1 / 11

Gena- og gagnas öfn (GEG1103)

Gena- og gagnas öfn (GEG1103). Fyrirlestrar 3 & 4 Kortlagning erfðagagna Gagnasöfn. Upprifjun: tengslagreining og kortlagning gena. Gen eru tengd ( linked ) ef þau hafa tilhneygingu til að erfast saman Genin eru á sama litningi

osman
Download Presentation

Gena- og gagnas öfn (GEG1103)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Gena- og gagnasöfn (GEG1103) Fyrirlestrar 3 & 4 Kortlagning erfðagagna Gagnasöfn

  2. Upprifjun: tengslagreining og kortlagning gena • Gen eru tengd (linked) ef þau hafa tilhneygingu til að erfast saman • Genin eru á sama litningi • Því nær sem genin eru hvert öðru, þess tengdari eru þau (hættir síður til að aðskiljast við endurröðun (crossover, recombination)) •  Getum notað samsætutíðni í afkomendum til að áætla staðsetningu gena á litningum – Genetic Mapping • centiMorgan (cM): hlutfall afkomenda þar sem endurröðun hefur átt sér stað milli tveggja markera (gena) • 1 cM samsvarar um 1.000 kB í mönnum, um 500 kB í bananaflugum. Fig. 1.1, bls. 5.

  3. Kortlagning með frumulíffræðiaðferð (cytological mapping) • Litningum skipt í p- (stutta) og q- (langa) arma • Sum litarefni (s.s. quinacrín og Giemsa-litur) lita litninga þ.a. bönd sjást (Giemsa-litarefnið bindst við AT-rík svæði) • Bönd talin frá deilikorni til litningsenda • Dæmi: Hox genið í mönnum er á 7p15 (litningur 7, stutti armur, band 15) Mynd frá www.vivo.colostate.edu

  4. Kortlagning við raðgreiningu (physical mapping) • Genamengi raðgreind í bútum (t.d. BAC-bútum) • Contig: stytting á contiguous sequence • Ýmsar leiðir til að raða saman contig-um – oft stuðst við genetísk og cýtólógísk kort

  5. Samanburður á kortum • Samlitni (synteny): geymni (conservation) röðunar (order) gena á litningi eða litningshluta • Chromosome painting: Litningar úr einni frumugerð litaðir með FISH, brotnir upp og bútarnir látnir parast við litninga úr annarri frumugerð • Sjáum hvaða litningar / litningshlutar eru samsvarandi milli lífveranna • „Qick & dirty“ aðferð til grófrar kortlagningar á erfðamengjum • Gerir ekki greinarmun á paralógum og orþólógum Myndir 1.4 og 1.5

  6. Erfðamengi eru misjöfn að stærð

  7. Gagnasöfn • Mikill fjöldi vefgátta í hin ýmsu genagagnasöfn til • Mest notað: NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) og ENSEMBL (http://www.ensembl.org/index.html)

  8. Um raðasöfn • Heilt genóm eða genómískar genaraðir: • inniheldur öll gen + innraðir • mikið af upplýsingum um tjáningarstjórnun • mjög gagnlegt við skyldleikagreiningu • ESTs (expressed sequence tags): • fengið úr umritamengi  inniheldur ekki innraðir • sýnir oftast (en ekki alltaf!!) rétta amínósýruröð • hentar við hönnun þreifara til að meta tjáningu • Prótín (úr Edman raðgreiningu eða MS/MS): • mjög gagnlegt í prótínstúdíum • galli: smáir gagnabankar

  9. Fiska-genagögn- oft af mjög skornum skammti fyrir efnahagslega mikilvægar tegundir(horfir þó mjög til batnaðar)

  10. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Gefur aðgang að GenBank, Entrez, OMIM, PubMed, o.fl. http://www.ensembl.org/ Gögn og upplýsingar um genamengi dýra http://www.tigr.org/tdb/mdb/mdbcomplete.html Genamengi baktería http://www.genomesonline.org/ Yfirlit og linkar í mörg genamengjasöfn http://www.brenda.uni-koeln.de/index.php4 Gagnabanki um ensím og lífefnafræði http://www.genome.jp/kegg/ Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.ebi.uniprot.org Vefgátt fyrir ýmislegt tengt prótínum http://staden.sourceforge.net/ Staden Package http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html BioEdit forritið til vinnslu raða http://www.expasy.org/ Forrit og gagnabankar fyrir prótínmengjagreiningu http://www.isrec.isb-sib.ch/java/dotlet/Dotlet.html Dotlet sjónrænt pörunarforrit http://www.ebi.ac.uk/clustalw/ ClustalW pörunarforritið http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/boxshade.html Boxshade - býr til myndræna uppsetningu á pöruðum röðum Nokkrar gagnlegar vefsíður Gagnasöfn Nokkur forrit

More Related