Sos e coli
This presentation is the property of its rightful owner.
Sponsored Links
1 / 10

Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS- системы бактерий E.coli . PowerPoint PPT Presentation


  • 97 Views
  • Uploaded on
  • Presentation posted in: General

Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS- системы бактерий E.coli. Работа выполнена Пыловой Натальей Кафедра генетики. Введение. Цель данного моделирования – описать кинетику белковых комплексов SOS- системы, участвующих в реализации механизма TLS.

Download Presentation

Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS- системы бактерий E.coli .

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Presentation Transcript


Sos e coli

Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS-системы бактерий E.coli.

Работа выполнена

Пыловой Натальей

Кафедра генетики


Sos e coli

Введение.

Цель данного моделирования – описать кинетику белковых комплексов SOS-системы, участвующих в реализации механизма TLS.


Sos e coli

  • LexA– репрессор генов, входящих в SOS-регулон.

  • RecA*- обладает

    протеазной активностью.

  • UmuD2C– позволяет

    осуществить процесс TSL.

  • UmuD’DC– ингибирует

    мутагенез.

  • UmuD2C– снижает

    корректорские функции

    ДНК-полимеразы III.


Sos e coli

Этап 1. Моделирование кинетики образования димеров.

Дифференциальное уравнение, описывающее изменение концентрации димера:d[димер]/dt=V(димер+)-V(димер-),

V(димер+) и V(димер-) – скорости прироста и убывания концентрации соответственно.

Система, описывающая кинетику димеров:

d[UmuD2]/dt=ε− υ[UmuD2][Lon-протеаза]

d[UmuD2’]/dt=η− φ[UmuD2][UmuD]

d[UmuDD’]/dt= μ φ[UmuD2’][UmuD] −ω[ClpXP][UmuDD’]


Sos e coli

Решения

UmuD2

UmuD’2

UmuDD’

8

  • Параметры системы: ε,υ, η, μ,, φ, ω, [UmuD],

    [Lon-протеаза], [ClpXP], [RecA*]

  • Переменные:

    [UmuD2],[UmuD2’], [UmuDD’].

    Начальные условия:

  • [UmuD2 ](0) = 1,

  • [UmuD’2] (0) = 0,

  • [UmuDD’] (0) = 0.

6

4

2

Время,мин

20

30

50


2 sos

Этап 2. Моделирование кинетики комплексов SOS-системы.

  • Дифференциальное уравнение, описывающее изменение концентрации комплекса:

    d[комплекс]/dt=V(комплекс+)-V(комплекс-),

    V(комплекс+) и V(комплекс-) – скорости прироста и убывания концентрации соответственно.

    Тогда система будет иметь вид:

    d[UmuD2C]/dt=α1[UmuD2][UmuC] − β1[UmuD2C][Lon-протеаза]

    d[UmuD2’C]/dt= α2[UmuD2’][UmuC] − β2[UmuD2’C][UmuD]

    d[UmuDD’C]/dt= α3[UmuDD’][UmuC]+ β2[UmuD2’C][UmuD]−

    − β3[UmuDD’C][ClpXP-протеаза]


Sos e coli

Решения

UmuD2C

UmuD2’C

UmuDD’C

8

  • Параметры:α1, α2, α3, β1, β2, β3, [UmuD]

    [Lon-протеаза].

  • Переменные:

    [UmuD2C], [UmuD2’C],

    [UmuDD’C]

    [UmuD2], [UmuD2’], [UmuDD’].

  • Начальные условия:

    [UmuD2C](0)=0

    [UmuD2’C](0)=0

    [UmuDD’C](0)=0

4

2

20

40

Время,мин

120


Sos e coli

Выводы.

  • Моделирование кинетики белковых комплексов позволяет проследить, как изменится их концентрация при изменении индуцирующего фактора.

    (Например, при изменении концентрации действующего вещества или его замене другим).

  • Кроме того, механизм SOS-репарации лежит в основе возникновения устойчивости болезнетворных бактерий к антибиотикам. И поэтому очень важно знать, с какой скоростью меняются концентрации белков SOS-регулона и к каким последствиям это приведёт, чтобы создать лекарство, которое бы замедляло процесс возникновения устойчивости и было безопасным для человека.


Sos e coli

Список использованной литературы:

  • О. В. Белов: «Моделирование кинетики индуцибельных белковых комплексов SOS-системы бактерии E.coli, осуществляющих процесс TLS».

  • В. Ю. Ушаков: «SOS-система репарации ДНК у бактерий»(обзорная статья)


Sos e coli

Спасибо за внимание!


  • Login