Bacterial luciferase vibrio harveyi
Download
1 / 33

Bacterial luciferase Vibrio harveyi - PowerPoint PPT Presentation


  • 89 Views
  • Uploaded on

Bacterial luciferase Vibrio harveyi. Выполнила: Авсиевич Т. И. В рамках курса: Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях. 1 LUC. http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1LUC. Данные о белковой структуре и последовательности с

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about ' Bacterial luciferase Vibrio harveyi' - libby


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
Bacterial luciferase vibrio harveyi

Bacterial luciferaseVibrioharveyi

Выполнила: Авсиевич Т. И.

В рамках курса:

Информационно-коммуникационные технологии в естественнонаучных исследованиях

1LUC


Http www rcsb org pdb explore explore do structureid 1luc
http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1LUC

Данные о белковой структуре и последовательности с

Protein data bank

  • Свойства:

  • Гетеродимер, 80 кДа

  • Субстраты: RCHОи FMNН2

  • Катализирует биолюминесцентную реакцию свечения бактерий


Работа со слоями

  • Активный (т.е. доступным для манипуляций) или же неактивный.

  • Видимый (т.е., отображенным в графическом окне) или невидимый.

  • Подвижный или же неподвижный. Когда Вы вращаете или перемещаете изображение в графическом окне, ваши действия влияют лишь на подвижные слои.


Иконки для измерения расстояний и углов между атомами

  • Иконка со знаком вопроса и надписью LEU 41 – позволяет "идентифицировать" атом (определить название цепи, название остатка, название атома, его номер) и поставить метку у данного остатка или атома.

  • Иконка с глазом, кругом и надписью 1А – позволяет показать/скрыть атомы, которые находятся на определенном расстоянии от выбранного атома.

  • Иконка с глазом и стрелками сходящимися в одну точку – центрирование молекулы по определенному атому.

  • Иконка с точками красного и зеленого цвета и стрелкой – установка одной молекулы на другой (возможно только, если загружено более одной молекулы).

  • Mutation – замена остатков на другие

  • Torsion – изменение торсионных углов при моделировании


Управление отельными аминокислотными остатками

  • Control Panel

  • В столбцах – разные параметры визуализации

  • Галочками активизируются нужные параметры

    Заголовки столбцов:

  • Group - группами здесь называются цепи,а/к остатки,атомы воды,металлов, и т.д.

  • Show – видим/невидим данный остаток

  • Side - показывать боковые цепи

  • Labl – показывать ярлык остатка

  • :: - показывать Ван-дер-Ваальсовы сферы

  • Col - окраска

  • BS – окраска чего (BS=backbone+side, B=backbone, S=sidechain, R=ribbon, L=label, U=surface)



Функция Ala75 на альфа-субъединице формирует предполагаемый активный центрSlab (Сечение)


Ala74 75
Данный участок принадлежит Ala75 на альфа-субъединице формирует предполагаемый активный центрβ-листу (Ala74,75принадлежит β тяжу)


Выделение цепи – щелчок мышкой по букве обозначающей цепь


Участок, образуемый этими аминокислотами равен 4 Å


1 luc 4 80
Электростатический потенциал 1 аминокислотами равен 4 LUC белка (ε=4) в воде (ε=80)


Предполагаемый активный центр аминокислотами равен 4


Молекулярная поверхность аминокислотами равен 4


Поверхности и полости аминокислотами равен 4

Площадь(Å2) Объем (Å3)

.


Электростатический потенциал аминокислотами равен 4


1 8 ans
Люцифераза и аминокислотами равен 4 1,8-ANS

http://www.chembase.com/mol_1369.htm


1 8 ans1
1,8- аминокислотами равен 4 ANS (электростатический потенциал)


3 fgc http www rcsb org pdb explore do structureid 3fgc
3 аминокислотами равен 4 fgc (http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=3FGC)


Сайт связывания аминокислотами равен 4 FMN (2009)

Предполагаемый сайт связывания (1996)


Анализ активного сайта люциферазы

  • " Compute H-bonds" вкладка "Tools”

  • В Control panel выбрать лиганд

  •  "Display Menu " => "Show Only H-bonds from selection" 

  • "Show only groups with visible H-bond"


Водородные связи между аминокислотами активного центра и FMN


Активный центр является самой большой из полостей


Bacterial luciferase photobacterium leiognathi
Bacterial большой из полостей luciferasePhotobacteriumleiognathi

  • Загрузкафайл в формате FASTA с Uniprothttp://www.uniprot.org/uniprot/P09140

  • Открываем его как текстовый файл


Загрузка моделируемой последовательности (мишень)


Поиск гомологичной последовательности (шаблона)

  • Выделяем все молекулы мишени

  • Edit>BLAST Selection vs. ExPDB (связывается с сервером и подбирает гомологи)

Кликните на файл для загрузки


3 последовательности (шаблона)fgc A – шаблон

Photobacteriumleiognathi(LUXA) – моделируемая последовательность


Fit fit raw sequence photobacterium leiognathi
Fit>Fit Raw Sequence последовательности (шаблона)модель субъедницы А (Photobacteriumleiognathi)


Участки требующие дополнительной корректировки


ad