Resultados de la simulación de una red
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Resultados de la simulación de una red. // COMPILACION : gcc dynamics.c -o xdynamics -lm -Wall -g // EJECUCION : ./ xdynamics. La dinámica. Dinámica del potencial. Modelo COBA ( Conductance BAsed ). Modelo CUBA ( Current BAsed ).

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Presentation Transcript


Resultados de la simulaci n de una red

Resultados de la simulación de una red


Resultados de la simulaci n de una red

// COMPILACION:

gccdynamics.c-o xdynamics-lm -Wall -g

// EJECUCION:

./xdynamics


Resultados de la simulaci n de una red

La dinámica

Dinámica del potencial

Modelo COBA (ConductanceBAsed)

Modelo CUBA (CurrentBAsed)

Dinámica de las conductancias (corrientes)


Resultados de la simulaci n de una red

Explorando algunas propiedades de la red

TP Vogels, LF Abbott - Journal of Neuroscience 25: 10786, 2005


Resultados de la simulaci n de una red

TP Vogels, LF Abbott - Journal of Neuroscience 25: 10786, 2005


Resultados de la simulaci n de una red

Traza del potencial de membrana de una neurona

Vth = -50 mVVrest=Vreset= -60 mV


Resultados de la simulaci n de una red

Detalle de la traza anterior

dt=0.1 ms


Resultados de la simulaci n de una red

Distribución de la media temporal del potencial de membrana en la población


Resultados de la simulaci n de una red

Notar que las corrientes excitadoras e inhibidoras presentan un cierto grado de balance


Resultados de la simulaci n de una red

Distribución del CV en la población

La irregularidad de los disparos es grande debido al balance


Resultados de la simulaci n de una red

Notar que el rate de la población está en un régimen estacionario, presentando fluctuaciones alrededor de una media

En la simulación no se han realizado “trials”, aquí el promedio se efectúa sobre las neuronas de la población


Resultados de la simulaci n de una red

Distribución de la media temporal de la frecuencia de disparo en la población


Resultados de la simulaci n de una red

Cálculo del CV

Durante la simulación:

Dentro del if:

if (V[i]>VTh){

Evaluamos:

ISI = tRunning - t_previous_spike[i];

// "ISI": ms. "t_previous_spike": el tiempo del spike previo de la neurona i

NetISI += ISI; // Para evaluar la media, en toda la red, de las cantidades ISI

FirstMoment_ISI[i] += ISI;

SecondMoment_ISI[i] += ISI*ISI; //To compute theISI's CV


Resultados de la simulaci n de una red

Al final de la simulación:

//---------- CV

Num_bins_CV_histogram = 30;

CVHistogram = calloc(Num_bins_CV_histogram, sizeof(double));

for (i_bin=0; i<Num_bins_CV_histogram; i_bin++) CVHistogram[i_bin] = 0.0;

Max = 3.;

bin_CV = Max/((double) Num_bins_CV_histogram);

meanCV = 0.;

failure = 0.; //to count the number of cells that did not produce spikes

//those are simply not included in the statistics


Resultados de la simulaci n de una red

for (i=0; i<cells; i++){

if(spike_counter[i] > 1){

FirstMoment_ISI[i] /= spike_counter[i];

SecondMoment_ISI[i] /= spike_counter[i];

SD_ISI = pow( (SecondMoment_ISI[i] - FirstMoment_ISI[i]*FirstMoment_ISI[i]), 0.5);

CV = SD_ISI/FirstMoment_ISI[i];

meanCV += CV;

iHist = (int) (CV/bin_CV);

if (iHist >= Num_bins_CV_histogram) iHist= Num_bins_CV_histogram - 1;

CVHistogram[iHist] += 1.0;

}else{ failure++; }

}


Resultados de la simulaci n de una red

//---------- CV (normalizacion)

norm = 0.0;

for (i_bin=0; i_bin<Num_bins_CV_histogram; i_bin++) norm+= CVHistogram[i_bin];

for (i_bin=0; i_bin<Num_bins_CV_histogram; i_bin++) {

CVHistogram[i_bin] /= norm;

fprintf(CV_histogram_File, "%lf %lf \n", i_bin*bin_CV, CVHistogram[i_bin] ) ;

}

meanCV /= (double) (cells-failure);

fprintf(Output_File, "\n Population mean of the CV = %lf \n", meanCV) ;


Resultados de la simulaci n de una red

Similarmente para V, al final de la simulación:

//---------- V (solo normalizacion)

norm = 0.0;

for (i_bin=0; i_bin<Num_bins_V_histogram; i_bin++) norm += VHistogram[i_bin];

for (i_bin=0; i_bin<Num_bins_V_histogram; i_bin++) {

VHistogram[i_bin] /= norm;

fprintf(V_histogram_File, "%lf %lf \n", Min_V + i_bin*bin_V, VHistogram[i_bin] );

//"bin_V" isalreadygiven in physicalunits (mV)

}


Resultados de la simulaci n de una red

fin


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