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Modelamiento de Proteinas

Dinámica molecular y análisis de la energía libre de Interacciones inhibidor cathepsin D: Penetración en diseño de Structure-Based Ligando. Shuanghong Huo, 2001. Modelamiento de Proteinas. INTRODUCCION.

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  1. Dinámica molecular y análisis de la energía libre de Interacciones inhibidor cathepsin D: Penetración en diseño de Structure-Based Ligando.Shuanghong Huo, 2001. Modelamiento de Proteinas

  2. INTRODUCCION - Se realizo Estudios en un grupo de I. CAT D de E°L. Por MD. Método de Solvente Continuo. (MM-PBSA). • 07 I. sintetizados por quimica combinatorial, con e/p = 1Kcal/mol y cc. =0.98 - El docking tanto en Rayos – X, y MD son concordantes, para un Péptido inhibidor unido a Cat D. geometricamente. - Sin embargo, la función DOCK scoring basado en Fuerzas Vdw y Electrostáticas Utilizan una Cte Dieléctrica dependiente en distancias reproduce una pobre tendencia experimental de afinidad de unión a estos Is. • Finalmente el uso de análisis PROFEC, permitió identificar dos sustituciones posibles para mejorar la unión a uno de los mejores inhibidores de Cat D

  3. INTRODUCCION • Catepsina D : Proteína Aspartica lisosomal, puede cortar precursores proteínicos β-amiloideos para liberar peptidos alzeimer. • Implicado en cáncer: de mamas y ovárico. • Diseño de estructuras junto con química combinatorial ha sido exitosamente usado para el diseño de inhibidores no peptidicos de Cat D. • Tomando como modelo la estructura obtenida con R- X, la catepsina humana con su I. pepstatina, se diseño una estructura con el algoritmo COMBIBUILD, a fin de buscar una nueva conformación optima estructural. • Nuevos métodos han sido desarrollados para calcular la E°L. en forma rápida y practica. MD, MM-PBSA, LIE (Energía Lineal de Interacción), Empíricos como LUDI. • LIE, método semiempirico, propuesto por Aqvist. (calcula el Peso de Interacciones Electrostáticas y vdW). Interacciones entre el ligando y el receptor.

  4. Objetivo1.- Si el método MM-PBSA proporciona una evaluación cuantitativa de la unión de un grupo de compuestos de CatD con parámetros no adjuntos de los factores de peso de las interacciones E° y vdW.2.- Exploraron modificaciones de estos compuestos que pueden dar alta afinidad de union a ligandos. Calculo de la unión del diseño de inhibidores de CatD usando el método MM-PBSA. Que combina modelos de solvatacion internos y externos, por (PB).

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