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Prácticas TPP

Prácticas TPP. Salvador Martínez de Bartolomé smartinez@proteored.org Bioinformatics support – ProteoRed Proteomics Facility, National Center for Biotechnology, Madrid. Prácticas TPP. TPP: http://localhost/tpp-bin/tpp_gui.pl Usuario: tutorial, password: tutorial Datos de entrada:

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Presentation Transcript

  1. Prácticas TPP Salvador Martínez de Bartolomé smartinez@proteored.org Bioinformatics support – ProteoRed Proteomics Facility, National Center for Biotechnology, Madrid

  2. Prácticas TPP • TPP: http://localhost/tpp-bin/tpp_gui.pl • Usuario: tutorial, password: tutorial • Datos de entrada: • Fichero Raw: 220708_EC_JK_iTRAQ_3ug.RAW de Thermo, LTQ Linear Ion Trap • Localizado en: “C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba”  directorio de trabajo • Flujos de trabajo: • SEQUEST • MASCOT • Tandem

  3. Flujos de trabajo del TPP con SEQUEST Sequest.params RAW Thermo mzXML SEQUEST .SRF Bioworks .Out interact pepXML Peptide Prophet pepXML interact ProtXML Protein Prophet

  4. Prácticas TPP • SEQUEST (1) • La búsqueda ya se hizo con sequest en un ordenador con licencia. Los resultados fueron guardados en el fichero: JK_itraq_3ug_dedtas.SRF. • Convertir SRF en Outs: • Abrir Bioworks Browser. ToolsConvertTurbo Sequest ResultsCreate DTA and OUT files • Turbo Sequest Results: C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\SEQUEST\Dtas_Outs • SRF file: C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\SEQUEST\SRFs\ JK_itraq_3ug_dedtas.SRF

  5. Prácticas TPP • SEQUEST (2) • Crear pepXML a partir de OUTs: • En TPP, en el flujo de trabajo de SEQUEST, seleccionar pestaña pepXML • 1. Directory with .out files to convert to pepXML: C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\SEQUEST\Dtas_Outs • 2. (Optional) Specify Sequest Parameters File: C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\parameters\busqDir.params • 3. Options: nada • Click en “Convert to pepXML” • Se ha creado el fichero “Output_SEQUEST.pep.xml” • Abrir el visor de pepXML, pinchando en pepXML

  6. Prácticas TPP • SEQUEST (3) • Analizar los péptidos con peptideProphet • En Analysis pipeline (SEQUEST), seleccionar Analyze Peptides • Select File(s) to Analyze: Output_SEQUEST.pep.xml • Output File and Filter Options : cambiar el nombre a sequest.interact.pep.xml • Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada • Click en “Run XInteract” • Se crea el fichero sequest.interact.pep.shtml. • Verlo con el visor de pepXMLs, clickando en “View”

  7. Prácticas TPP • SEQUEST (4) • Analizar las proteínas con proteinProphet • En Analysis pipeline (SEQUEST), seleccionar Analyze Proteins • Select File(s) to Analyze: sequest.interact.pep.xml • Output File and Filter Options : cambiar el nombre a SEQUEST.interact.prot.xml • Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada • Click en “Run XInteract” • Se crean los ficheros SEQUEST.interact.prot.shtml y sequest.interact.prot.xml • Verlo con el visor de protXMLs, clickando en “View” • Observar la tasa de error en Sensitivity/Error Info

  8. Flujos de trabajo del TPP con MASCOT RAW Thermo .dat mzXML MASCOT mgf interact pepXML Peptide Prophet pepXML interact ProtXML Protein Prophet

  9. Prácticas TPP • MASCOT (1) • La búsqueda ya se hizo con MASCOT. Los resultados fueron exportados en formato pepXML en el fichero: Output_MASCOT.pep.xml • Crear pepXML a partir de DAT: • En TPP, en el flujo de trabajo de MASCOT, seleccionar pestaña pepXML • 1. Files to convert to pepXML: c:/Inetpub/wwwroot/ISB/data/practica_Cordoba/MASCOT/Output_MASCOT.dat • 2. Specify Database Used in MASCOT Search: c:/Inetpub/wwwroot/ISB/data/dbase/Uniprot_sprot_jul08_HUMAN/Bioinfo_Course_spHUMAN.fasta • 3. Options: nada • Click en “Convert to pepXML” • Se ha creado el fichero “Output_MASCOT.pep.xml” • Abrir el visor de pepXML, pinchando en pepXML (quizás da error)

  10. Prácticas TPP • MASCOT (2) • Analizar los péptidos con peptideProphet • En Analysis pipeline (MASCOT), seleccionar Analyze Peptides • Select File(s) to Analyze: Output_MASCOT.pep.xml • Output File and Filter Options : cambiar el nombre a mascot.interact.pep.xml • Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada • Click en “Run XInteract” • Se crea el fichero mascot.interact.pep.shtml. • Verlo con el visor de pepXMLs, clickando en “View”

  11. Prácticas TPP • MASCOT (3) • Analizar las proteínas con proteinProphet • En Analysis pipeline (MASCOT), seleccionar Analyze Proteins • Select File(s) to Analyze: mascot.interact.pep.xml • Output File and Filter Options : cambiar el nombre a mascot.interact.prot.xml • Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada • Click en “Run XInteract” • Se crean los ficheros mascot.interact.prot.shtml y mascot.interact.prot.xml • Verlo con el visor de protXMLs, clickando en “View” • Observar la tasa de error en Sensitivity/Error Info

  12. Flujos de trabajo del TPP con TANDEM RAW Thermo mgf .xml.tandem mzXML TANDEM interact pepXML Peptide Prophet pepXML interact ProtXML Protein Prophet

  13. Prácticas TPP • TANDEM(1) • Ahora vamos a hacer la búsqueda en TANDEM a través de GPM http://localhost/tandem/thegpm_tandem.html • Buscar en TANDEM con GPM: http://localhost/tandem/thegpm_tandem.html • Click en “advanced page” • 1. spectra: Seleccionar como entrada el fichero: 220708_EC_JK_iTRAQ_3ug.mgf en el directorio MASCOT • 2. taxon: Selecciona uniprot_sprot (human) • Add to gpmDB: no • Fragment error tol: 0.6 Da • Parent mass error: 1.2 Da • Refine model: no

  14. Prácticas TPP • TANDEM(2) • Missed cleavage sites allowed: 2 • Click en “Find models” • Exportar la búsqueda: • Con el botón derecho en XML: guardar enlace como… • Guardar el fichero en C:\Inetpub\wwwroot\ISB\data\practica_Cordoba\XTANDEM\Output_TANDEM.tandem

  15. Prácticas TPP • TANDEM(3) • Crear pepXML a partir de tandem: • En TPP, en el flujo de trabajo de TANDEM, seleccionar pestaña pepXML • 1. Files to convert to pepXML: c:/Inetpub/wwwroot/ISB/data/practica_Cordoba/XTANDEM/Output_tandem.xml.tandem • Click en “Convert to pepXML” • Se ha creado el fichero “Output_tandem.xml.tandem.pep.xml” • Abrir el visor de pepXML, pinchando en pepXML

  16. Prácticas TPP • TANDEM (4) • Analizar los péptidos con peptideProphet • En Analysis pipeline (TANDEM), seleccionar Analyze Peptides • Select File(s) to Analyze: Output_TANDEM.xml.tandem.pep.xml • Output File and Filter Options : cambiar el nombre a tandem.interact.pep.xml • Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada • Click en “Run XInteract” • Se crea el fichero tandem.interact.pep.shtml. • Verlo con el visor de pepXMLs, clickando en “View”

  17. Prácticas TPP • TANDEM (5) • Analizar las proteínas con proteinProphet • En Analysis pipeline (TANDEM), seleccionar Analyze Proteins • Select File(s) to Analyze: tandem.interact.pep.xml • Output File and Filter Options : cambiar el nombre a tandem.interact.prot.xml • Peptide Prophet options y subsiguientes menús: nada • Click en “Run XInteract” • Se crean los ficheros tandem.interact.prot.shtml y tandem.interact.prot.xml • Verlo con el visor de protXMLs, clickando en “View” • Observar la tasa de error en Sensitivity/Error Info

  18. Prácticas TPP • Comparación de resultados en Phenyx • http://bioinfoinb.cnb.csic.es:8080/pwi • User: tutorial • Password: tutorial • Seleccionar los tres jobs • Action on selected: compare M P T

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