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PubMed 資料庫

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PubMed 資料庫. 時間: 2011 年 10 月 7 日 (13:30-16:30) 主講:醫教部淡水圖書組劉淑容 分機: ( 淡 )2509. PubMed 的課程. PubMed 簡介 PubMed 檢索技巧 篩選實證醫學資料方法 MyNCBI 個人化設定. PubMed 的課程. PubMed 簡介 PubMed 檢索技巧 篩選實證醫學資料方法 MyNCBI 個人化設定. PubMed 簡介 1. PubMed National Institutes of Health (NIH)

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pubmed

PubMed資料庫

時間:2011年10月7日(13:30-16:30)

主講:醫教部淡水圖書組劉淑容

分機:(淡)2509

pubmed1
PubMed的課程
  • PubMed簡介
  • PubMed檢索技巧
  • 篩選實證醫學資料方法
  • MyNCBI個人化設定
pubmed2
PubMed的課程
  • PubMed簡介
  • PubMed檢索技巧
  • 篩選實證醫學資料方法
  • MyNCBI個人化設定
pubmed 1
PubMed 簡介1
  • PubMed

National Institutes of Health (NIH)

National Library of Medicine (NLM)

美國國家醫學圖書館

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Entrez retrieval system(資訊檢索系統)

PubMed

pubmed 2
PubMed 簡介2

1.MEDLINE(一般商業資料庫取用範圍)

是PubMed最大宗也最重要的資料庫

其學科領域含括:生物醫學,基礎醫學,臨床醫學,

護理,獸醫學,牙醫學,健康照護系統,保健醫學 medicine, nursing, dentistry, veterinary medicine, health care system, and the preclinical sciences

2.OLDMEDLINE (1950~1960沒有摘要)

3.In Process Citations(尚未用標題分類的最新文獻)

4.Publisher Supplied Citations(e+未分類+可能未出版)

slide6

PubMed 簡介3

  • 收錄有5200多種生命醫學期刊
  • 全球性資料庫,除美國外另收有80多國期刊
  • 自1948年至今已有2000多萬筆資料,且每日 更新加入最新資料
  • 可直接聯結電子全文,並可利用內建機制找 到相關性資料
  • 全球免費檢索
  • MeSH詞彙控制
slide7
自由詞彙 free text

代表作:UpToDate、Google

資料庫自動比對使用者輸入之關鍵字,字與篇名、刊名、摘要…吻合之所有文獻就會被檢索出。

◎優點:檢索方法容易、適用新名詞或較地區性的用詞。

◎缺點:未經嚴謹分析、語意容意模糊(ex.字與字分開出現) 、要盡可能列舉同義詞及狹義

stroke≠CVA

≠cerebrovascular accident

控制詞彙controlled vocabulary

代表作:PubMed之MeSH

索引專家預先為每篇文章分析歸類,當user輸入之關鍵字意義與該類別相同時,該批文獻就會被檢索出。

◎優點:解決同義字問題、可彈性檢索廣/狹意詞、使用得宜可提高精確率及回收率。

◎缺點:user需學習使用、不適用新概念及local用詞、部份用語容易受限不彈性。

diabetes mellitus type2=NIDDM=diabetes mellitus type II

≠type2 DM

資料庫檢索機制
mesh me dical s ubject h eading
MeSH—Medical Subject Heading控制辭彙;樹狀結構;有標準;會更新的分類表
  • controlled vocabulary(控制詞彙)

used for indexing articles for

PubMed Medline. MeSH terminology

provides a consistent way to retrieve

information that may use different

terminology for the same concepts.

Ex.

HIVD

Anesthesia

V.S. Anaesthesia

若您的關鍵字都不在MeSH中

PubMed會以自由詞彙檢索

slide9

善用MeSH term做為關鍵字

多個MeSH term + HIVD

全寫且為MeSH term

縮寫且未被MeSH詞彙表收錄

用錯檢索詞 “差”很大喔!!

pubmed3
如何進入PubMed

因為PubMed為全世界免費檢索之資料庫

所以

利用google、yahoo…都可以找到該網站

但是

透過馬偕圖書館網頁再點進PubMed有好康的…

pubmed4
如何進入PubMed

好康1.標示出該篇文獻,馬偕有無電子全文可用.

好康2.標示出該次檢索結果,馬偕總共可用之電子全文篇數.

pubmed5

馬偕紀念醫院

淡水圖書館

2010/6/25

PubMed首頁介紹

個人化服務

NCBI有30多種資料庫

進階檢索;

history

MeSH詞彙檢索

找特定已知資料之文獻

實證醫學資料檢索

pubmed6
PubMed的課程
  • PubMed簡介
  • PubMed檢索
  • 篩選實證醫學資料方法
  • MyNCBI個人化設定
slide14

末期病人利用音樂治療使疼痛緩解改善生活品質末期病人利用音樂治療使疼痛緩解改善生活品質

實做範例PICO

slide15

由問題建立搜尋模式

  • 找出關鍵字
  • 依重要性標示順序

1

2

4

3

slide17
初級檢索技巧
  • 如果只想快速找到一篇文章看看…
  • 直接利用AND整合查詢
  • P AND I AND O
  • end of life AND music therapy AND (pain relief OR life quality)

#1 end of life

#2 music therapy

#3 pain relief

#4 life quality

#5 #3 OR #4

#6 #1 AND #2 AND #5

逐字檢索

可瞭解個別結果

再靈活整合

slide18

PICO分別檢索可靈活運用,並得知關鍵字需修正否PICO分別檢索可靈活運用,並得知關鍵字需修正否

PIO分別檢索,可靈活整合

PIO分別檢索後再用AND交集

O

I

P

PIO一次用布林邏輯檢索

slide19

PICO檢索示範 –關鍵字 (中級班)

  • 關鍵字及同義詞的擬定,可參考上層EBM資料庫、Textbook、藥學資料庫或PubMed的MeSH表(醫學詞彙表)
  • 底線字表示為 MeSH Term
slide20

P:end of life

C:

I:music therapy

O:pain relief

end of life

palliative care

hospice care

terminal ill

end stage of…

Un-music therapy

music therapy

music

sing

song

Melody

alternative therapy

pain relief analgesia

life qualityfunctional well-being

中級檢索技巧
  • 如果想找到比較完整的文獻
  • PICO分別逐次檢索
  • 一次檢索一群同義詞(用 OR聯集)
  • 再將所有群組結合(用 AND交集)

AND

AND

AND

slide21

熟練布林邏輯:同義詞用OR聯集.PICO間用AND交集熟練布林邏輯:同義詞用OR聯集.PICO間用AND交集

PI

PIO

O

I

P

同義詞及相關詞彙越完整

資料獲得率就提升

pubmed7
PubMed的課程
  • PubMed簡介
  • PubMed檢索技巧
  • 篩選實證醫學資料方法
  • MyNCBI個人化設定
slide23

篩選實證醫學資料(進階班)

  • 方法一:Clinical Queries檢索介面PubMed根據Haynes RB理論,為實證醫學專設的搜尋介面,內建系統會將檢索條件自動設限在較具實證研究的文獻中。
  • 方法二:limit

利用limit中的”Type of Article”將檢索條件限制在clinical trial、Randomized Controlled Trial 、meta-analysis或review中。

  • 方法三:限定實證醫學期刊或資料庫在Advance Search介面中執行,可限定有被收錄在 Cochrane Database of Systematic Reviews或Evidence Based Nursing期刊中的文獻。
slide24

篩選實證醫學資料(進階班)

方法一:Clinical Queries檢索介面

最好有前面的中級檢索結果,例如 #38

PubMed根據Haynes RB理論,為實證醫學專設的搜尋介面,內建系統會將檢索條件自動設限在較具實證研究的文獻中。

clinical queries
方法一:Clinical Queries檢索介面

#38

與PICO問題面向有關

※etiology:探討病因

※diagnosis:診斷問題

※therapy:治療或處置

※prognosis:預後

與質量有關

Narrow:精準篇數少

Broad:敏感篇數多

slide27

My NCBI 個人化設定

PubMed的

檢索details

clinical queries 2011 5 11
方法一:Clinical Queries檢索介面 (2011/5/11)

馬偕圖書館員至PubMed註冊的

電子全文標示

PubMed用該筆文獻到2000萬筆資料比對相關文獻

◎用一篇文獻的MeSH Term

回推正確的檢索詞

◎用一篇文獻的Publication type

判斷文獻類型

◎用一篇文獻的Related articals滾雪球

slide30

篩選實證醫學資料(進階班)

方法二:limit利用limit中的”Type of Article”

#39

也可直接下關鍵字後再選 Limits

可用前面的中級檢索結果,例如 #39

slide31

方法二:limit 利用limit中的”Type of Article”

使用Limit檢索可抓取到

證據等級較優,設計較好的文獻

使用Limit檢索後就無法抓取到

尚未被分類整理的最新文獻

slide32

篩選實證醫學資料(進階班)

方法三:限定實證醫學期刊或資料庫

AND "Cochrane database of

systematic reviews

#38

slide33

方法三:限定實證醫學期刊或資料庫

限定期刊檢索

Clinical Queries/Broad

Clinical Queries/Narrow

Limit

欄位檢索亦可用於檢索特定作者、機構…所發表文獻

slide34
作者背景 Affiliation[AD]作者姓名 Author [AU]期刊名Journal [TA]MeSH Major Topic [MAJR]

PMID [PMID]Publication Type [PT]任何關鍵字Text Words [TW]篇名任一字Title [TI]Title/Abstract [TIAB]

Mackay memorial hospital[AD]

Lin C C[AU]

nursing outlook[TA]

pain[MAJR]

20738438[PMID]

文獻類形[PT]

nursing care[TW]

chemotherapy[TI]

篇名或摘要任一字[TIAB]

特定欄位檢索—手動
slide36

Display

My NCBI 個人化設定

檢索得篇數

篇名

作者

刊名 年月 卷(期):頁數

PubMed的

檢索details

slide38

檢視摘要 (2011/5/11)

馬偕圖書館員至PubMed註冊的

電子全文標示

PubMed用該筆文獻到2000萬筆資料比對相關文獻

文獻類型

◎用一篇文獻的MeSH Term

回推正確的檢索詞

◎用一篇文獻的Publication type

判斷文獻類型

◎用一篇文獻的Related articals滾雪球

slide40

Save– clipboard(剪貼簿)

Clipboard可在該電腦存8hr,最多可存500筆

slide41

E-mail

slide43
特定單篇文獻

Single Citation Matcher

slide44
主任給的作業中有一篇文章為

作者:Luks AM, Swenson ER.

篇名:Medication and dosage considerations

in the prophylaxis and treatment of

high-altitude illness.

刊名:Chest

年代:2008 Mar1

卷期:133(3)

頁數:744-55

PMID: 18321903

只要有其中任一或

二條件

就可找到該篇文章

slide46

chest

133

744

slide47

刊名、年月、卷(期) 、頁數

作者

MeSH詞彙

可作為修正

檢索關鍵字參考

skills of searching

Skills of Searching

搜尋現有的最佳實證之檢索技巧 複習

slide49

PubMed檢索技巧—基礎

  • 確立問題,建立PICO模式,找出關鍵字
  • 找出同義詞或相關詞

◎利用MeSH資料庫檢索MeSH term

◎display時展開MeSH term回推關鍵字

◎利用detail檢視策略及關鍵字

  • 布林邏輯運算概念要清楚熟練同義詞用OR聯集.PICO間用AND交集
  • 善用history介面靈活組合檢索策略
  • 適時修改檢索策略,不厭其煩多次檢索
slide50

PubMed檢索技巧– 篩選實證文獻

不論用初級檢索或中級檢索都可再利用方法篩選實證文獻

  • Clinical Queries先選擇面向,再選擇質量
  • Limit限定特殊文獻類型
  • Advance Search

指定實證期刊或資料庫

  • MyNCBI個人化設定
pubmed8
PubMed的課程
  • PubMed簡介
  • PubMed檢索
  • 篩選實證醫學資料方法
  • MyNCBI個人化設定
my ncbi
MY NCBI個人化設定
  • 可將檢索結果自動分群
  • Highlight 關鍵字
  • 儲存檢索結果
  • 儲存檢索策略
  • 自動e-mail有興趣的最新文獻
slide53

MY NCBI帳號 註冊

可申請新帳號

或利用Gmail帳號

slide54
Username

3個以上英數字

Password

6個以上英數字

Security Question及Answ

忘記帳密時要用的通關密語

E-mail

請提供常用的,最好以HTML檢視信件。

◎請務必用筆記下帳密

MY NCBI帳號 註冊

sjliutest

mmh123

mmh123

pooh

F6B6A

[email protected]

slide56

MyNCBI設定

Popular:

常用分群

LinkOut:

馬偕圖書館或其他圖書館

Properties:

limit、clinical queries中之細項皆可獨立分群 ex.年齡、出版年、 RCT、reviews…

myncbi linkout
MyNCBI設定--LinkOut

Mackay memorial

myncbi
MyNCBI設定--建立客製化篩選條件

馬偕 + 免費全文

"loattrfree full text“

[Filter] OR

“loprovitwmmhlib”

[Filter]

例1:篩選馬偕+免費電子全文 “loattrfree full text"[Filter] OR “loprovitwmmhlib”[Filter]

例2:篩選出英文與中文 “english”[LA] OR “chinese”[LA]

例3:篩選出特定期刊 “lancet” [TA] OR “JAMA”[TA] 需用特定語法

myncbi1
MyNCBI設定—個資及底色

NCBI Site Preferences

個人資料修改

關鍵字底色

myncbi preference display
MyNCBI設定—preference display

設定 display abstract時

自動展開 Publication type 及MeSH terms

myncbi2

MyNCBI運用

  • 可將檢索結果自動分群
  • Highlight 關鍵字
  • 儲存檢索結果
  • 儲存檢索策略
  • 自動以e-mail傳送有興趣的最新文獻
myncbi4
MyNCBI運用—儲存於雲端

可修改檔名

Music therapy

myncbi5
MyNCBI運用—儲存檢索策略並寄送新知

需在Advanced Search

介面中執行

於檢索號碼上按左鍵

myncbi6
MyNCBI運用—儲存檢索策略並寄送新知

Music

可修改檔名

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