La cinetique logique
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LA CINETIQUE LOGIQUE. Les gènes Hox. Les gènes Hox. Propriétés des gènes Hox Réduction du modèle Construction du modèle Conventions Modèle descriptif Système d’équations Évolution du système Table de vérité littérale et valeurs des K i Fonctionnalité des boucles de rétroaction

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LA CINETIQUE LOGIQUE

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Presentation Transcript


La cinetique logique

LA CINETIQUE LOGIQUE

Les gènes Hox


Les g nes hox

Les gènes Hox

  • Propriétés des gènes Hox

  • Réduction du modèle

  • Construction du modèle

    • Conventions

    • Modèle descriptif

    • Système d’équations

  • Évolution du système

    • Table de vérité littérale et valeurs des Ki

    • Fonctionnalité des boucles de rétroaction

    • Pseudo-carte de Karnaugh

    • Problèmes

  • Vers une amélioration du système


Propri t s des g nes hox

Propriétés des gènes Hox

  • Gènes responsables de la détermination de l’axe antéro-postérieur

  • 1ère Notion : Combinaison

  • 2ème Notion : Colinéarité


R duction du mod le

Réduction du modèle

  • Modèle établi à partir de trois gènes


Construction du mod le

Construction du modèle

  • Conventions:

1sa

2sa

  • Variable mémoire:

    • Concentration du facteur de transcription codé par le gène X

  • Fonction logique:

    • Synthèse du facteur de transcription codé par le gène X

0

1

2

2sb

1sb

sc

0

1


Construction du mod le1

Construction du modèle

  • Modèle descriptif

+2

+2

a

b

c

+1

+1

+1


Construction du mod le2

+2

+2

b

a

c

+1

+1

+1

Construction du modèle

  • Système d’équations:

A = dA ( kaa.1a + kba. 1b )

B = dB ( kab.2a + kcb.c )

C = dC ( kbc.2b )


Volution du syst me

Évolution du système

  • Table de vérité littérale et valeurs des Ki :


Volution du syst me1

Évolution du système

  • Fonctionnalité des boucles de rétroaction :

    • 3 boucles fonctionnelles

    • 3 points caractéristiques:

      1sa002sa1sb022sb1sc

+2

+2

a

a

b

b

c

+1

+1

+1


Volution du syst me2

Évolution du système

Pseudo-carte de Karnaugh

  • Condition: le délai d’activation de la synthèse du facteur de transcription codé par le gène X-1 par le facteur de transcription X est supérieur au délai de dégradation des facteurs de transcription codées par les gènes X et X+1

Exemple:

110

0+1-0

000


Volution du syst me3

Évolution du système

  • Problèmes:

    0+21  1+21  221

    

    0+2-0+ 1+2-0+

Évolution incorrecte


Vers une am lioration du syst me

Vers une amélioration du système

  • Réaliser des expériences permettant de définir des délais

  • Autre modèle possible:

    • Condition: l’expression du gène X+1 nécessite l’expression du gène X

    • Système d’équations:

      A = dA ( kaa . 1a + kba . 1b . 2a)

      B = dB ( kab . 2a + kab+cb . c . 2a)

      C = dC ( kbc . 2b )

    • Pseudo-carte de Karnaugh


Conclusion

Conclusion

  • Multistationnarité

  • Phénomène biologique: la différenciation

  • Représentation caricaturale


La cinetique logique

Pseudo-carte de Karnaugh

c

0+21

1+21

221

0+1+1-

1+1+1-

21+1-

00+1-

10+1-

2-0+1-

1sc

b

0+2-0+

1+2-0+

22-0+

2sb

0+1-0

1+1-0

210

1sb

000

100

2-0+0

a

1sa

2sa


La cinetique logique

Pseudo-carte de Karnaugh

201/110

211/210

221/221

a

200/110

210/210

220/211

2sa

101/100

111/100

121/100

100/100

110/100

120/100

c

1sa

001/000

011/000

021/000

1sc

000/000

010/000

020/000

2sb

b


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