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HERVs 의 LTR 은 강력한 프로모터로 작용하지만 특정 유전자에서만 작용을 하고 있으며 , 또한 특정 조직이나 cell line 에서만 작용하고 있다 . 무엇이 이러한 HERV 들을 조절하는 것일까 ?. Transcription. DNA. RNA polymerase. Transcription factors. 가장 중요한 것인 active site 의 확보이다 . 다양한 유전자들에서 hypersenstive site 가 activated 되기 전에 나타난다. Methylation.

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Presentation Transcript

  1. HERVs 의 LTR은 강력한 프로모터로 작용하지만 특정 유전자에서만 작용을 하고 있으며, 또한 특정 조직이나 cell line에서만 작용하고 있다. 무엇이 이러한 HERV들을 조절하는 것일까?

  2. Transcription DNA RNA polymerase Transcription factors • 가장 중요한 것인 active site의 확보이다. • 다양한 유전자들에서 hypersenstive site가 activated되기 전에 나타난다.

  3. Methylation 초파리와 꼬마 선충, 효모에는 메틸레이션이 일어나지 않고 박테리아에서는 아데닌과 시토신이 모두 메틸레이션이 된다.

  4. CpG islands는 보통 5’쪽에 나타나지만, 3’쪽에 나타나기도 한다.

  5. 실험 방법 Methylated GC dinucleotide에 민감한 Isoschizomers를 사용해서 실험을 하면 메틸레이션 양상을 볼수 있다. 만약 메틸레이션이 일어나서 DNA가 HpaII에 잘려지지 않으면 그부분은 inactive한 상태이고, 메틸레이션이 일어나지 않아서 잘려지면 active한 상태인 것이다.

  6. 일반적인 경우 CpG doublets은 약 100bp 당 1개 꼴로 발견되지만, APRT같은 경우는 10배나 많이 발견되는 경우도 있다. 감마 글로빈은 -200~+90사이에서 메틸그룹이 있으면, 전사가 억제된다.

  7. CpG island에 Methylation이 일어나면 어떻게 전사에 영향을 줄것인가? • 특정 factor의 binding을 막아서 조절한다. (promoter나 조절인자의 binding site) • DNA에 결합하는 억제자를 유도한다.

  8. Produced by Huh Jae-Won

  9. 방법 결국 5-methylcytosine만 cytosine으로 증폭된다. 그러므로 cytosine을 찾아서 메틸레이션 맵을 작성한다.

  10. RT-PCR의 mRNA pool 과 5’LTR의 promoter activity는 상관관계가 없다. 3 1 2

  11. In vitro 실험 메틸레이션된 정도와 promoter activity와는 negatively correlation을 보여준다.

  12. CpG 메틸레이션이 HERV-K의 provirus가 germ line에 integration 한 뒤에 silencing 시켰다.

  13. Discussion • CpG methylation이 직접적으로 HERV-K 의 전사를 조절한다. (Tera-1 cell line) • 하지만 T47D cell line에서는 CpG methylation이외에 다른 factor가 HERV-K의 전사를 조절 할 것이다. • 1의 결과는 GCT(HERV-K up regulation과 hypomethylation)에 적용 가능하다. 즉 CpG가 hypomethylation으로 진행이 되면 HERV-K 5’LTR의 activity에 영향을 준다. (seminoma tumor, ovarian carcinoma에서 hypomethylation이 관찰되었다.) • GCT(germ cell tumor) : seminoma, choriocarcinoma, yolk sac tumor, embryonal carcinoma, teratocarcinoma의 종류가 있다.

  14. Progressing report • SVA(Sine-R): 분자 계통분류학적인 방법을 통해 패밀리정의(태홍, 유연)-진행중 • 휴먼 Vs 침팬지의 비교를 통한 tendom repeat연구(태형, 대수)-진행중 • 허부 관련된 유전자 연구-계획-진행중(실원 모두) • 휴먼 그리고 침팬지 특이적인 리피트 엘리먼트 동정-계획단계(재형)

  15. HERV-K related gene for experiments Produced by Huh jae-won

  16. 1-SIPL: alternative start 제공 재원 BQ016934: lung(cystic fibrosis-섬유증) : start뿐만 아니라 단백질도 바뀜

  17. Alternative splicing: CB121278(cervix), BE397752(lymph node), BM782895(carcinoma) 앞부분은 다양하지만 결국 번역되어서 단백질은 똑 같다.

  18. HERV의 트랜스 크립트가 단백질에 영향을 준다.: realtime PCR을 통해서 HERV에 의한 트랜스크립트의 영향을 분석 할수 있다.

  19. 뒷부분이 완전히 다른 단백질이 생긴다.

  20. HERV는 아니지만 alternative splicing 존재. CB159144: 하지만 단백질이 어떻게 변하는지 정확하지 않음

  21. BM686124: alternative splicing: 180bp첨가(CDS영역) (choroid:맥락막) –좀더 다양한 트랜스 크립트가 있는것 같음: 다양한 EST연구 필요 은실

  22. 단백질의 변화가 있음 태홍

  23. 다른 트랜스크립트 존재 홍석

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