Mutation & Rapair

2. Mutation & Rapair

3. Mutation • การเปลี่ยนโครงสร้างของ Genes • ทำให้เกิด genes รูปแบบใหม่ (Alternative forms) • เป็นคุณลักษณะอย่างหนึ่งของ genes ที่เปลี่ยนแปลงได้ ผล - เปลี่ยน Phenotype หรือไม่เปลี่ยน - เกิด Biodiversity - ใช้ศึกษา การควบคุมพันธุกรรม

4. Types of Mutation ใน Molecular Genetics • I. Mutation ระดับ DNA sequence • II. Mutation ระดับ Gene • III. Reversion Effect ของ Mutation

5. I. Mutation ระดับ DNA sequence 1. Point Mutation 2. Insertion 3. Deletion 4. Inversion II. Mutation ระดับ Gene 1. Silent mutation 2. Missense mutation 3. Nonsense mutation 4. Frameshift mutation III. Reversion Effect ของ Mutation 1 Back mutation 2. Second site reversion 3. Suppression

6. I. Mutation ระดับลำดับDNA(DNA sequence)

7. Bases ใน Nucleic Acids

8. CH3

9. 1. Point Mutations • mutation โดยแทนที่ 1 nucleotide ด้วยอีก nucleotide • อาจเป็นได้ทั้ง • Transitionคือแทนที่ระหว่าง base กลุ่มเดียวกัน • purine to purine (A --> G) หรือ • pyrimidine to pyrimidine (T--> C) • Transversion คือ แทนที่ระหว่าง base ต่างกลุ่ม • purine to pyrimidine (A --> T) • pyrimidine to purine (G --> C)

10. Point mutation

11. 2. Insertion • Insertion คือ การสเพิ่ม base pair ใน DNA

12. 3. Deletion • Deletion คือ การเอา base pair ออกจาก DNA

13. 4. Inversion • เป็นการตัดส่วนของ DNA duplex แล้วแทรกใส่เข้าไปอีกครั้งในตำแหน่งเดิมแต่สลับทิศทาง

14. Mutation ทำให้เปลี่ยนแปลงที่ DNA sequence • Point mutation • Insertion / Deletion • Inversion

15. II. Mutation ระดับ Gene Mutation เกิดใน Intergenic region ไม่แสดง effect Mutation เกิดใน Coding region แสดง effect

16. 1. Silent mutation • เมื่อเกิด point mutation ในตำแหน่งที่ 3 ของ codon เนื่องจากความไม่คงที่ (wobble) ของ genetic code ทำให้ไม่มีผลเปลี่ยน amino acid sequence ของ gene product --> ไม่ให้ mutant phenotype • Mutation ภายใน intron

17. Silent Mutation

18. 2. Missense mutation • เป็น Point mutation 1 base แล้วเป็นผลให้เปลี่ยน codon --> เปลี่ยน amino acid • ส่วนมากเกิดกับ ตำแหน่งที่ 2 หรือ 3 ของ cocdon • ส่วนน้อยที่เกิดกับตำแหน่งที่ 3 (wobble) • ทำให้เปลี่ยนเป็น mutant phenotype ขึ้นกับ amino acid sequence

19. Missense Mutation

20. 3. Nonsense mutation • Point mutation ที่เปลี่ยน codon ปกติให้เป็น stop codon • ทำให้ gene กุด (truncated gene) --> polypepttide สูญเสียส่วนปลาย carboxyl ซึ่งอาจเป็นส่วนจำเป็นของ protein ก็ได้ • ผลเปลี่ยนเป็น mutant phenotype

21. Nonsense Mutation

22. 4. Frameshift mutation • เป็น Insertion หรือ deletion หลาย base pairs แล้ว ทำให้ชุดของ codon (reading frame) ส่วนหลังของ mutation เป็นต้นไปเปลี่ยน • ผลเปลี่ยนเป็น mutant phenotype

23. Frameshift Mutation

24. III. Reversion Effect ของ Mutation

25. III. Reversion Effect ของ Mutation • Mutant ที่ กลับไปเป็น wild-type phenotype เพราะ Second mutation • Second mutation ทำให้ restore nucleotide sequence ดั้งเดิม ของ DNA • Back mutation โดย point, insertion และ deletion mutation • Second site mutation (Forward mutation) • Suppression mutation

26. 1. Back mutation

27. 2. Second site mutation • Mutation อันที่ 2 ใน gene เดิมที่ restore original phenotype แต่ไม่ restore original DNA sequence เช่น • Mutation อันที่1 เกิด missense mutation ที่ DNA • Mutation อันที่ 2 เกิดที่ codon เดียวกับ missense mutation ที่ mRNA --> ได้ gene product เหมือน origin แต่ DNA sequence ไม่เหมือนเดิม

29. 3. Suppression mutation • Mutation อันที่ 2 ในต่าง gene • เกิดกับ anticodon เพื่อไป reverse หรือ suppress stop codon mutant (nonsenese mutation)

30. Suppression mutation

31. สาเหตุของ mutation

32. Causes of Mutations 1. Spontaneous Mutations 2. Chemical Mutations 3. Radiation-induced Mutations Mutagens คือ chemical agents หรือ physical agents ที่ทำให้เกิด mutation Mutagenesis คือ การเกิด mutation

33. 1. Spontaneous Mutation

34. 1. Spontaneous Mutation • mutation เกิดเองระหว่าง replication • ใน bacterial cell เกิดทุก ๆ 1 cell ใน 108 cell divisions • ในคน rate ยิ่งสูงกว่า มักเกิดอย่าง random • โดยเป็นความบกพร่องของ DNA replication ที่เล็ดลอด proofreading function ของ replicating enzymes • Spontaneous mutation เกิดจากหลายสาเหตุ • Replication mechinary • Tautomeric shift ของ Base • Frameshift ระหว่าง replication

35. 1.1 Replication machinery • E.coli mutant strains มี unfaithful replication เรียกว่า Mutators • Gene ของ DNA Polymerase encode ให้ mutant subunits --> mismatch repair และ proofreading ไม่ได้ใน replication • Rate mutation ของ mutator สูงกว่าปกติและ mutator ปรับตัวต่อ environment ได้ดี

36. 1.2 Tautomeric shift ของ base • Base ที่เป็นส่วนประกอบใน DNA มีได้ 2 form/Tautomer • Tautomersคือ structural isomer ที่มี สูตรโครงสร้าง้หมือนกัน แต่ โครงสร้างโมเลกุลต่างกัน • แต่ปกติ ใน DNA แต่ละ base มี form เดียว • การเปลี่ยน form ของ base เรียกว่า Tautomerization หรือ Tautomeric shift Purine Pyrimidine A amino --> imino T keto --> enol G keto --> enol C amino --> imino

37. Common Rare

38. Tautomers ของ Base ใน DNA Base pairing Base pairing ปกติ ไม่ปกติ T keto = A amino T enol G keto T keto G enol C amino G keto C imino = A amino C amino = A imino

39. กลไกการเกิด mutation จาก tautomers

40. 1.3 Frameshift mutation • ระหว่าง DNA replication มี insertion/deletion • ทำให้ reading frame ของ codons เปลี่ยนตั้งแต่จุดเกิด mutation • ได้ mutant protein

41. Frameshift mutation

42. 2. Chemical - Induced Mutation

43. 2. Chemical Mutagenesis • Mutation โดย chemicals และ radiation เกิดบ่อยกว่า spontaneous mutation • Chemicals บางอย่างเร่งอัตรา mutation หรือ induced mutation • Chemicals นั้นเรียกว่า Mutagens • Chemical mutagens 2 กลุ่มใหญ่ • Mutagenic ต่อ replicating DNA • Mutagenic ต่อ replicating และ nonreplicating DNA • Chemical mutagens ที่มีประสิทธิภาพ (potent) 5 กลุ่ม

44. Chemical Name Common Name I. Alkylating agents Di-(2-chloroethyl) sulfide Mustard gas or sulfur mustard Di-(2-chloroethyl) methylamine Nitrogen mustard Ethylmethane sulfonate EMS Ethylethane sulfonate EES II. Base analogs 5-Bromouracil 5-BU 2-Aminopurine 2-AP III. Acridines 2,8-Diamino acrdine Proflavin IV. Deaminating agents Nitrous acid - V. Hydroxylating agent Hydroxylamine HA

45. I. Alkylation • การใส่ Methyl [CH3] หรือ Ethyl [CH2] groups เข้าที่ base ของ DNA • ทำให้เปลี่ยน base pairing • Alkylation ส่วนมากเกิดกับ • Adenine : ถูกใส่ alkyl group ที่ N3 ของ base • Guanine : ถูกใส่ alkyl group ที่ N7 ของ base

46. Alkylation

47. II. Base Analog • Base analog มี โครงสร้างคล้าย • normal base และ ใส่เข้า DNA ได้ เช่น • 5-bromouracil [BU] และ • 2-aminopurine [AP] • ทำให้ mispairing และ เกิด mutation ระหว่าง replication

48. Base analog

49. III. Intercalation • Positively charged molecules สอดแทรกโมเลกุลเข้าในโมเลกุล DNA ระหว่างชั้นของ base pairs ของ DNA • Proflavin, Acridine orange, Ethidium bromide และ related compounds • ทำให้ DNA แข็ง, เปลี่ยนรูปแบบ (conformation) และงอ • Acridine-induced mutation ระหว่าง replication โดย insertion หรือ deletion 1 - 3 base pairs --> frameshift --> gene product ที่ไม่ function