1 / 14

Анализ опубликованных последовательностей SOIV (апрель-май 2009 г.)

Анализ опубликованных последовательностей SOIV (апрель-май 2009 г.). Состояние на 05.05.2009 20:00 мск. 1490 случаев в 21 стране 57 штаммов из 11 стран США – 22 Канада – 9 Мексика – 7 Испания – 4 Италия – 4 Израиль – 4. Новая Зеландия - 3

morgan-durham
Download Presentation

Анализ опубликованных последовательностей SOIV (апрель-май 2009 г.)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Анализ опубликованных последовательностей SOIV (апрель-май 2009 г.)

  2. Состояние на 05.05.2009 20:00 мск • 1490 случаев в 21 стране • 57 штаммов из 11 странСША – 22Канада – 9Мексика – 7Испания – 4Италия – 4Израиль – 4 Новая Зеландия - 3 Германия – 1Швейцария – 1Нидерланды – 1Дания – 1

  3. Полностью секвенированы геномы: • A/California/04/2009 (выделен 01.04.2009) • A/California/06/2009 (выделен 16.04.2009) • A/Mexico/4604/2009 (выделен 19.04.2009) • A/New York/18/2009 (выделен 25.04.2009) • A/Canada-ON/RV1527/2009 • A/Mexico/InDRE4487/2009

  4. Характеристика HA • Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 98,8% • Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: L32I (два испанских штамма),S83P (большинство штаммов из Калифорнии),S203T (все штаммы из Нью-Йорка).

  5. Характеристика HA • Наибольшее сходство (95%) с A/swine/Indiana/P12439/00 (H1N2) – типичный представитель североамериканской линии «свиного гриппа» (с 1999 г.) - тройной реассортант - 26 ак замен • A/Wisconsin/10/1998 (H1N1) (92%) – тройной реассортант (полимераза – от человека (PB1) и птицы (PB2, PA)) – 20 ак замен (в неполной последовательности) (Из Olsen, 2002)

  6. Сравнение с A/Brisbane(H1N1)-подобными штаммами • Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H1N1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 79% • Отличия103 аминокислотных замены>30 из них в антигенных сайтах>20 из них существенныинсерция 1 а.о. (K) между 129 и 130 А/Brisbane/59/2007появление сайта гликозилирования в положении 276

  7. Сравнение с A/swine/New Jersey/11/76 • Гомология HA штаммов А/California/04/09 и А/Texas/05/09 с HA штамма A/swine/New Jersey/11/76, составляет 90% • Отличия35 аминокислотных замен 14 из них – в антигенных сайтах

  8. Характеристика NA • Идентичность нуклеотидных последовательностей секвенированных штаммов составляет 94,2% • Вариабельные позиции в аминокислотных последовательностях: S95G (A/California/06/2009),V106I,N248D (все штаммы из Нью-Йорка и Огайо).

  9. Характеристика NA • Наибольшее сходство (94%) с A/Swine/England/195852/92 (H1N1)– представитель евразийской линии «свиного гриппа». N1 свиная птицеподобная (avian-like) • A/Thailand/271/2005(H1N1) (90%) – возбудитель заболевания у 4-летнего мальчика (ринорея, миалгия, повышенная температура тела). Все сегменты генома от евразийской линии «свиного гриппа», кроме NS (от североамериканской).

  10. Сравнение с A/Brisbane(H1N1)-подобными штаммами • Гомология со штаммом А/Brisbane/59/2007 (H1N1), рекомендованным ВОЗ в качестве вакцинного, по последовательности НА составила 77,3% • Отличия87 аминокислотных заменделеция 1 а.о. T436del A/Brisbane/59/2007

  11. Reid A. H., Fanning T. G., Janczewski T. A. Taubenberger J. K. Characterization of the 1918 ‘‘Spanish’’ influenza virus neuraminidase gene //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. Vol. 97. P. 6785-6790

More Related