From Sequence to Structure

1. From Sequence to Structure Sources on Web

2. 生物資訊內涵 • Gene , Protein • 序列, 結構, 功能 • 比對, 預測, 分類 , 關聯, 註解…

3. In form of codon, Left-Top-Right T C A G T Phe Ser Tyr Cys T C Leu Ter Ter A Trp G C Leu Pro His Arg T C Gln A G A Ile Thr Asn Ser T C Lys Arg A Met G G Val Ala Asp Gly T C Glu A G 基因碼Genetic Code Codon Three bases in a DNA or RNA sequence which specify a single amino acid. http://www.cmbi.kun.nl/swift/future/aainfo/gencode.html

4. 生物資訊網路資源 Sequence Retrieve System 歐洲生物資訊研究所 The European Bioimformatics Institute http://www.ebi.ac.uk/ http://microbiology.scu.edu.tw/wong/courses/inform/site05.htm

5. 生物資訊網路資源 資料庫分類 • 主要序列儲存 • 基因體資料庫 • 蛋白質資料庫 • 結構資料庫 • 分子間作用資料庫 • 突變資料庫 • 文獻資料庫

6. 生物資訊網路資源 基因資料庫 GDB genome databasehttp://gdbwww.gdb.org/ GenbankNIH genetic sequence http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/ Genomenet http://www.genome.jp/ DNA 資料庫 EMBL nucleic acid database http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html NDB nucleic acid database http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/ RNA 資料庫 RDPrRNA sequences http://rdp.cme.msu.edu/html/

7. 生物資訊網路資源 蛋白質資料庫 PIR protein Information resources http://pir.georgetown.edu Swiss-Prot/TrEMBL curated protein sequence http://www.expasy.ch/sprot/ PDB protein data bank http://www.rcsb.org/pdb/ CATH protein structure classification http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/ SCOP proteinStructural classification http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

8. 生物資訊網路資源 教學資源 NEE-HOW, POST, 莊榮輝教授教學網業(臺大農化) • 核酸 DNA from the beginning - Cold Spring Harbor Laboratory, New York (USA) Structure of DNA - http://www.umass.edu/molvis/freichsman/NucAcids/Helix/hmenu.html • 胺基酸 Amino acid properties - University of California. Davis (USA) Amino acid information - European Molecular Biology Lab-Heidelberg (German) 蛇毒傳奇-清華大學 (Taiwan) • 蛋白質 Principles of Protein Structure Using the Iternet - Birkbeck College-London (UK) 生物資訊 Using Internet Resources in Molecular Biology-San Diego Supercomputer center(USA) 生命科學線上教學- 清華大學生物資訊中心 (Taiwan) BioInfoFab - 陽明大學生物資訊中心 (Taiwan)

9. 生物資訊網路資源 參考查詢資源 • HINT - 國家衛生研究院醫藥衛生研究資訊網 (Taiwan) http://www.hint.org.tw/ • Entrez(PubMed)–National Center of biotechnology Information (USA) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed

10. Streptomyces avermitilis is an industrial microorganism produced anthelmintic macrolide Avermectins. http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp/

11. 序列分析與結構預測

12. 核酸  蛋白質 核酸序列  蛋白質序列  蛋白質性質  蛋白質結構

13. 基因比對 資料庫:GenBank 工具:Blast

15. 基因轉譯 核酸序列 網站: Expasy 工具:MBS translator 蛋白質序列

16. 蛋白質特性pI 質與分子量 網站: Expasy 工具:PI/MW compute

17. 一級結構分析胺基酸標示 網站: Expasy 工具: Colorseq MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA MGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFA AGILPVFYWDENQRHSTKCM Positive KHR Aromatic FWY Hydrophobic ALIVMW

18. 三級結構預測 網站: Expasy 工具: 3D-PSSM THE PAIRWISE RMSD BETWEEN THE STRUCTURES IS : 0.131181 1 : /pdb1czlA_0.tmp TEMPLATE 2 : /model_1.pdb SELECTED

19. 序列結構蛋白質結構預測流程 待測蛋白質序列 http://www.bmm.icnet.uk/people/rob/CCP11BBS/flowchart2.html 蛋白質序列比對 資料庫蒐尋 折疊辨認 是否有 PDB資料 No 預測二級結構 是否有 折疊資料 yes 二級結構比對 yes No 比對模擬 序列-結構比對 預測三級結構 3D 結構模型

20. 蛋白質結構預測之方法 • Homology modeling • Recognition fold • Ab-inition

21. 生物資訊在生物技術之應用 • 電子鼻感測原件分子識別材料 Chemistry (The chinese Chem. Soc., Taipei) June 2001 Vol. 59 No. 2 pp.235-243.