Neoplasms [C04] +

* Musculoskeletal Diseases [C05] +

* Digestive System Diseases [C06] +

* Stomatognathic Diseases [C07] +

* Respiratory Tract Diseases [C08] +

* Otorhinolaryngologic Diseases [C09] +

* Nervous System Diseases [C10] +

* Eye Diseases [C11] +

* Male Urogenital Diseases [C12] +

* Female Urogenital Diseases and Pregnancy Complications [C13] +

* . . .

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

3.-Diseases [C]

* Bacterial Infections and Mycoses [C01]

Bacterial Infections [C01.252]  +

Brain Abscess [C01.323]  +

Central Nervous System Infections [C01.395]  +

Infection [C01.539]  +

Mycoses [C01.703]  +

Zoonoses [C01.908] +

* Virus Diseases [C02] +

* . . .

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Bacterial Infections [C01.252]  +

Bacteremia [C01.252.100] +

Central Nervous System Bacterial Infections [C01.252.200] +

Endocarditis, Bacterial [C01.252.300] +

Eye Infections, Bacterial [C01.252.354] +

Fournier Gangrene [C01.252.377]

Gram-Negative Bacterial Infections [C01.252.400] +

Gram-Positive Bacterial Infections [C01.252.410] +

Pneumonia, Bacterial [C01.252.620] +

Sexually Transmitted Diseases, Bacterial [C01.252.810] +Skin Diseases, Bacterial [C01.252.825] +

Spirochaetales Infections [C01.252.847] +

. . .

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Bacterial Infections [C01.252]  +

Gram-Negative Bacterial Infections [C01.252.400] +

. . .

Burkholderia Infections [C01.252.400.170] +

Campylobacter Infections [C01.252.400.177]

Cat-Scratch Disease [C01.252.400.200]

Chlamydiaceae Infections [C01.252.400.210] +

Desulfovibrionaceae Infections [C01.252.400.260]Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] +

Flavobacteriaceae Infections [C01.252.400.349]

Flexibacteraceae Infections [C01.252.400.368]

Fusobacteriaceae Infections [C01.252.400.388] +Helicobacter Infections [C01.252.400.466]

. . .

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

. . .

Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] +

Dysentery, Bacillary [C01.252.400.310.229]

Escherichia coli Infections [C01.252.400.310.330] +

Granuloma Inguinale [C01.252.400.310.416]

Klebsiella Infections [C01.252.400.310.503] +

Proteus Infections [C01.252.400.310.708]

Salmonella Infections [C01.252.400.310.821] +

Serratia Infections [C01.252.400.310.850]

Yersinia Infections [C01.252.400.310.980] +

. . .

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

. . .

Enterobacteriaceae Infections [C01.252.400.310] +

. . .

Escherichia coli Infections [C01.252.400.310.330] +

Meningitis, Escherichia coli [C01.252.400.310.330.500]

. . .

. . .

MeSH indeksācija ieviesta 1960. gadā, un katru gadu vienreiz gadā tā tiek pārskatīta un papildināta.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Visi ieraksti datu bāzē tiek numurēti:

PMID xxxxxxxx (PubMed Unique Identifier)

Dažkārt izdevēji informāciju par rakstiem iesūta jau pirms žurnāla iznākšanas, tādēļ aiz PMID tiek pievienota ieraksta statusa birka (tag):

[PubMed - as supplied by publisher]

[PubMed - in process]

[PubMed - indexed for MEDLINE]

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Ieraksti, kuri nav indeksēti atbilstoši jaunajai MeSH

sistēmai, kura ieviesta 2005. gadā, glabājas

OLDMEDLINEdatu bāzē (pamatā 1947 - 1965. gada

izdevumi), tie tiek atzīmēti ar birku

[PubMed - OLDMEDLINE]

un to formāts var būtiski atšķirties

no jaunajiem ierakstiem.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

PubMed datu bāzē sastopami raksti, kuriem netiek piešķirts MEDLINEindekss, tie marķēti kā

[PubMed]vai [PubMed - as supplied by publisher]

Iemesls:

- raksts nav attiecinams uz biomedicīnas jomu,

- raksts iznācis pirms MEDLINE uzsācis attiecīgā žurnāla MeSH indeksēšanu,

- žurnāls nav "MEDLINE žurnāls",

- PubMed Central (PMC)publicēts e-raksts pirms 2005. gada.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Ievadītie termini (frāzes) vispirms tiek meklēti MeSH vārdnīcā, autoru un žurnālu vārdnīcu tabulās.

Ja atrasto ierakstu skaits nav liels, meklējumi tiek turpināti visos pārējos laukos.

Ja ievadītā frāze visā pilnībā netiek atrasta*, tā tiek sadalīta pa vārdiem un meklējumi tiek veikti ar atsevišķiem vārdiem, izmantojot AND / OR loģiskos operātorus dažādās kombinācijās.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Tam, kā dotais uzdevums ticis pārtulkots meklēšanas komandu valodā un izpildīts, var sekot laukā

"Search details".

Results: 1 to 20 of 286

conjugation[All Fields]AND

("f factor"[MeSH Terms]OR"f factor"[All Fields])AND

("dna"[MeSH Terms]OR "dna"[All Fields])

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Var atkārtot meklēšanu ar pārveidotām komandām:

Results: 1 to 20 of 178

conjugation[All Fields]AND

"f factor"[MeSH Terms]AND

"dna"[MeSH Terms]

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Var atkārtot meklēšanu ar pārveidotām komandām:

Results: 1 to 20 of 576474

conjugation[All Fields]OR

"f factor"[MeSH Terms]OR

"dna"[MeSH Terms]

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Var atkārtot meklēšanu ar pārveidotām komandām:

Results: 1 to 20 of 556628

"dna"[MeSH Terms]

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Loģiskās komandas jāievada ar LIELAJIEM BURTIEM.

"desa"[All Fields]Results: 1 to 20 of 278

"salmonella"[All Fields]Results: 1 to 20 of 66249

"desa"[All Fields]ORResults: 1 to 20 of 66526

"salmonella"[All Fields]

66249 + 278 = 66527 ???

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Loģiskās komandas jāievada ar LIELAJIEM BURTIEM.

"desa"[All Fields]Results: 1 to 20 of 278

"salmonella"[All Fields]Results: 1 to 20 of 66249

"desa"[All Fields]ANDResults: 1

"salmonella"[All Fields]

Vienā ierakstā atrodami abi vārdi

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Loģiskās komandas jāievada ar LIELAJIEM BURTIEM.

"desa"[All Fields]Results: 1 to 20 of 278

"salmonella"[All Fields]Results: 1 to 20 of 66249

"desa"[All Fields]NOTResults: 1 to 20 of 277

"salmonella"[All Fields]

278 - 1 = 277

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Veselas frāzes meklējumos tiek izmantotas, ja:

1. tās atrodamas MeSH vārdnīcā vai autoru un žurnālu vārdnīcu tabulās,

conjugation[All Fields]AND

("f factor"[MeSH Terms]OR"f factor"[All Fields])AND

("dna"[MeSH Terms]OR "dna"[All Fields])

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Veselas frāzes meklējumos tiek izmantotas, ja:

2. speciāli tiek dota komanda lietot veselas frāzes.

Citos gadījumos frāzes tiek sadalītas atsevišķos vārdos, kuri tiek papildus apstrādāti.

differential[All Fields]AND

("rna splicing"[MeSH Terms]OR

("rna"[All Fields]AND"splicing"[All Fields]) OR

"rna splicing"[All Fields]OR

"splicing"[All Fields])

Results: 1 to 20 of 2760

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

? ? ?

differential[All Fields]AND

("rna splicing"[MeSH Terms]OR

("rna"[All Fields]AND"splicing"[All Fields]) OR

"rna splicing"[All Fields]OR

"splicing"[All Fields])

Automatic explosion of MeSH terms

(automatic term mapping)

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Results: 1 to 20 of 687

Results: 1 to 20 of 687

Komandas veselas frāzes meklēšanai:

- frāzei pievieno birku [tw] ,

- frāzi ietver pēdiņās: "differential splicing",

differentialsplicing[tw]

"differentialsplicing"[All Fields]

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Results: 1 to 20 of 687

Results: 1 to 20 of 687

Komandas veselas frāzes meklēšanai:

- vārdus savieno ar svītriņu: differential-splicing ,

- lieto aprautās frāzes zīmi: differential splicing* .

differential-splicing[All Fields]

differentialsplicing[All Fields]

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Results: 1 to 20 of 687

Results: 1 to 20 of 19296

Results: 1 to 20 of 14351

Taču, meklējot "uzspiestās" frāzes, jāpievērš lielāka uzmanība alternatīvu apzīmējumu iespējamībai,

differentialsplicing[tw]

alternative splicing[tw]

alternative splicing[MeSH Terms]

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

kā arī tam, ka meklējumi notiek nevis pilnajā datu bāzē, bet gan automātiski sastādītos datu bāzes indeksos.

Var gadīties, ka "uzspiestā" frāze datu bāzes ierakstos reāli pastāv, taču nav tikusi iekļauta datu bāzes indeksos.

Ja meklējumos ar "uzspiesto" frāzi ieraksti nav atrasti, vēlams ļaut sistēmai veidot savus meklēšanas algoritmus ar atsevišķiem frāzes vārdiem.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Vai arī meklējuma uzdevumus kombinēt ar MeSH datu bāzes palīdzību, kur iespējam uzlikt arī dažādus papildus ierobežojumus meklēšanai.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Results: 1 to 20 of 51 822

Aprautā vārda (frāzes) zīmi "*" lieto arī lai meklētu visus apzīmējumus ar norādīto sakni, piemēram, splic* gadījumā tiks meklēti ieraksti ar terminiem:

splice, spliceability, spliceable,

splicecenter, spliced, spliceforms,

spliceome, spliceopathy, spliceosoma,

spliceosomal, spliceosome, splicing

utt.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Results: 1 to 20 of 168 030

Ja izmantotā aprautā vārda daļa datu bāzes indeksos būs pārstāvēta ļoti plaši, meklējumiem tiks izmantoti tikai pirmie 600 termini, un

lietotājs par to tiks informēts.

Piemēram, lietojot spl* :

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Loģiskās komandas var izmantot kombinējot iepriekš veiktos meklējumus sadaļā "Advanced Search", kur glabājas Jūsu

meklējumu vēsture.

#1 AND#4Results: 1 to 20 of 4800

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Izmantojot meklējumu vēsturi iespējams meklējumu precizēt uzliekot papildus ierobežojumus - dodoties uz sadaļu "Limits".

#1AND

("loattrfull text"[sb]AND

Review[ptyp]AND

"2009/03/27"[PDat]: "2010/03/26"[PDat])

Izmantotie ierobežojumi:

- pieejams pilnais teksts,

- apskata raksts,

- publicēts pēdējā gada laikā.

Results: 1 to 20 of 74

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Meklējumu vēstures sarakstā tiek saglabāti ne vairāk kā 100 pēdējie ieraksti.

8 stundas pēc pēdējās aktivitātes beigām visi meklējumu vēstures ieraksti tiek dzēsti.

Lietotājs meklējumu vēstures ierakstus var dzēst (visus vai katru individuāli).

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Your search for konjugation F factor DNA retrieved no results.

However, a search for conjugation f factor dna retrieved the following items..

Ierakstītos terminus analizē "Spell Check" funkcija (piedāvā citu vai labo kļūdaino terminu), taču tā var nenostrādāt, ja attiecīgā kļūda arī ierakstos sastopama stipri bieži vai gadās ļoti reti.

Sistēma bieži pieļauto kļūdu vārdnīcā atrada raksturīgu kļūdu un automātiski to izlaboja.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Mazāk raksturīga kļūda - sistēma piedāvā citu vārda variantu, bet meklējumi tika veikti kļūdaino vārdu izlaižot, jo tam neviens ieraksts datubāzē neatbilda.

Results: 1 to 20 of 751

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

"Stop vārdi" - termini, kuri meklēšanā tiek ignorēti, jo tie sastopami pārāk daudz ierakstos, piemēram:

Ii, if, in, into, is, it, its, itself

Jjust

Kkg, km

Mmade, mainly, make, may, mg, might, ml,

mm, most, mostly, must

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Ja vajadzīgā tēma grūti formulējama,

un starp atrastajiem ierakstiem ir tikai daži vēlmēm atbilstoši ieraksti,

var lietot pie atrastajiem ierakstiem izvietoto funkciju "Related Articles"

- vadoties no virsrakstā, kopsavilkumā un MeSH tabulā izmantotajiem terminiem, sistēma piedāvās komplektu ar vislīdzīgākajiem rakstiem.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Ja tiek piedāvāts pārāk daudz ierakstu, var uzlikt specifiskus ierobežojumus pēc:

- publicēšanas laika,- objekta sugas,

- publikācijas veida, - objekta dzimuma,

- publikācijas valodas, - objekta vecuma,

- ieraksta īpatnībām,

- noteikta meklēšanas lauka.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


Mikroorganismu g nu in enierija

Uzliktie ierobežojumi tiek uzrādīti arī pirms meklējumu rezultātiem:

Turpat

uzliktos ierobežojumus var

mainīt vai

atcelt.

Mikrobioloģijas un biotehnoloģijas katedra ML


  • Login