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Estructura de proteínas

Estructura de proteínas. Catálisis enzimática. Comunicación entre tejidos. Generación y transmisión del impulso nervioso. Transporte y almacenaje. Permebilidad de membranas. Control crecimiento y diferenciación. Movimiento. Defensa. Síntesis “fine chemicals”. Aditivos de alimentación.

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Presentation Transcript

  1. Estructura de proteínas

  2. Catálisis enzimática Comunicación entre tejidos Generación y transmisión del impulso nervioso Transporte y almacenaje Permebilidad de membranas Control crecimiento y diferenciación Movimiento Defensa

  3. Síntesis “fine chemicals” Aditivos de alimentación Transformación alimentos Tratamiento tejidos Diagnóstico clínico Terapia Reactivos laboratorio Aditivos limpieza

  4. Sequencia DNA Sequencia Proteína Reconocimiento Molecular Estructura 3D

  5. La capacidad de reconocimiento es la base de la función biológicaLa estructura 3D es necesaria para el reconocimiento

  6. ¿qué hacemos? • Problema del plegamiento de proteínas • Sequencia Estructura 3D • Predicción de mecanismos de reconocimiento • Diseño de ligandos específicos (fármacos), alteración de especificidad • “Mejora” de proteínas • estabilidad térmica, en medios orgánicos

  7. ¿cómo son las proteínas?

  8. ¿qué información tenemos? • Sequencias de proteína • Obtenidas directamente o por traducción de sequencias de DNA • SWISSPROT: http://www.expasy.ch/ • Estructuras tridimensionales • PROTEIN DATA BANK: http://www.rcsb.org/

  9. Sequencias • Permiten relacionar proteínes y agruparlas formando familias • Proteínas con secuencia parecida suelen poseer idéntica estructura RIAGHLRPQREDDVCLKRSDCRAKGGVSGFKVAILGAAGGIGQPLAMLMKMNPLV R-SAVSRSSSSNRL-LSRS--FATESVPERKVAVLGAAGGIGQPLALLMKLNPLV -----LSALARPVGAALRRS-FSTSAQNNAKVAVLGASGGIGQPLSLLLKNSPLV -----LSALARPAGAALRRS-FSTSAQNNAKVAVLGASGGIGQPLSLLLKNSPLV -----------------------------AKVAVLGASGGIGQPLSLLLKNSPLV -----LSRVAKRAFSSTVAN--------PYKVTVLGAGGGIGQPLSLLLKLNHKV

  10. Cristal de proteína Difracción de Rayos X Densidad electrónica

  11. Ala (A) Val (V) Leu (L) Ile (I) Met (M) Trp (W) Phe (F) Pro (P)

  12. Gly (G) Asn (N) Gln (Q) Ser (S) Thr (T) Tyr (Y) Cys (C)

  13. Arg (R) Lys (K) His (H) Glu (E) Asp (D)

  14. +

  15. ... ... ... aa1 - aa2 - aa3 - aa4 ...

  16. Diagrama deRamachandran ¿son posibles todas las conformaciones?

  17. ¿son posibles todas las conformaciones?

  18. Hélice a

  19. Estructuras b (paralelas)

  20. Estructuras b (antiparalelas)

  21. Estructuras no periódicasgiros, “loops”

  22. Estructuras no periódicasgiros, “loops”

  23. jerarquía del plegamiento • Estructuras supersecundarias • Agrupaciones sencillas de elementes de estructura secundaria • Dominios estructurales • Elementos con “autonomía” estructural • Estructura terciaria • Estructura cuaternaria

  24. alfa-loop-alfa • Unión de metales • Unión a DNA

  25. alfa-loop-alfa

  26. alfa-loop-alfa

  27. beta - hairpin

  28. beta - hairpin

  29. Greek key Este motivo tiene un plegamiento especialmente favorable

  30. alfa - beta La hélice se situa siempre en el mismo lado de la hoja

  31. 4 - bundles

  32. 4 - bundles

  33. Anexina V Hemoglobina

  34. Ortogonal b - sandwich

  35. b – jelly roll

  36. b - barrel Porina

  37. a/b barrel

  38. a/b doubly woundRossman fold

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